Zemunik fica no interior de Zadar, e a aviação na região é mais antiga que a própria base aérea. A Wikipédia em inglês registra que Zadar, então província italiana de Zara, já tinha voos regulares operados pela Ala Littoria em 1936. O aeródromo militar que se tornou a base atual, no entanto, data da era iugoslava, quando a Força Aérea do Exército Popular Iugoslavo transformou Zemunik na escola de voo de sua Academia de Aviação Militar.

A unidade residente era o 105º Regimento. De acordo com a Wikipédia em inglês, foi formado em 20 de dezembro de 1946 em Kovin como um regimento de treinamento, passando por Mostar, Nikšić e Titograd, e sendo transferido para Zemunik em 2 de fevereiro de 1961. Foi renomeado como 105º Regimento de Aviação de Caça-Bombardeiro em 1969, mas manteve sua função de escola. Seus esquadrões eram o 249º, com G-4 Super Galeb, o 251º, com G-2 Galeb, e o 333º, com Utva 75, um avião de treinamento a pistão.

A trajetória de um cadete iugoslavo passava pelo Utva 75, Galeb, Super Galeb e, posteriormente, por um modelo operacional, começando, para a maioria deles, em Zemunik. A academia também operava aviões de treinamento Zlin 526 na região. Com a eclosão da guerra em 1991, o regimento recebeu ordens para se retirar para Udbina, na Krajina, território sérvio, e foi dissolvido em Golubovci, Montenegro, no início de abril de 1992. A data exata de sua partida de Zemunik não é informada nas fontes consultadas, que são resumos da Wikipédia com base em referências em sérvio.

A história da Força Aérea Croata em Zemunik começa durante a guerra. A 93ª Base Aérea data de sua fundação em 1992: comemorou seu 22º aniversário em março de 2014 e a 93ª Ala, seu 34º, em 20 de março de 2026. O quartel recebeu o nome do Coronel Mirko Vukušić, cofundador e vice-comandante do Pelotão Aéreo Independente de Osijek, que foi morto em 2 de dezembro de 1991, quando seu An-2 foi abatido sobre Otok, perto de Vinkovci.

Durante mais de um ano, o aeródromo ficou na periferia dos combates em torno de Zadar, com as forças da autoproclamada República Sérvia de Krajina nas proximidades. A Operação Maslenica, lançada em 22 de janeiro de 1993 e concluída em 1º de fevereiro, repeliu-as das vias de acesso a Zadar; a Wikipédia em inglês, citando a revista do ministério Hrvatski vojnik, registra que o exército croata tomou o aeroporto de Zemunik. As perdas na operação são controversas: fontes croatas indicam 114 mortos croatas, enquanto as perdas sérvias são estimadas em 490 soldados por fontes croatas e 348 soldados e civis pela ONG sérvia Veritas.

As conquistas foram contestadas imediatamente. Entre 18 e 23 de março de 1993, dez defensores croatas foram mortos em Škabrnja, perto do aeródromo, enquanto defendiam as linhas alcançadas em Maslenica. Seis deles pertenciam à 93ª Divisão Aerotransportada; o Ministério da Defesa afirma que o destino deles permaneceu desconhecido por muito tempo antes de seus corpos serem trocados e sepultados em Sukošan. A divisão ainda os homenageia todos os anos em março, por ocasião de seu aniversário.

O treinamento de pilotos é conduzido pelo Centro de Treinamento da Força Aérea Croata “Rudolf Perešin”, nomeado em homenagem ao piloto que voou um MiG-21 da Força Aérea Iugoslava em 1991 e foi morto em 1995. O centro comemorou seu 27º aniversário em dezembro de 2019, o que data sua fundação em 1992. Os voos são realizados pelo 392º Esquadrão Aéreo da 93ª Ala, que, segundo o Ministério da Aviação, foi fundada em 6 de novembro de 1991.

Os candidatos realizam sua primeira seleção no Zlin 242L, aeronave em serviço na Força Aérea desde 2007. No verão de 2026, havia 24 candidatos, o maior número em 26 anos; 19 haviam acabado de concluir o ensino médio e cinco vieram de empregos civis. Os aprovados passam para o Pilatus PC-9M, aeronave na qual, segundo o comandante do esquadrão em 2019, todas as gerações de pilotos militares croatas concluíram seu treinamento.

O PC-9M chegou em 1996. A Wikipédia em inglês contabiliza três aeronaves usadas naquele ano e 17 novas em 1997, das quais seis foram posteriormente vendidas; o ministério listou 17 em serviço em 2019, portanto a frota atual é de 14 a 17 aeronaves, dependendo da fonte e da data. Em 11 de julho de 2019, a frota ultrapassou 60.000 horas de voo sem nenhum incidente grave. O esquadrão também treinou 38 pilotos de Omã e realiza voos de apoio à Guarda Costeira.

O nome da equipe de demonstração, Wings of Storm (Asas da Tempestade), remete à Operação Tempestade de agosto de 1995, e sua estreia foi escolhida para coincidir: a equipe foi apresentada ao público croata em Knin, em 5 de agosto de 2005, no décimo aniversário da operação. Desde o final de 2005, a equipe já realizou voos com cinco aeronaves e, desde 25 de março de 2009, com seis, todas PC-9M da própria frota da escola, pilotadas por instrutores do 392º Esquadrão.

Em abril de 2025, no seu 20º aniversário, a equipe já havia realizado 261 apresentações oficiais, 68 delas no exterior, em 15 países. Seu programa completo, na época, consistia em 19 figuras em 21 minutos. O aniversário foi comemorado em Zemunik, em 5 de abril de 2025, com a presença do ministro da Defesa, Ivan Anušić, que considerou a equipe a parte mais reconhecida da Força Aérea; o líder era o major Darko Belančić.

A equipe também é a melhor ferramenta de recrutamento da Força Aérea, e a base a utiliza dessa forma. O dia de portas abertas de 2014 em Zemunik, que atraiu cerca de 3.000 pessoas, encerrou com a apresentação de Krila Oluje. A 60.000ª hora de voo do PC-9M, em julho de 2019, foi realizada pelo comandante do esquadrão com um cadete no outro assento, em uma aeronave pintada em homenagem à marca de 50.000 horas alcançada em 2014.

As forças armadas começaram a combater incêndios a partir do ar em 1993, transportando bombeiros em helicópteros Mi-8MTV-1 e lançando água com dois Mi-8 alugados da Rússia. Em 1994, dois Canadair CL-215 alugados voaram com tripulações mistas croatas e canadenses; dois CL-215 usados foram comprados da Itália em 1995. O 855º Esquadrão de Combate a Incêndios comemorou seu 32º aniversário em Zemunik em 10 de abril de 2026, o que data sua fundação em 1994.

O primeiro CL-415 foi adquirido em 1996, o segundo em 1999, o terceiro em 2000 e o quarto em 2002, quando os dois CL-215 foram devolvidos ao fabricante como parte de uma troca. O quinto e o sexto vieram em 2009 e 2010, respectivamente. Os Air Tractors chegaram em 2000 (dois AT-802A/F), 2007 (dois AT-802A Fire Boss) e 2008 (mais três), além de um AT-902 de dois lugares em 2014. O ministério contabilizou seis CL-415 e seis Air Tractors em agosto de 2025; a redução da frota de Air Tractors de oito para seis aeronaves adquiridas não é explicada nas fontes consultadas.

O esquadrão realizou seu primeiro voo internacional em 2007 e, por meio do mecanismo de proteção civil da UE, rescEU, acumulou cerca de 800 horas de voo em dez países até 2025, entre eles Bósnia e Herzegovina, Montenegro e Albânia. Dois CL-415 combateram incêndios na França em julho e agosto de 2026. No Reino Unido, as aeronaves são acionadas pelo Comando Operacional de Combate a Incêndios em Divulje; o comandante da ala ressaltou em 2025 que o esquadrão nunca se desloca por iniciativa própria.

O 393º Esquadrão de Helicópteros, que comemorou seu 30º aniversário em Zemunik em 6 de março de 2026 e, portanto, data de 1996, opera o Bell OH-58D Kiowa Warrior. Dezesseis aeronaves vieram do Exército dos EUA; os voos de teste começaram em Zemunik em 11 de abril de 2017 sob o comando do Tenente-Coronel Krešimir Ražov, que comandaria toda a força aérea em 2026. Os Kiowas disparam foguetes e canhões no campo de treinamento de Slunj.

Em 11 de dezembro de 2019, Zemunik tornou-se sede do Centro Multinacional de Treinamento de Aviação Especial, que treina tripulações de helicópteros multifuncionais para operações especiais de acordo com os padrões da OTAN. Os países fundadores foram Croácia, Bulgária, Eslovênia e Hungria, e sua demonstração inaugural contou com dois helicópteros Mi-171Sh e dois OH-58D das forças especiais croatas. O Ministro Damir Krstičević afirmou que este é o primeiro órgão internacional da OTAN com potencial para se tornar um Centro de Excelência.

As forças aliadas utilizam a base para exercícios. Em maio de 2021, o 10º Comando de Defesa Aérea e Antimíssil do Exército dos EUA trouxe uma bateria Patriot para o quartel para o exercício Astral Knight 21, a primeira vez que o sistema foi implantado na Croácia; ele protegeu os portos e as forças da Operação Resposta Imediata 21. Um MC-130 americano foi exibido no dia de portas abertas da base em 2014. As pistas são compartilhadas com o aeroporto civil de Zadar, cuja pista de táxi cruzava uma via pública até 7 de abril de 2010.