Las Fuerzas de Defensa de Estonia sitúan la construcción del aeródromo entre 1940 y 1941, cuando la Unión Soviética, que ocupaba Estonia, estableció allí un campo militar. Tras la Segunda Guerra Mundial, sirvió como aeródromo de reserva y, en 1952, se convirtió en un aeródromo principal. La Wikipedia en inglés, basándose en fuentes rusas, afirma que en 1945 se instaló allí un campo de reserva naval para los hidroaviones Catalina y los cazas de escolta Yak-9P de un regimiento de reconocimiento de largo alcance.

Desde finales de la década de 1960, Ämari fue una base de ataque de primera línea. Wikipedia menciona el 88.º Regimiento de Aviación de Caza-Bombarderos desde noviembre de 1967 hasta agosto de 1984, que voló MiG-17, luego MiG-21PFM y finalmente MiG-27, antes de trasladarse a Kanatovo en Ucrania; también nombra un 321.º regimiento que voló Su-7B y se convirtió al Su-24 en 1987, y un regimiento naval de aviones de combate Su-24. Las Fuerzas de Defensa confirman lo esencial: aviones de ataque y transporte navales Su-24 operaron desde aquí en las décadas de 1970 y 1980. Los números de regimiento provienen de Wikipedia y no se verificaron con una fuente oficial.

La base estuvo bajo control ruso hasta la década de 1990. Las Fuerzas de Defensa afirman que Estonia se hizo cargo del aeródromo en 1994 y lo puso bajo la tutela del Ministerio de Defensa en 1996; Wikipedia, por su parte, indica que la Fuerza Aérea Rusa lo administró hasta 1996. En cualquier caso, lo que Estonia heredó fue una gran pista de aterrizaje y un montón de hormigón en ruinas, no una fuerza aérea.

La base aérea se creó formalmente como unidad de la Fuerza Aérea Estonia el 15 de mayo de 1997. Su flota inicial era modesta: las Fuerzas de Defensa contaban ese año con dos biplanos An-2, tres helicópteros Mi-2, un Wilga 35A y cinco planeadores en Ämari. Un escuadrón de la Policía Militar custodió la base hasta 2004; actualmente, su personal está compuesto por militares en servicio activo y civiles.

La inversión más importante se realizó en tierra. El Ala de Vigilancia Aérea se formó aquí el 1 de enero de 1998, un centro de operaciones de soberanía aérea en el año 2000 se convirtió en un centro de vigilancia aérea permanente para 2001 y adquirió capacidad de control de cazas para 2006, y nuevos radares reemplazaron a los P-37 soviéticos: un TPS-77 en Kellavere en 2003, un ASR-8 en Ämari en 2004 y Ground Master 403 en 2013 y 2015. Los helicópteros Robinson R44 llegaron en 2002 y los aviones L-39 se arrendaron a partir de 2006.

Entre 2008 y 2012, Ämari fue reconstruida por completo, inaugurándose una nueva pista en otoño de 2010. El objetivo no eran los aviones estonios, que nunca necesitarían una pista de 2750 metros, sino los aliados: la base se estaba preparando como aeródromo de la OTAN en caso de que fuera necesario enviar refuerzos por vía aérea.

Estonia se unió a la OTAN el 29 de marzo de 2004, y desde entonces, los cazas aliados patrullaban el espacio aéreo báltico desde Šiauliai, Lituania. Tras la anexión de Crimea por Rusia en 2014, la OTAN reforzó la misión. El 30 de abril de 2014, cuatro F-16 de la Real Fuerza Aérea Danesa aterrizaron en Ämari para una patrulla de cuatro meses, y dos días después, el diario Estonian World informó sobre la apertura de la segunda base aérea de la OTAN en el Báltico. Desde el 1 de mayo de 2014, un destacamento de alerta de reacción rápida de la OTAN tiene su base allí.

La tabla de rotaciones de las Fuerzas de Defensa parece una lista de asistencia de la alianza. Los Typhoon alemanes siguieron a los daneses en agosto de 2014; España, el Reino Unido, Bélgica, Italia, Francia, la República Checa, Polonia, los Países Bajos y Portugal les siguieron durante la década siguiente, y Turquía llegó en 2026. Italia incorporó los F-35A en mayo de 2021, y los Países Bajos hicieron lo propio en diciembre de 2024. La tabla incluye doce fuerzas aéreas en total.

La mayoría de las rotaciones duran unos cuatro meses e implican el despliegue de entre cuatro y ocho cazas con sus respectivos equipos de tierra. La función de Estonia es la de anfitrión: los escuadrones de la base proporcionan la pista de aterrizaje, el combustible, el alojamiento y la seguridad, mientras que el Ala de Vigilancia Aérea controla los aviones en el aire. Esta división del trabajo constituye la base de la defensa aérea de la Fuerza Aérea Estonia.

Los aliados han pagado gran parte de la base que utilizan. ERR informó en diciembre de 2017 que Estados Unidos ya había invertido más de 1.040.320 millones de dólares en Ämari en el marco de la Iniciativa Europea de Disuasión, lanzada en junio de 2014, y que la Ley de Autorización de Defensa Nacional de 2018, firmada el 12 de diciembre de 2017, añadió 1.040.139 millones de dólares para ampliar la plataforma de estacionamiento de aviones de combate y las instalaciones de combustible.

Para 2024, la pista construida en 2010 necesitaba ser repavimentada. El Centro Estonio de Inversiones en Defensa contrató una renovación de 18,5 millones de euros de la pista, las calles de rodaje, la plataforma, la señalización y la iluminación, y en enero de 2024 el ministro de Defensa de Luxemburgo, Yuriko Backes, firmó un acuerdo para pagar 12 millones de euros. Ämari cerró sus puertas a los cazas en marzo de 2024; el destacamento de la OTAN se trasladó a Lielvārde en Letonia, siendo los Eurofighter alemanes los primeros aviones de la OTAN en realizar la misión desde allí, mientras que los aviones propios de Estonia se trasladaron a Pärnu. Solo los helicópteros aliados utilizaron Ämari, y un centro de control e información desplegable alemán operó desde la base de marzo a junio.

La pista de aterrizaje reabrió sus puertas el 8 de noviembre de 2024, con un nuevo comedor y barracones en construcción. El comandante de la base, el teniente coronel Maanus Nigul, declaró que el objetivo era garantizar la inviolabilidad del espacio aéreo estonio y de la OTAN. Los F-35 neerlandeses llegaron el 1 de diciembre de 2024, en la primera rotación de regreso.

El ritmo cambió en 2025. En marzo, F-35 holandeses procedentes de Ämari dispararon misiles AIM-9 contra drones objetivo frente a Rutja e informaron de 10 vuelos de identificación contra aeronaves rusas. En la mañana del 19 de septiembre de 2025, tres MiG-31 rusos entraron en el espacio aéreo estonio cerca de la isla de Vaindloo y permanecieron allí unos 12 minutos, sin planes de vuelo, con los transpondedores apagados y sin contacto por radio, según las Fuerzas de Defensa. F-35 italianos procedentes de Ämari despegaron y los escoltaron fuera; Estonian World informa que posteriormente los Gripen suecos los siguieron sobre el Báltico. Fue la cuarta violación rusa del año.

Estonia solicitó consultas en virtud del Artículo 4 de la OTAN y convocó al encargado de negocios de Rusia. La postura rusa, según resume Wikipedia citando un informe de Reuters, era que los aviones habían volado en espacio aéreo neutral y no habían infringido ninguna norma. El diputado estonio Eerik-Niiles Kross señaló que las zonas de control aéreo cercanas a Vaindloo no siguen con exactitud la frontera estatal y argumentó que Estonia debería alquilar sus propios cazas.

En noviembre de 2025, la fuerza aérea lanzó una operación para dispersar las unidades de vigilancia y defensa aérea lejos de sus bases para protegerlas de los drones, con aviones Typhoon italianos en el aire y una batería SAMP/T italiana en tierra. La primera unidad de lanzamiento de misiles IRIS-T SLM llegó a Ämari el 22 de junio de 2026. El 31 de julio de 2026, los F-16 de Portugal fueron entregados al Escuadrón 181 de Turquía, en la primera rotación turca desde Ämari, y al día siguiente la OTAN renombró la misión como Defensa Aérea del Báltico, poniendo fin a más de 22 años de vigilancia aérea tanto en la teoría como en la práctica.