La aviación militar en Dęblin comenzó en el antiguo aeródromo austriaco junto a la fortaleza, en la confluencia de los ríos Wieprz y Vístula. En mayo de 1920, durante la guerra con la Unión Soviética, una escuela de pilotos francesa funcionó allí durante un breve periodo. La escuela permanente se estableció más tarde. La Escuela de Aviación de Oficiales (Oficerska Szkoła Lotnictwa) se fundó en Grudziądz el 5 de noviembre de 1925 bajo el mando del coronel Roman Florer. Algunas fuentes secundarias indican el 1 de noviembre. Se trasladó a Dęblin el 14 de abril de 1927, de modo que, según la propia escuela, todo lo necesario para la formación de pilotos se concentraba en un mismo lugar.

Los primeros observadores finalizaron su formación el 15 de septiembre de 1927. La primera ceremonia formal de ascenso, el 15 de agosto de 1928, convirtió a 77 graduados en subtenientes. Entre ellos se encontraban Zdzisław Krasnodębski, quien más tarde sería el primer comandante del Escuadrón n.º 303, y Walerian Jesionowski, quien más tarde sería comandante del Escuadrón n.º 308. En 1928, la escuela se convirtió en la Szkoła Podchorążych Lotnictwa (Escuela de Cadetes de Aviación). A partir del 6 de abril de 1929, formó parte de un centro más amplio para la formación de oficiales de aviación, con su propio escuadrón de entrenamiento y base aérea.

El primer curso para cadetes pilotos comenzó en otoño de 1934 y fue exigente: de los 40 cadetes que comenzaron, 30 fueron nombrados pilotos en 1936. A partir de 1935, el curso duró tres años. El 17 de julio de 1937, el centro se convirtió en el Centro de Entrenamiento de Aviación n.º 1 (Centrum Wyszkolenia Lotnictwa nr 1). Contaba con seis escuadrones de entrenamiento y podía albergar a 600 cadetes simultáneamente. En junio de 1939, cuando Polonia se movilizó parcialmente, los cadetes de tercer año terminaron antes de tiempo y se incorporaron directamente a los escuadrones de combate.

El Instituto de la Memoria Nacional cifra en 973 el número de pilotos y observadores aéreos formados antes de la guerra. Un diccionario histórico de Lublin menciona más de mil, y la diferencia probablemente se deba a qué cursos se contabilizan. Entre los antiguos cadetes se encuentra Stanisław Skalski, el piloto de caza polaco con mayor número de derribos durante la Segunda Guerra Mundial.

La escuela no fue tomada por sorpresa. Los escuadrones de combate polacos ya se habían trasladado a pistas de aterrizaje improvisadas, y el 1 de septiembre, los pilotos de la Escuela Superior de Pilotos formaron un grupo de cazas improvisado bajo el mando del capitán Stanisław Brzezina. La historia de la escuela indica que el grupo contaba con 27 cazas PZL P.7a y que el teniente Henryk Szczęsny derribó dos bombarderos He 111 entre el 14 y el 15 de septiembre. Para entonces, el grupo ya se había alejado de Dęblin.

El duro golpe llegó el 2 de septiembre. El historiador del IPN, Tomasz Osiński, describe decenas de bombarderos Dornier alrededor del mediodía, seguidos unas horas más tarde por un número similar de He 111, que dañaron gravemente los edificios de la escuela. Un diccionario de Lublin cifra las bajas de ese día en unos 40 muertos y heridos. Entre los fallecidos se encontraban el teniente Marian Odorowski, suboficiales del centro de entrenamiento y aviadores checoslovacos que se encontraban entonces en la escuela. El museo nombra a tres de ellos: Zdeněk Rous, Štěpán Kurka y Ondřej Šandor. El teniente coronel Jerzy Bajan resultó gravemente herido y perdió el uso de un brazo.

El 6 de septiembre, 46 Heinkels atacaron la fortaleza, y el teniente coronel Edward Błaszczyk, del 28.º Regimiento de Artillería Ligera, resultó mortalmente herido. Entre el 2 y el 9 de septiembre, los cadetes y el personal fueron trasladados en grupos a Końskowola. Desde allí, muchos continuaron su viaje a través de Rumania y Francia hasta Gran Bretaña. Las tropas alemanas entraron en Dęblin el 15 de septiembre de 1939. La ciudad no fue liberada hasta el 26 de julio de 1944.

Los graduados de la escuela conformaron gran parte de la Fuerza Aérea Polaca en Gran Bretaña, y a principios de 1941 un nuevo escuadrón de cazas recibió el nombre de Dęblin. El Escuadrón n.º 315 “Dębliński”, cuyo emblema era un gallo de pelea negro, participó en las principales operaciones aéreas aliadas y en el desembarco de Normandía en 1944. Su comandante, desde el 15 de febrero hasta el 18 de agosto de 1944, fue Eugeniusz Horbaczewski, a quien se le atribuyen 16,5 aviones destruidos, uno probable y uno dañado. El Museo de la Fuerza Aérea inauguró una exposición permanente sobre el escuadrón el 14 de agosto de 2019.

Los aviadores que regresaron a casa después de la guerra a menudo fueron maltratados. Stanisław Skalski, graduado de la Escuela de Aguiluchos y el as de la aviación polaco más destacado, fue reclutado por el Ejército Popular y arrestado en junio de 1948 bajo la acusación de espionaje. El 7 de abril de 1950, un juicio farsa lo condenó a muerte. La sentencia fue conmutada a cadena perpetua en 1951. El 11 de abril de 1956, el Tribunal Militar Supremo anuló la condena. En 1996, dos de sus antiguos interrogadores fueron enviados a prisión.

La base actual mantiene viva esa tradición. Cuando la 41.ª Base de Entrenamiento Aéreo recibió el nombre de Horbaczewski por decisión del Ministerio de Defensa Nacional el 25 de julio de 2011, heredó las tradiciones de ocho unidades predecesoras. El Escuadrón n.º 315 (1941-1946) ocupa el primer lugar, seguido por el 58.º Regimiento de Aviación de Entrenamiento y Combate (1958-1989), el 58.º Regimiento de Aviación de Entrenamiento (1989-2000), el 1.er Centro de Entrenamiento de Aviación (2001-2010) y la 6.ª Base Aérea (1994-2010), junto con varias unidades técnicas y de suministro. La insignia personal de piloto de Horbaczewski, la número 277, se exhibe en la exposición del museo.

El entrenamiento de vuelo se reanudó antes de que terminara la guerra. El 31 de octubre de 1944 se formó en Zamość una escuela de aviación de tiempos de guerra, que fue trasladando escuadrón por escuadrón a Dęblin. El 13 de abril de 1945, el Comandante Supremo creó allí la Escuela Militar de Pilotos, y sus primeros graduados recibieron su nombramiento el 21 de junio de 1945. La propia historia de la escuela indica que operó entre los daños de la guerra, con instructores soviéticos, hasta 1947. En marzo de 1947 se convirtió en la Oficerska Szkoła Lotnicza, con un escuadrón de cazas y ataque a tierra en Radom y escuadrones de navegación y entrenamiento básico en Dęblin.

El regimiento de entrenamiento de la Guerra Fría, el 58.º Regimiento de Aviación de Entrenamiento y Combate, se formó en 1958 y estuvo en servicio hasta el año 2000. El 1 de enero de 1968, la escuela obtuvo la categoría de escuela superior de aviación para oficiales (WOSL, por sus siglas en inglés), y sus primeros cadetes se matricularon el 17 de marzo de 1968. Los primeros ingenieros pilotos se graduaron en 1971. Un estudio realizado por un aficionado en el aeródromo contabilizó 66 aviones TS-11 Iskra en el regimiento y ocho An-2 en un escuadrón de entrenamiento en 1991. Mirosław Hermaszewski, el primer polaco en el espacio, fue comandante desde 1987 hasta 1990.

Después de 1989, la escuela y el aeródromo se separaron. El 1 de octubre de 1994, la escuela se convirtió en la Escuela Superior de Oficiales de la Fuerza Aérea (WSOSP). El 6 de diciembre de 1994, el aeródromo se convirtió en la 6.ª Base Aérea, que quedó bajo el mando de la 4.ª Ala de Entrenamiento Aéreo el 17 de diciembre de 2000. El 1.er Centro de Entrenamiento de Aviación se hizo cargo de los vuelos a partir de 2001. El 31 de diciembre de 2010, ambos se fusionaron en la 41.ª Base de Entrenamiento Aéreo, según una orden fechada el 1 de julio de 2010. El nombre actual de la escuela, Lotnicza Akademia Wojskowa, entró en vigor el 1 de octubre de 2018. La propia historia de la escuela sitúa el cambio el 28 de agosto de 2018.

Polonia eligió el Alenia Aermacchi M-346 en febrero de 2014 para reemplazar al TS-11 Iskra. El primer contrato, por ocho aeronaves con apoyo logístico y de entrenamiento, ascendió a 1.167.754.500 PLN, según Polska Zbrojna. Defence24 informó una cifra bruta de 1.432 millones de PLN. Las dos primeras aeronaves llegaron a Dęblin en noviembre de 2016. El 27 de marzo de 2018, Polonia encargó cuatro más por más de 115 millones de euros, con una opción para cuatro adicionales que posteriormente se ejerció. Leonardo entregó las cuatro restantes el 16 de diciembre de 2022, completando así la flota con 16 aeronaves.

Los primeros años fueron difíciles. Un informe posterior a la auditoría de la Oficina Suprema de Auditoría (NIK) a la 41.ª Base de Entrenamiento Aéreo, con fecha del 11 de junio de 2021, reveló que la flota de M-346 estuvo operativa en promedio solo el 47,3 % del tiempo en 2020 y el 56,4 % en 2021, frente a una cifra contractual de al menos el 75 %. En 2020, solo se volaron 239 de las 449 horas previstas de M-346. La base contaba con 12 instructores de M-346. Posteriormente, la prensa informó sobre el hallazgo más amplio de la NIK de que más del 40 % de los graduados de pilotos de reactores en 2019-2020 no habían recibido ningún entrenamiento en reactores.

Para solucionar los problemas de soporte, Leonardo firmó un acuerdo de soporte a largo plazo el 17 de febrero de 2023 con Wojskowe Zakłady Lotnicze Nr 1, el astillero militar ubicado junto al aeródromo de Dęblin. La flota quedó inmovilizada nuevamente el 5 de diciembre de 2023, cuando se desprendió la cubierta de un Bielik sobre el condado de Łuków. Permaneció en tierra hasta la primavera de 2024. Posteriormente, el 12 de julio de 2024, un Bielik se estrelló en Gdynia-Babie Doły y su piloto instructor falleció. Al momento de redactar este informe, no se había publicado la causa final del accidente.

El comandante de la Fuerza Aérea, el general Andrzej Błasik, propuso la creación de un museo en Dęblin el 3 de junio de 2009. En octubre de ese mismo año se constituyó un comité honorífico de 17 miembros. Błasik falleció en el accidente aéreo de Smolensk en abril de 2010, antes de la inauguración del museo. El 10 de enero de 2011, mediante decreto ministerial, el museo fue creado oficialmente. Waldemar Wójcik asumió el cargo de primer director el 1 de marzo, y la inauguración tuvo lugar el 26 de agosto de 2011. Sus directores posteriores fueron Ryszard Hać (2013-2016) y Paweł Pawłowski a partir de 2017.

Al lado, el avión que entrenó a la mayoría de estos pilotos ha sido retirado. A principios de 2020, Dęblin aún contaba con 36 TS-11 Iskra, el primer avión diseñado en Polonia que entró en producción y servicio. Se fabricaron en Mielec entre las décadas de 1960 y 1987, y las fuentes indican un total de entre 400 y 424. El Iskra dejó de entrenar cadetes el 9 de diciembre de 2020. El escuadrón aéreo británico, conocido como los "White-and-Red Sparks", que pilotó siete de ellos, realizó su último vuelo en Dęblin el 27 de julio de 2022, tras más de 58 años de servicio en la fuerza aérea.

La colección se formó principalmente con aeronaves y equipos que las fuerzas armadas estaban retirando, además de donaciones de expilotos y coleccionistas. Actualmente cuenta con más de 80 aeronaves. Entre ellas se encuentran un C-130 Hércules, un MiG-29, un MiG-23MF, un Su-22UM3K, un PZL-130 Orlik número 005 y el único helicóptero Mi-6 en Polonia. En septiembre de 2025, la base entregó siete TS-11 Iskras del disuelto equipo White-and-Red Sparks a una fundación en Mielec, donde se fabricó este modelo, para su restauración y exhibición aérea.