Ilopango se ubica en el extremo oriental de San Salvador, a 618 metros de altitud. Durante décadas fue tanto la puerta de entrada al país como su base aérea. La Wikipedia en inglés registra que el primer avión de pasajeros en aterrizar allí, un Boeing 707-321B de Pan Am, llegó el 27 de abril de 1964, y que el aeropuerto prestó servicio a la capital hasta 1980, cuando el Aeropuerto Internacional de El Salvador en Comalapa, de mayor tamaño, asumió el servicio de las aerolíneas.

La fuerza aérea permaneció en la zona. La propia historia de la brigada, según el Servicio Aéreo Federal (FAS, por sus siglas en inglés), describe su organización de mantenimiento en Ilopango a lo largo de las décadas de 1940 y 1950: más mecánicos en 1947, una compañía de mecánica aeronáutica en 1955 y, en 1960, un grupo que combinaba mantenimiento, suministro, radio y transporte. Cuando Comalapa se convirtió en una segunda base aérea en 1988, parte de ese grupo de apoyo se trasladó allí. Actualmente, Ilopango se utiliza para vuelos militares, de taxi aéreo y chárter; una nueva terminal civil abrió sus puertas el 7 de diciembre de 2023 y la antigua terminal alberga el Museo Nacional de Aviación.

La guerra con Honduras comenzó con un ataque salvadoreño a Toncontín la noche del 14 de julio de 1969, y Honduras respondió al día siguiente. La historia del FAS indica que dos aviones hondureños atacaron Ilopango y Acajutla el 15 de julio, lanzando cuatro bombas sobre Ilopango con daños mínimos, y que los capitanes Héctor Leonel Lobo Pérez y Douglas Vladimir Varela Moreno subieron para interceptarlas. La Wikipedia en inglés añade que los ataques hondureños a las instalaciones petroleras de Acajutla y Cutuco le costaron a El Salvador el 20 por ciento de sus reservas de combustible.

Varela Moreno murió dos días después, derribado sobre Honduras. Cada declaración de esa semana es presentada por una sola parte; las versiones de las FAS y de Honduras se encuentran en la página de la fuerza aérea.

El Ejército Revolucionario Popular, uno de los cinco grupos del FMLN, envió un equipo de fuerzas especiales a Ilopango y colocó cargas explosivas en los aviones estacionados. El Washington Post, informando al día siguiente, indicó que las explosiones comenzaron alrededor de la 1:30 de la madrugada y que incluso los aviones dentro de los hangares sufrieron graves daños; fuentes cercanas a las fuerzas armadas le informaron que al menos cinco de los 14 helicópteros estadounidenses UH-1H y tres de los aproximadamente 16 aviones de fabricación francesa habían sido alcanzados. El ministro de Defensa, el general José Guillermo García, lo calificó de acto terrorista y se negó a proporcionar cifras.

La historia de la FAS, escrita posteriormente, afirma que más de la mitad de la flota fue destruida. El historiador James Corum enumera cinco Ouragan, seis Huey y tres C-47 destruidos, además de otros cinco aviones gravemente dañados. El ataque cambió el curso de la guerra: en seis meses, Estados Unidos había entregado seis A-37B, cuatro O-2A y dos C-123K, y la flota de helicópteros que se había reducido en la plataforma de Ilopango aumentó a 46 a finales de 1984.

El 4 de marzo de 1994, dos años después de los acuerdos de paz, Ilopango fue designada formalmente como la Primera Brigada Aérea, con el mayor Milton Antonio Andrade Cabrera como su primer comandante. Su Grupo de Operaciones cuenta con dos escuadrones, helicópteros y transporte; un Grupo de Apoyo Material y de Combate se encarga del mantenimiento de las aeronaves; y un Grupo Aéreo de Base incluye un batallón de seguridad compuesto por cuatro compañías de fusileros y una batería antiaérea, fruto de la lección de 1982.

La misión oficial de la brigada es proporcionar a las fuerzas terrestres maniobra, apoyo aéreo cercano limitado y transporte de equipo y personal, tanto en tiempos de paz como de guerra. En la práctica, esto se traduce en los helicópteros UH-1H y Bell 412 que realizan operaciones de socorro en casos de desastre, seguridad y transporte de personalidades, así como en los aviones de transporte Arava y Caravan. Los cazabombarderos fueron trasladados a Comalapa a finales de la década de 1980.

El traslado fue gradual. La historia de la Segunda Brigada Aérea del FAS registra que 108 técnicos aeronáuticos fueron trasladados de Ilopango a la nueva base el 1 de abril de 1986, que la base fue creada por orden general el 1 de agosto de 1986, pero que inicialmente se gestionó desde Ilopango, y que las labores de mantenimiento y armamento no comenzaron hasta el 13 de abril de 1988 en Comalapa. Desde entonces, Ilopango ha sido la brigada de helicópteros y aviones de transporte, y Comalapa la de aviones a reacción.