Ilopango ligt aan de oostelijke rand van San Salvador, op een hoogte van 618 meter. Decennialang was het zowel de toegangspoort tot het land als de luchtmachtbasis. Volgens Wikipedia landde het eerste straalvliegtuig, een Boeing 707-321B van Pan Am, er op 27 april 1964 en bediende de luchthaven de hoofdstad tot 1980, toen de grotere internationale luchthaven van El Salvador in Comalapa de luchtvaartmaatschappijen overnam.

De luchtmacht bleef. De eigen geschiedenis van de brigade van de FAS beschrijft de onderhoudsorganisatie op Ilopango in de jaren 40 en 50: meer monteurs in 1947, een bedrijf voor vliegtuigmechanica in 1955 en in 1960 een groep die onderhoud, bevoorrading, radio en transport combineerde. Toen Comalapa in 1988 een tweede luchtmachtbasis werd, verhuisde een deel van die ondersteuningsgroep daarheen. Tegenwoordig wordt Ilopango gebruikt voor militaire vluchten, luchttaxi's en chartervluchten. Op 7 december 2023 werd er een nieuwe civiele terminal geopend en in de oude terminal is het Nationaal Luchtvaartmuseum gevestigd.

De oorlog met Honduras begon met een Salvadoraanse aanval op Toncontín op de avond van 14 juli 1969, waarop Honduras de volgende dag terugsloeg. Volgens de geschiedenis van de FAS vielen twee Hondurese vliegtuigen op 15 juli Ilopango en Acajutla aan, waarbij vier bommen op Ilopango werden geworpen met minimale schade. Kapiteins Héctor Leonel Lobo Pérez en Douglas Vladimir Varela Moreno stegen op om de bommen te onderscheppen. De Engelstalige Wikipedia voegt hieraan toe dat de Hondurese aanvallen op de olie-installaties in Acajutla en Cutuco El Salvador 20 procent van zijn brandstofreserves kostten.

Varela Moreno kwam twee dagen later om het leven, neergeschoten boven Honduras. Elke claim uit die week is afkomstig van één partij; de verklaringen van de FAS en Honduras staan op de pagina van de luchtmacht.

Het Revolutionaire Volksleger, een van de vijf groeperingen van de FMLN, stuurde een speciale eenheid naar Ilopango en plaatste explosieven op de geparkeerde vliegtuigen. De Washington Post meldde de volgende dag dat de explosies rond 1:30 uur 's nachts begonnen en dat zelfs vliegtuigen in hangars zwaar beschadigd waren. Bronnen dicht bij het leger vertelden de krant dat minstens vijf van de veertien Amerikaanse UH-1H-helikopters en drie van de ongeveer zestien Franse straaljagers waren geraakt. Minister van Defensie, generaal José Guillermo García, noemde het een terroristische aanslag en weigerde cijfers te noemen.

Volgens de later geschreven geschiedenis van de FAS werd meer dan de helft van de vloot vernietigd. Historicus James Corum noemt vijf Ouragans, zes Hueys en drie C-47's die werden vernietigd, en nog eens vijf zwaar beschadigde toestellen. De aanval veranderde de oorlog: binnen zes maanden hadden de Verenigde Staten zes A-37B's, vier O-2A's en twee C-123K's geleverd, en de helikoptervloot die op de basis in Ilopango was teruggebracht, groeide tegen het einde van 1984 aan tot 46 toestellen.

Ilopango werd op 4 maart 1994, twee jaar na de vredesakkoorden, officieel aangewezen als de Eerste Luchtbrigade, met majoor Milton Antonio Andrade Cabrera als eerste commandant. De operationele groep omvat twee squadrons, helikopters en transportvliegtuigen; een materiële en gevechtsondersteuningsgroep onderhoudt de vliegtuigen; en een basisluchtmachtgroep omvat een veiligheidsbataljon van vier infanteriecompagnieën en een luchtdoelbatterij, het resultaat van de lessen van 1982.

De officiële missie van de brigade is het voorzien van de grondtroepen van manoeuvreerruimte, beperkte luchtsteun en transport van materieel en personeel, in vredes- en oorlogstijd. In de praktijk betekent dit de inzet van de UH-1H en Bell 412 helikopters voor rampenbestrijding, veiligheidsoperaties en VIP-transport, en de Arava en Caravan transportvliegtuigen. De jachtbommenwerpers vertrokken eind jaren tachtig naar Comalapa.

De verhuizing verliep geleidelijk. De geschiedenis van de Tweede Luchtbrigade van de FAS (Flight Air Service) vermeldt dat 108 vliegtuigtechnici op 1 april 1986 van Ilopango naar de nieuwe basis werden overgeplaatst, dat de basis op 1 augustus 1986 bij algemeen bevel werd opgericht maar aanvankelijk vanuit Ilopango werd bestuurd, en dat onderhouds- en bewapeningswerkzaamheden pas op 13 april 1988 in Comalapa van start gingen. Sindsdien is Ilopango de brigade voor helikopters en transportvliegtuigen, en Comalapa die voor straaljagers.