באוקטובר 1931 גררו שני אמריקאים, קלייד פנגבורן ויו הרנדון ג'וניור, מטוס חד-כנפי מסוג בלנקה מחוף סבישירו, רצועת החול הממוקמת כמה קילומטרים מזרחית למסלול הנוכחי, והטיסו אותו ללא עצירות לוונצ'י, וושינגטון. זו הייתה הטיסה הישירה הראשונה ברחבי האוקיינוס השקט, והיא זכתה בפרס של 25,000 דולר שהוצע על ידי אסאהי שימבון. ההיסטוריה של כנף הקרב ה-35 מתארכת את ההמראה ל-4 באוקטובר 1931; קרן ההנצחה האמריקאית מתארכת אותה ל-3 באוקטובר, מכיוון ששני קצוות הטיסה היו משני צידי קו התאריך.

טיסות צבאיות הגיעו שמונה שנים מאוחר יותר. חיל האוויר הימי הקיסרי היפני החל לחפור מסלול המראה מאותו חול ב-1 בספטמבר 1939, והמטוס הראשון שנחת במיסאווה, במרץ 1942, היה מפציץ G4M "בטי". השדה הוקם עבור מפציצים ארוכי טווח אך בסופו של דבר הפך לתחנת אימונים ומחקר אווירונאוטיקה, כאשר אגם אוגווארה הסמוך שימש כנקודת אימונים למטוסי ים. ב-7 באוגוסט 1942, קבוצת האוויר מיסאווה הטיסה את מטוסי ה-G4M1 שלה דרומה לרבאול כנגד הנחיתה האמריקאית בגוודלקנל, ואיבדה את רובם תוך ימים.

חיל האוויר הפסיפי מצהיר בבירור כי יחידות הצי הקיסרי היפני במיסאווה השתמשו באגם אוגווארה כדי להתאמן לקראת ההתקפה על פרל הארבור. עד ספטמבר 1944 אחת היחידות בשדה הקרב הוקצתה כמחלקת אימונים לצוותי קמיקזה, וכ-50 טייסי יחידת הקמיקזה היחידה של מיסאווה נסעו דרומה לקיושו ביוני 1945; קרוב למחציתם לא שרדו את המלחמה. ב-8 וב-9 באוגוסט 1945, כ-30 מטוסי נושאת מטוסים של צי ארצות הברית השמידו 45 מטוסים על הקרקע וכ-90 אחוז מהבסיס.

חיילים אמריקאים הגיעו לשדה ההרוס ב-15 בספטמבר 1945 תחת פיקודו של קפטן דייוויס ק. סטארק מקבוצת ההנדסה והבנייה ה-32 של הארמיה, ובילו את חג המולד הראשון בשיקום הנכס. יפן השלימה את העברת הנכס ב-5 בספטמבר 1946. קבוצת הקרב ה-49 הביאה איתה מטוסי F-51 מוסטנג בשנת 1948. שמונה ארגונים שונים התחלפו כיחידות מארחות במהלך שני העשורים הבאים, ולכן שושלתו של מיסאווה נראית פחות כמו היסטוריה של בסיס יחיד ויותר כמו מרוץ שליחים בין פיקודים שכל אחד מהם רצה את הקצה הצפוני של הונשו מסיבה שונה.

מלחמת קוריאה הפכה את המקום לסדנה. ב-28 בספטמבר 1950 ציידה קבוצת קרב-מפציצים ה-49 את מטוסי ה-F-80 שלה במיכל הנפל מוגדל, אותו כינה חיל האוויר "טנק מיסאווה", משום שטנק סטנדרטי לא העניק למטוסי סילון מוקדמים את הטווח להגיע לקוריאה ועדיין להילחם כשהגיעו. דיוויזיית האוויר ה-39 קמה ב-1 במרץ 1952 כדי לנהל את ההגנה האווירית של צפון הונשו והוקאידו, ולאחר הפלה ב-1954 היא החלה ללוות מטוסי סיור אמריקאים שטסו ליד שטח ברית המועצות.

נשק גרעיני היה חלק מהמצב הזה, והרקורד דל במכוון. ממשל אייזנהאואר אישר את העברת הרכיבים הלא-גרעיניים של פצצות אטום לבסיסים ביפן בדצמבר 1954; רכיבים אלה נשארו עד יוני 1965, והנסיבות המדויקות של הנסיגה נותרו מסווגות. נוהל פיקוד המזרח הרחוק שפורסם מחדש משנת 1956–1957 מפרט את מיסאווה בין אתרי הבסיסים בעלי יכולת נשק גרעיני. הליבות הבקיעות הוחזקו במקומות אחרים, מה שאפשר לשתי הממשלות לומר שלא היה נשק שלם על אדמת יפן - הבחנה שמבקרים יפנים כינו טכניות סמנטית.

תחנת ההאזנה, שנמצאת במעלה הגובה מצפון לקו הטיסה, ישנה יותר מכנף הקרב ושרדה זמן רב יותר מרוב הציוד שלה. נקודת ציון מרכזית שלה הייתה ה-AN/FLR-9, מערך אנטנות מעגלי שנבנה בין השנים 1963 ו-1965 על ידי חברת הבנייה נישימטסו תמורת כ-3.3 מיליון דולר: שלוש טבעות קונצנטריות של אלמנטים, בגובה 40 מטרים, המסוגלות ליירט ולתקן שידורי רדיו בתדר גבוה עד למרחק של כ-4,000 מיילים ימיים. תושבים מקומיים קראו לה "כלוב הפילים", ולפי דיווחו של חיל האוויר על הריסתה, התייחסו אליה כסמל למזל.

מה שהוא הזין היה את מרכז המבצעים הביטחוניים של מיסאווה, המקום היחיד במערב האוקיינוס השקט שבו כל ארבעת השירותים האמריקאים עובדים על אותה בעיית מודיעין בתוך בניין אחד: קבוצת המודיעין ה-373, פיקוד מבצעי המידע הימי של מיסאווה, יחידת המודיעין הצבאית ה-403 וניתוק של חיל הנחתים. חיל הים הפעיל את קבוצת הביטחון שלו במיסאווה ביולי 1971, ובמשך שנים זו הייתה היחידה האמריקאית ששירתה ברציפות במשך הזמן הרב ביותר בבסיס. קבוצת המודיעין ה-373 הופעלה ב-7 בספטמבר 2000.

טכנולוגיה וכסף סיימו את המערך ולא כל שינוי במשימה. ההריסה החלה ב-15 באוקטובר 2013 לאחר 48 שנות שירות, והפירוק הפך לתוכנית תעסוקה מקומית בפני עצמה: העבודה הזריקה כ-4.97 מיליון דולר לכלכלה היפנית והעסיקה יותר מ-250 עובדים יפנים, כאשר השלמתה צפויה לספטמבר 2015. המערך התואם באוקינאווה כבר נסגר בשנת 2007. הדוגמה האחרונה ששרד מהסוג הזה ניצבת בבסיס המשותף אלמנדורף-ריצ'רדסון באלסקה.

עידן הקרב של מיסאווה החל מחדש ב-2 באפריל 1985, כאשר מטוס האימון הראשון מדגם F-16 נחת כשקולונל מייקל אי. ריאן בעמדת ההגה - ראש מטה חיל האוויר לעתיד, שסיפק את מטוס האימון הראשון מסוגו שהבסיס הטיס במשך ארבעה עשורים. טייסת הקרב הטקטית ה-13 הופעלה ב-1 ביוני 1985 וה-14 ב-1 בינואר 1987, שתיהן תחת כנף הקרב הטקטית ה-432, שהחזיקה בשדה מאז חזרתם של חיל האוויר הפסיפי למיסאווה ב-1978.

כנף הקרב ה-35 החליפה את כנף הקרב ה-432 ב-1 באוקטובר 1994, והביאה שושלת של ניצחונות אוויריים במלחמת העולם השנייה, בקוריאה ובווייטנאם. ההסבה ל-F-16CJ הסתיימה ב-17 בספטמבר 1995. ב-18 ביוני 1996, סמל הזנב שונה מ-MJ ל-WW - Wild Weasel - ותולדות הכנף מתעדות את טייסת הקרב ה-13 ששוגרה את מטוס הקרב הראשון מדגם AGM-88 HARM ששוגר מ-F-16CJ ב-27 בספטמבר 1996, במבצעים מעל עיראק שבאו לאחר מבצע "מכה במדבר".

המשימה החלה לפעול במשך עשור. מטוסי F-16CJ ממיסווה טסו במבצע "משמרת דרומית" ו"משמרת צפונית" מעל עיראק בסוף שנות ה-90, וב-21 במרץ 2003 טייסת הקרב ה-14 טסה במשימות הראשונות שאינן חמקניות במסגרת מבצע "חופש עיראקי" ושירתה את מטוסי ה-HARM הראשונים של מבצע זה. אימוני נשק מתקיימים במטווח דראגון, כ-19 קילומטרים צפונית לבסיס, המוחזק על ידי כוחות אמריקאים מאז ה-6 ביוני 1949 ושמו שונה באפריל 2003 על שם זוטר מתיו דראגון, צוללן בחיל הים שאבד בשנת 2001.

גיליון העובדות של חיל האוויר מכנה את מיסאווה "מתקן השירות המשולב היחיד במערב האוקיינוס השקט". מסלול ההמראה משותף לשלושה מטוסים: כנף הקרב ה-35, כנף האוויר השלישית של כוח ההגנה העצמית האווירית היפנית, וטרמינל אזרחי המופעל על ידי חברת מיסאווה איירפורט טרמינל בע"מ תחת משרד התחבורה של יפן. טיסות אזרחיות סדירות החלו ב-19 בינואר 1953, הופסקו ב-1965 וחודשו ב-10 במאי 1975 עם טרמינל חדש שנבנה מחדש והורחב ב-1986.

הצד האזרחי קטן אך אמיתי - 336,869 נוסעים ו-3,986 תנועות מטוסים בשנת 2024, בטיסות לטוקיו האנדה, אוסקה איטאמי וסאפורו אוקאדאמה - וההסדר אינו חלק. כאשר מטוס B-1B לנסר של חיל האוויר האמריקאי ביצע נחיתת חירום ב-29 באפריל 2025, שדה התעופה נסגר לכ-90 דקות, שירות של האנדה חזר וטיסתו חזרה בוטלה, והעיר מיסאווה ומחוז אאומורי מחו, וציינו כי ביקשו צעדים ליציבות אזרחית אחד עשר ימים קודם לכן.

מחוץ לגדר הכלכלה היא דיג וחקלאות. אגם אוגווארה הוא מים פעילים של רכיכות, וכאשר משהו מהבסיס נוחת בו, הכסף שבא אחריו הוא יפני: הסכם מעמד הכוחות וחבילת התמיכה של מדינת יפן המארחת, פיצוי דרך טוקיו במקום וושינגטון. במסגרת הסכם הצעדים המיוחדים שנחתם בדצמבר 2021 ותקף לחמש שנים מאפריל 2022, יפן התחייבה כ-1.06 טריליון ין - כ-9.33 מיליארד דולר - לתחזוקת כוחות ארצות הברית במדינה.

רעידת האדמה בעוצמה 9.0 של ה-11 במרץ 2011 זעזעה את מיסאווה קשות והותירה אותה עם נזק קל והפסקת חשמל; הצונאמי שהרס את קו החוף של האצ'ינוה ואת החוף מדרום חסך את הבסיס עצמו. מרכז החירום שלו היה מאויש לתרגיל מוכנות כאשר הקרקע זזה, ולכן דיווחי הנזק הגיעו במהירות. תוך ימים ספורים מיסאווה הפכה לבסיס מבצעי קדמי לכוחות סיוע אמריקאים ויפנים וקלטת 14 מסוקים לטיסות חלוקה.

מצב החירום הגרעיני בפוקושימה דאיצ'י עשה את מה שרעידת האדמה לא עשתה. משרד ההגנה אישר עזיבה מרצון, ובין 9,000 ל-10,000 בני משפחה עזבו את יפן, כ-7,800 מהם בהוראת צבא. טיסת הצ'רטר הראשונה שהביאה את משפחות מיסאווה הביתה נחתה ב-22 באפריל 2011 עם יותר מ-150 נוסעים על סיפונה. לאורך כל מבצע טומודאצ'י, משרד ההגנה התחייב ל-88.5 מיליון דולר, כ-24,000 אנשי צוות, 189 מטוסים ו-24 ספינות.

השינוי שמתרחש כעת הוא בכלי הטיס. הפנטגון הודיע ב-3 ביולי 2024 כי 36 מטוסי ה-F-16 של מיסאווה יפנו את מקומם ל-48 מטוסי F-35, מטוסי ה-F-35 האמריקאים הראשונים שבסיסם קבוע באזור הודו-פסיפיק, והשני בלבד מסוגו שבסיסם מחוץ לארצות הברית לאחר חיל האוויר המלכותי ליקנהית'. מטוסי F-16 משודרגים של מיסאווה עברו לאוסאן בדרום קוריאה בסוף יוני 2025; מטוסי ה-F-35 הראשונים נחתו ב-28 במרץ 2026 עבור טייסת הקרב ה-13, והכנף חשפה את הצי ב-24 באפריל 2026.