1944年11月13日、アメリカ軍がグアムを奪還してから4か月後、第854工兵航空大隊の4人の航空兵がパティ岬の石灰岩台地の測量を開始した。ハーバート・E・ブラウン・ジュニア大佐率いる同大隊は、10月9日にクワジェリンからグアム島に到着していた。ノースフィールドでの同大隊の作業は後に具体的な数値で集計された。847エーカーのジャングルが伐採され、1,231,700立方ヤードの土砂が移動され、828,000平方ヤードのアスファルトコンクリートが敷設され、181棟のクォンセット小屋と902棟の木造建築物が建てられた。.

最初の舗装は1945年1月17日に行われ、2月3日に第314爆撃航空団のC-87が着陸し、続いてカーティス・ルメイ少将がF-13Aで着陸したことで、飛行場は運用開始が宣言された。2本の平行滑走路は、長さ10,500フィート、幅500フィートに整地され、長さ8,500フィート、幅200フィートに舗装され、1,000フィートのオーバーランが設けられた。北側の滑走路は現在の06L/24R滑走路であり、南側の滑走路は06R/24Lである。.

第314爆撃飛行隊は、第19、第29、第39、第330の4つのB-29爆撃機群を率いて、1945年2月25日に東京を初めて爆撃した。4月12日、ヘンリー・E・アーウィン軍曹は燃えているリン爆弾を素手で機体から投げ捨て、B-29作戦で授与された唯一の名誉勲章を獲得した。1949年10月7日、基地は1945年2月に太平洋戦線でミラード・F・ハーモン中将と共に戦死したジェームズ・ロイ・アンダーセン准将にちなんで改名された。.

1965年6月18日、第7爆撃航空団と第320爆撃航空団のB-52Fストラトフォートレス爆撃機がアンダーセン空軍基地からサイゴン北部のベトコン基地地域に向けて出撃し、アークライト作戦の第1弾となった。出撃に関する記録はまちまちで、空軍歴史支援部は27機としているが、他の空軍の要約では30機となっている。2機の爆撃機は空中給油機を追って旋回中に、海岸から約250マイル沖合の雲の中で衝突した。爆弾が1発も投下される前に、乗員8名が死亡した。.

アークライト作戦は、1965年6月から1973年8月にかけてアンダーセン空軍基地、タイのウタパオ空軍基地、そして一時期は嘉手納空軍基地から12万6000回以上の出撃が行われ、空軍史上最長の爆撃作戦となった。月間出撃回数は1967年半ばの約800回から1968年2月には1800回に増加し、爆撃機はケサン海兵隊基地周辺に約6万トンの爆弾を投下した。アークライト作戦の最後の任務は1973年8月15日に行われた。.

1972年2月に北部への爆撃が再開された「ブレットショット作戦」の間、滑走路は爆撃機で満員になった。90日以内に1万5000人以上の兵士が臨時任務でアンダーセン基地に派遣され、兵舎は満員となり、乗組員はテント生活を送り、週80時間勤務を強いられた。その結果、1945年以来最大規模の爆撃機の集中が実現し、アンダーセン基地では約8キロメートルにわたる滑走路沿いに152機から155機のB-52爆撃機が駐機していたと公表されている。.

ラインバッカーIIは1972年12月18日から29日まで実施され、クリスマスは休止となった。B-52は出撃した741回の出撃のうち729回を有効とし、ハノイとハイフォン地域に約15,000トンの爆弾を投下し、26か所のSA-2サイトと約1,240発の地対空ミサイルを攻撃した。アンダーセンは初日の夜に87機の爆撃機を発進させた。グアムの部隊は152機から155機と様々に数えられており、ウタパオの54機のB-52Dと対峙している。.

3日目の夜は最悪だった。出撃した99機の爆撃機のうち6機が帰還しなかった。空軍は最終的に、撃墜されたB-52は15機で、そのうち10機は北ベトナムで、5機はラオスかタイに先に着地し、さらに9機はウタパオでひどく損傷して飛行不能になったと発表した。この数字には異論がある。初期のアメリカ側の声明では16機とされていたが、報道陣には17機、後に議会には13機と伝えられ、2007年のドレンコウスキーとグラウによる分析では、実際の総数は22機から27機の間であると主張された。.

行方不明となった航空機に搭乗していた92名の乗員のうち、26名が回収され、33名が捕虜となり、33名が死亡または行方不明となり、通常は25名が行方不明、8名が死亡と分けられる。11日間で失われた他の航空機には、F-111Aが2機、F-4が3機、A-7が2機、A-6が2機、EB-66が1機、RA-5Cが1機、HH-53が1機含まれていた。パリ和平協定は1973年1月27日に署名され、591名のアメリカ人捕虜が60日以内に帰国した。.

「ニューライフ作戦」は1975年4月23日から11月1日まで実施され、グアムは南ベトナムからの脱出者の受け入れ拠点となった。「ベビーリフト作戦」で空輸された約2,600人の孤児や子供たちは、すでに4月3日と4日にグアム島を通過していた。陸軍の事後報告書では、グアムで収容され手続きを受けたベトナム人の数は111,919人としているが、アンダーセンの広報室は10万人以上としており、そのうち39,000人以上が空軍基地に収容されたとしている。.

C-141スターリフターとC-130ハーキュリーズ輸送機は、アンダーセン基地の駐機場で24時間体制で荷降ろしを行っていた。1966年に建てられた鉄骨造りの宿舎は、誰もが「ティン・シティ」と呼ぶキャンプへと姿を変え、現在はトップ・オブ・ザ・ロック・クラブ周辺の野原となっている場所に建てられた。当時から残っているのは、石造りの階段くらいだ。アメリカ本土へ向かう難民のほぼ全員が、この基地を経由して手続きを受けた。.

最大の収容所は空軍基地にはなかった。シービー部隊はグアム海軍基地のオロテ岬に5万人分のテントを設営し、収容人数は最大で39,331人に達した。島の難民人口は1975年5月13日に50,450人でピークに達し、収容所は10月23日に閉鎖された。全員が脱出したわけではなかった。1,546人のベトナム人がベトナムへの帰還を要求し、10月16日に商船トゥオンティン1号に乗ってグアムを出航した。同船の船長は12年の懲役刑を受けた。.

アンダーセン空軍基地は、地球上で最も台風の被害を受けやすい海域の一つに位置し、海抜約600フィートの高原にある。1962年11月11日、超大型台風カレンがグアム島を横断した。ニミッツ・ヒルにある海軍の風速計は最大瞬間風速150マイルを記録し、島の南部では嵐の後に最大風速が174～183マイルに達したと推定された。11人が死亡し、グアム島の家屋の95％が損壊または全壊し、アンダーセン空軍基地の滑走路は使用不能となった。.

パカは1997年12月16日に襲来した。アンダーセンの熱線風速計は205ノット（時速約236マイル）の突風を記録したが、これは世界記録となるはずだった。国立気象局の評価では、事後分析ではこの記録は裏付けられていないと断言している。グアム島とロタ島では死者は出ず、被害額は6億ドルを超えた。2002年12月8日には超大型台風ポンソナが続き、島の北端が2時間近く台風の目の中にあった。.

ポンソナでは7億ドル以上の費用がかかり、グアム保健局の集計によると193人が負傷し、間接的に1人が死亡した。その女性は飛散したガラスで切り傷を負い、救助が到着できなかったため心臓発作を起こして死亡した。アンダーセンのドップラーレーダーは停電時に故障し、バックアップ発電機も作動しなかった。台風マワールは2023年5月24日にカテゴリー4で上陸したが、航空機は避難または格納庫に収容されており、死者はなく、飛行場は48時間以内に再び稼働した。.

アンダーセンが占拠している土地はチャモロ人の土地だった。1944年7月21日のグアム奪還後、軍は約5万2000エーカーの私有地を接収し、最終的には8万5000エーカーを超え、島の約63パーセントを占めるに至った。補償額は、1948年に接収された土地に1941年の土地価格を適用して算出され、インフレ調整は行われなかった。グアムペディアには、1928年に750ドルで売買された25エーカーの土地が850ドルで購入されたと記録されている。.

一部は返還された。1994年のグアム余剰地法は、連邦政府一般調達局に対し、不要となった連邦資産をグアムに無償で引き渡すよう指示しており、2011年までに2,767エーカーを超える土地をカバーする15件の権利証が交付された。1999年に設立されたグアム先祖伝来の土地委員会は、土地を元の所有者またはその相続人に引き渡している。国防総省は依然として島の約4分の1、約36,000エーカーを保有しており、そのうちアンダーセンの持ち分は14,600エーカーである。.

増強はまだ完了していない。2020年10月1日に開設され、ビセンテ・トマス・ガリード・ブラス准将にちなんで名付けられた海兵隊基地キャンプ・ブラスは、1952年以来初の新しい海兵隊基地である。約5,000人の海兵隊員が沖縄から移転し、その費用は約87億ドルに上り、そのうち日本は約31億ドルを負担する。アンダーセン基地には、2024年8月時点で16か所に設置されているグアム防衛システムの一部も設置される予定で、最初の要素は2027会計年度に、最後の要素は2032年に完成予定である。.