Het vliegveld was oorspronkelijk geen Poolse basis. Na de Duitse annexatie van Groot-Polen werd in 1940 begonnen met de bouw van de Flugzeugfabrik Focke-Wulf Posen-Kreising, een vliegtuigfabriek met een eigen vliegveld tussen de dorpen Głuszyna en Krzesiny aan de zuidoostelijke rand van Poznań. De Kronika Miasta Poznania, de stadskroniek, meldt dat de fabriek Fw 190-jagers bouwde en aan de Ta 154 werkte, en dat er ongeveer 7.000 mensen werkten.

De Amerikaanse luchtmacht viel de stad aan in 1944. De lokale historische website Polot vermeldt luchtaanvallen op 9 april en 29 mei; de eigen bronnen van de stad concentreren zich op de tweede, op Pinksteren, toen B-17's bijna 100 bommen lieten vallen en werkplaatsen, hangars, vliegtuigen en de landingsbanen verwoestten. Volgens een kroniek uit 2009 was 85 procent van de gebouwen beschadigd. Ook wordt Edward Sikora, een radio-operator van het Poolse verzet uit Ostrów Wielkopolski, geprezen voor het doorgeven van doelwitinformatie via de geheime radio.

Na het einde van de Slag om Poznań op 23 februari 1945 nam het Rode Leger in maart het vliegveld over. Het Sovjet 836e Bombardementsregiment arriveerde vanuit de omgeving van Leningrad met Tu-2 bommenwerpers en op 16 april 1945 vlogen de squadrons vanaf hier naar de Seelow-hoogte, de laatste grote Duitse linie voor Berlijn. De bronnen verschillen van mening over wanneer de Sovjets precies vertrokken. De gemeentelijke geschiedenis dateert de overdracht aan het Poolse leger in 1954, terwijl Polot melding maakt van een Pools jachtvliegtuigregiment, het 11e, dat al in april 1951 vanuit Ławica arriveerde.

Krzesiny werd in september 1954 een basis voor gevechtsvliegtuigen, toen het Ministerie van Nationale Defensie de oprichting van het 62e Trainingsregiment voor Gevechtsvliegtuigen beval. Polot zegt dat het werd gevormd uit het 2e squadron van het 11e Gevechtsvliegtuigregiment. Het werd in 1957 een regulier gevechtsvliegtuigregiment, het 62e Pułk Lotnictwa Myśliwskiego, en sloot zich aan bij het nationale luchtverdedigingssysteem. In 1958 nam het de naam aan van de opstandelingen van Groot-Polen van 1918-1919. Bronnen verschillen over de datum van de naamgeving: 6 september of 13 oktober 1958.

Het regiment heeft de verschillende generaties Sovjet-gevechtsvliegtuigen meegemaakt. Het begon met MiG-15's en hun in Polen onder licentie gebouwde versies, de Lim-1 en Lim-2, waarna het in 1958 de Lim-5 ontving en in 1959 de MiG-19P en MiG-19PM onderscheppingsvliegtuigen voor alle weersomstandigheden. De MiG-21 arriveerde in 1962 nadat het vliegveld was herbouwd. Volgens de stadskroniek dwong een verdere herbouw in 1966 het regiment om tijdelijk te verhuizen, eerst naar Babimost en vervolgens naar Żary.

De gevechtsvliegtuigjaren eisten levens. De ongevallenlijsten, samengesteld door Polot en lokale historici, vermelden minstens zes vliegers van het 62e regiment en zijn opvolger die tussen 1963 en 1992 omkwamen in MiG-21's, waaronder de basiscommandant. Na het einde van het communistische regime werd het regiment in 1994 omgedoopt tot het 3e Jachtvliegtuigregiment en in 1999 nam het het 17e squadron van Ławica, het andere militaire vliegveld van Poznań, over. Op 1 januari 2001 werd het gereorganiseerd als de 31e Luchtmachtbasis (JW 1156) en het 3e Tactische Luchtmachtsquadron, dat tot 2003 met MiG-21's bleef vliegen.

Polen koos in december 2002 voor de F-16 en tekende op 18 april 2003 een contract voor 36 F-16C en 12 F-16D Block 52+ straaljagers, waarmee het de Gripen en de Mirage 2000-5 versloeg. Krzesiny was al eerder aangewezen als basis. Het besluit om een F-16-basis volgens NAVO-normen te bouwen werd in 2001 genomen en op 12 juli 2002 werden een nieuwe landingsbaan en platform officieel geopend. Volgens het plan kreeg Krzesiny 32 straaljagers en Łask de resterende 16. Hoeveel F-16's er momenteel in Krzesiny gestationeerd zijn, is niet bekendgemaakt.

Het eerste toestel landde op 8 november 2006 na een vlucht over de Atlantische Oceaan met bijtanken in de lucht. President Lech Kaczyński nam ze de volgende dag officieel in ontvangst, en first lady Maria Kaczyńska gaf het toestel de naam Jastrząb (Havik). De eerste drie Poolse piloten voltooiden hun Amerikaanse omscholing in juni 2006: brigadegeneraal Dariusz Malinowski, kolonel Rościsław Stepaniuk en luitenant-kolonel Zbigniew Zawada. Polska Zbrojna meldt dat er eind eerste jaar 18 piloten in Polen waren opgeleid. Głos Wielkopolski zegt dat de laatste drie van de 48 straaljagers in december 2008 arriveerden.

De piloten kwamen voornamelijk van MiG-21's en de verandering was groter dan alleen het nieuwe vliegtuig. Code One, het tijdschrift van Lockheed Martin, beschreef MiG-21-vluchten van 20 tot 40 minuten met beperkte avionica. De F-16 bracht lange missies, bijtanken in de lucht en NAVO-procedures met zich mee. Het 3e squadron in Krzesiny verzorgde de Poolse basisopleiding voor de F-16 en de eerste lichting studeerde af in 2010, het jaar waarin Poolse F-16's de taken van Quick Reaction Alert overnamen. Het 6e squadron, dat in 2006 van Powidz naar Krzesiny was verhuisd, slaagde in september 2011 voor de NAVO-evaluatie. De twee squadrons werden in 2008 samengevoegd onder de 31e Tactische Luchtmachtbasis.

Het 6e squadron is het Tiger-squadron van Krzesiny. Polen nam in 2011 voor het eerst deel aan een NATO Tiger Meet, het jaar waarin de vereniging haar 50-jarig jubileum vierde. Volgens het ministerie werd het squadron in 2014 volwaardig lid van de NATO Tiger Association, nadat het de titel van beste vliegende squadron had gewonnen. Sindsdien heeft het deelgenomen aan de oefeningen en wedstrijden van de vereniging, meest recentelijk aan Tiger Meet 2026 in Araxos, Griekenland, georganiseerd door het Griekse 335e Squadron.

In mei 2018, het jaar waarin Polen zijn honderdjarig bestaan vierde, organiseerde het squadron de Tiger Meet in Krzesiny, de eerste in zijn soort in Polen. Van 14 tot en met 25 mei vlogen 22 squadrons uit 13 landen met ongeveer 70 vliegtuigen, 10 helikopters en een NAVO AWACS-vliegtuig vanaf de basis: F-16's, Eurofighters, Rafales, Gripens en Tornados, plus Gazelle-, Puma- en Merlin-helikopters. Het ministerie noemde het de grootste onderneming van de Poolse luchtmacht van het jaar, met meer dan 2000 deelnemers.

Hetzelfde squadron gaf aanleiding tot de oprichting van het F-16 Tiger Demo Team Poland. Het team werd in 2015 opgericht en trad in september van dat jaar voor het eerst op tijdens de jubileumviering van de basis. De eerste Poolse piloten werden getraind door Griekse demonstratiepiloten van het Zeus-team. Het team vliegt met een standaard F-16C Block 52+ in tijgerstreepkleuren. Kapitein Robert Głązka was de eerste demonstratiepiloot. Maciej Krakowian nam het stokje over in het voorjaar van 2023, naar verluidt eind april of mei.

De missie van het team eindigde in een tragedie in Radom op 28 augustus 2025. Krakowian, toen majoor en teamleider, kwam om het leven tijdens een repetitie voor de 18e Internationale Luchtshow van Radom, waarna de show werd afgelast. Zijn ongeluk was het eerste dodelijke ongeval in bijna twintig jaar dat Poolse F-16's vlogen. Zowel het militair openbaar ministerie als de staatscommissie voor ongevallenonderzoek doen onderzoek.

Krzesiny ligt binnen de stadsgrenzen van Poznań, en de komst van de F-16's bracht de basis voor de rechter. Op 17 december 2003 stelde de woiwode van Wielkopolska een gebied met beperkte toegang in rond het vliegveld (Verordening nr. 50). Eigenaren binnen dit gebied konden een schadevergoeding eisen voor waardevermindering van hun eigendom. Nadat de F-16's in 2006 begonnen te vliegen, meldde Głos Wielkopolski protesten van omwonenden die niet met het lawaai wilden leven.

De claims namen snel toe. Głos Wielkopolski meldde dat eigenaren in het gebied bijna 280 miljoen zloty eisten. Begin 2013 hadden zo'n 500 zaken het leger al zo'n 39 miljoen zloty gekost, en er waren er nog zo'n 200 in behandeling. In een zaak uit 2008 (II CSK 367/08) oordeelde het Hooggerechtshof dat eigenaren niet hoefden te bewijzen dat de vluchten onwettig waren, omdat aansprakelijkheid voor vliegtuigoperaties neerkomt op aansprakelijkheid voor risico.

De rechtspraak raakte vervolgens verdeeld. Een wetswijziging in 2008 droeg de bevoegdheid om dergelijke zones te creëren over van de woiwoden naar de regionale assemblees. Het Hoogste Bestuursgerechtshof oordeelde in 2009 en 2010 dat de regeling uit 2003 daardoor was komen te vervallen, terwijl het Hooggerechtshof en de gewone rechtbanken deze bleven beschouwen als geldig. Eind 2019 lag de kwestie voor bij het Constitutioneel Hof. Głos Wielkopolski meldde dat slechts ongeveer 1.500 van de circa 4.500 inwoners die recht hadden op compensatie een claim hadden ingediend.

De F-16's van Krzesiny waren paraat voor snelle reactie toen Rusland Oekraïne binnenviel. Luitenant-kolonel Łukasz Gradziński, commandant van het 6e squadron, vertelde Polska Zbrojna dat 24 februari 2022 rustig was begonnen, zonder dat er overdag een snelle aanval plaatsvond. Rond vier uur 's ochtends ging het alarm af en vanaf dat moment waren de straaljagers onafgebroken in de lucht. Er volgden continue luchtpatrouilles langs de oostgrens.

De basis was al eerder gebruikt om Amerikaanse plannen voor het opereren vanaf verspreide vliegvelden te testen. Van half juli tot half augustus 2018 was het de locatie voor de eerste Deployable Air Base System-oefening van de Amerikaanse luchtmacht in Europa, waaraan personeel van de Amerikaanse luchtmacht, de Air National Guard en het Amerikaanse leger deelnam. In april 2021 landden F-15E's en F-15C's van de 48th Fighter Wing van RAF Lakenheath op Łask en Krzesiny voor een Agile Combat Employment-oefening.

De meest zichtbare geallieerde aanwezigheid was die van Noorse zijde. Vier F-35A's van de Koninklijke Noorse Luchtmacht, afkomstig van de 132e Luchtvleugel in Ørland, landden op 8 en 9 januari 2025 in Krzesiny, conform een Pools-Noorse overeenkomst uit december 2024. Ze voerden de geïntegreerde lucht- en raketverdedigingsmissie van de NAVO uit en bewaakten onder andere de hub Rzeszów-Jasionka, via welke hulp Oekraïne bereikt. In de nacht van 15 januari 2025 stegen twee van deze toestellen op tijdens een Russische raketaanval op Oekraïne. De eerste rotatie duurde tot in de zomer, en een tweede rotatie met vier vliegtuigen en ongeveer 100 manschappen arriveerde begin oktober 2025.

Polska Zbrojna beschreef hoe Noorse F-35's en Poolse F-16's samenwerkten vanaf hetzelfde platform. Luitenant-kolonel Michał Zloch, commandant van het 3e squadron, verwoordde het in de volksmond: bij gezamenlijke missies, zei hij, is de F-35 degene die de deur openbreekt. Dat was een voorproefje van de Poolse toekomst met de vijfde generatie gevechtsvliegtuigen. Het eerste Poolse F-35 squadron wordt gevormd in Łask, niet in Krzesiny, en de volgende stap voor Krzesiny is de F-16V-upgrade, waarvoor in augustus 2025 een contract werd getekend voor ongeveer 3,8 miljard dollar netto, en die tussen 2028 en 2038 zal plaatsvinden op de basis WZL-2 in Bydgoszcz.