Het vliegveld begon in 1924 als Tjililitan, een landingsplaats in Nederlands-Indië die werd gebruikt door KNILM, de koloniale luchtvaartmaatschappij. De eerste testvlucht vond plaats in de eerste weken van 1942. Volgens Wikipedia werd het vliegveld op 25 februari 1942 getroffen door een Japanse luchtaanval van de marine, terwijl acht Hawker Hurricanes probeerden het te verdedigen; één Britse soldaat kwam daarbij om het leven. Binnen enkele weken was Java gevallen en vlogen Japanse Zero-jagers vanaf Tjililitan tot 1945.

Na de Japanse overgave kwam het vliegveld tijdens de Onafhankelijkheidsoorlog weer onder Nederlands beheer. Nederland droeg het formeel over aan de Indonesische regering op 20 juni 1950, een jaar nadat het de Indonesische soevereiniteit had erkend, en de jonge luchtmacht AURI nam er haar intrek. Op 17 augustus 1952 werd het hernoemd naar Abdul Halim Perdanakusuma, een van de oprichters van de luchtmacht, die samen met Iswahjudi was omgekomen bij een vliegtuigongeluk tijdens de terugreis vanuit Thailand in 1947. In de jaren 50 en 60 waren er verschillende squadrons op de basis gestationeerd; Wikipedia vermeldt dat de C-47 Dakota's van het 2e Squadron deel uitmaakten van de vliegtuigen die Operatie Trikora ondersteunden, de campagne van 1961-1962 in West-Nieuw-Guinea.

De naam van Halim is voor altijd verbonden aan de gebeurtenissen van 1 oktober 1965. Volgens het verslag zoals samengevat door Wikipedia verlieten de troepen van de Beweging van 30 september rond 03:15 uur de basis om legergeneraals te ontvoeren. Zes legergeneraals en een zevende officier werden gedood en hun lichamen werden in een put gegooid in Lubang Buaya, vlakbij de basis waar de luchtmacht een burgermilitie trainde. Die nacht bezochten zowel de communistische partijleider D.N. Aidit als de commandant van de luchtmacht, luchtmaarschalk Omar Dani, Halim; ook president Sukarno kwam langs en zei dat hij in de buurt van een vliegtuig wilde zijn voor het geval hij Jakarta moest verlaten.

Sukarno vertrok op de avond van 1 oktober naar Bogor. In de vroege ochtend van 2 oktober, na wat Wikipedia een kleine veldslag noemt, heroverden legereenheden de basis; Aidit was al naar Yogyakarta gevlogen en Dani naar Madiun. De zeven lichamen werden op 4 oktober uit de put gehaald. Het officiële verslag van de Nieuwe Orde, die de beweging 'G30S/PKI' noemde, gebruikte de rol van de basis om de luchtmacht en de communistische partij in verband te brengen met de moorden; het Cornell Paper van Benedict Anderson en Ruth McVey, en later John Roosa, interpreteerden het bewijsmateriaal anders. Wat niet wordt betwist, is het resultaat: de luchtmacht verloor haar commandant en haar politieke aanzien, en haar met Sovjet-uitrusting uitgeruste strijdkracht verzwakte binnen vijf jaar.

Halim is nooit een gevechtsvliegbasis geworden. De functie ervan is transport, commandocentrum en ceremonieel. Wikipedia vermeldt vier vliegende squadrons: het 31e met Hercules- en A400M-vliegtuigen, het 17e met de VIP Falcon en Boeing-jets die de president vervoeren, het 2e met CN295's en het 45e met Super Puma-helikopters. De basis is tevens het hoofdkwartier van het Nationale Luchtoperatiecommando en van Luchtoperatiecommando I, en huisvest meer dan 20 ondersteunende eenheden, waaronder het centrale ziekenhuis van de luchtmacht.

Het vliegveld heeft ook een dubbele functie gehad. Internationale vluchten werden vanaf Halim uitgevoerd van 1974 tot de opening van Soekarno-Hatta in 1985; binnenlandse vluchten keerden terug in 2013 en Batik Air gebruikt het nu als hub. Tussen maart en september 2022 werden de landingsbaan, taxibanen, platforms en terminals gerenoveerd voor een bedrag van 500 miljard rupiah. In september 2026 legde as van Anak Krakatau het vliegverkeer in de regio's Jakarta en Bandung twee dagen stil, waardoor hulpvluchten naar Oost-Nusa Tenggara werden gestaakt tot de basis op 8 september weer werd geopend.

De belangrijkste dag in de recente geschiedenis van Halim was 18 mei 2026, toen president Prabowo Subianto de officiële overhandiging bijwoonde van zes Dassault Rafales, vier Falcon 8X'en, de eerste A400M, een GM403-radar en Hammer- en Meteor-wapens. ANTARA meldde dat de Rafales werden toegewezen aan het 12e Luchteskader, dat is gestationeerd in Roesmin Nurjadin in Pekanbaru, en niet in Halim; de ceremonie vond plaats in Jakarta omdat de staat daar zijn nieuwe materieel presenteert. Prabowo benadrukte bij deze gelegenheid dat de aankoop defensief van aard was. Drie maanden later, op 17 augustus 2026, vlogen Rafales en A400M's over het Merdeka-paleis ter gelegenheid van Onafhankelijkheidsdag.