Sargodha begon in de jaren dertig als een bescheiden landingsbaan van de Royal Air Force, een van de vele die in de laatste decennia van de Britse overheersing in Punjab werden aangelegd. Het was de Pakistaanse luchtmacht die er betekenis aan gaf. De PAF nam in 1959 de PAF-basis Sargodha in gebruik, in de jaren dat Amerikaanse militaire hulp de luchtmacht voorzag van F-86 Sabres. Deze basis werd het centrum van wat de luchtmacht het Sargodha-vliegveldcomplex noemde: de hoofdbasis en de satellietvliegvelden eromheen.

Volgens een artikel uit 2019 in ThePrint, geciteerd door Wikipedia, huisvestte het complex in de zomer van 1965 tot wel 80 F-86 Sabres en vijf F-104 Starfighters, een aanzienlijk deel van de frontlinie van de Pakistaanse luchtmacht (PAF). Deze concentratie verklaart waarom India het complex als eerste doelwit koos toen de oorlog in september escaleerde. Tegenwoordig is de basis een belangrijke operationele basis onder het Centraal Luchtcommando, de thuisbasis van de 38e Multi-Role Wing en squadrons die volgens Wikipedia de 9e 'Griffins', de 24e 'Blinders', de 29e 'Aggressors' en de 82e 'Stallions' zijn, die vliegen met types zoals F-16's, JF-17's en F-7's. De PAF publiceert geen gedetailleerde gevechtsorde per squadron, en de Wikipedia-pagina's spreken elkaar niet in alle details tegen.

De basis ligt in hetzelfde district als de Kirana Hills, een reservaat van het Ministerie van Defensie dat volgens Wikipedia tussen 1983 en 1995 een locatie was waar Pakistan experimenten uitvoerde met subkritische kernwapens. Die buurt is een van de redenen waarom het gebied bij elke crisis tussen India en Pakistan de aandacht trekt.

Op de avond van 6 september 1965 bombardeerde de Pakistaanse luchtmacht (PAF) Pathankot, Adampur en Halwara. India beantwoordde de aanval de volgende ochtend. Volgens Wikipedia, dat zich baseert op de werken van de Indiase historici Jagan Mohan en Samir Chopra, voerde de Indiase luchtmacht op 7 september 33 sorties uit op het zwaar verdedigde complex van Sargodha. De Indiase verliezen aan de lokale PAF-eskaders bestonden uit twee Mystères en drie Hunters. Een beschadigde Mystère vocht tegen een F-104 en beide werden neergeschoten; de piloot, Squadron Leader Ajjamada B. Devaiah, kwam om het leven en ontving postuum de Maha Vir Chakra in 1988, zo'n 23 jaar later, nadat zijn lot was gereconstrueerd.

De gevechten om Sargodha leverden de beroemdste en meest omstreden bewering van de oorlog op. Pakistaanse bronnen schrijven Squadron Leader Muhammad Mahmood Alam, die in een Sabre vloog, de vernietiging van vijf Hawker Hunters toe in ongeveer een minuut, waarvan er volgens zijn eigen verklaring vier in 30 seconden werden neergehaald. De Indiase luchtmacht heeft altijd ontkend die dag vijf Hunters te hebben verloren. Wikipedia vermeldt dat verschillende experts de telling in twijfel hebben getrokken en dat er geen verifieerbare beelden van boordcamera's openbaar zijn gemaakt. De eerlijke conclusie is dat beide luchtmachten die dag vliegtuigen boven en rond Sargodha hebben verloren en dat de aantallen een kwestie van woord tegen woord blijven.

De dag is nog steeds van belang voor beide partijen. Pakistan noemde zijn basis in Mianwali in 2014 naar Alam, en in 2025 verfilmde de Indiase film Sky Force de Indiase aanvallen op Sargodha.

De Pakistaanse luchtmacht (PAF) opende in april 1958 een vliegleiderschool in Masroor onder leiding van luchtmaarschalk Asghar Khan. Deze school raakte in verval na de oorlog van 1965 en was begin jaren zeventig volledig verdwenen. Op 5 mei 1976 richtte de luchtmacht de Combat Commanders' School in Sargodha op om de school nieuw leven in te blazen en verder uit te bouwen. Deze school werd officieel ingehuldigd op 15 augustus 1977.

De school leidt squadroncommandanten in het midden van hun carrière, wapeninstructeurs en luchtverdedigingsleiders op, ontwikkelt tactieken en standaardiseert gevechtsvliegtuigsquadrons. Er worden een gevechtscommandantenopleiding van vier tot vijf maanden, een wapenopleiding van drie maanden en een integratiecursus voor gevechtsvliegtuigen van vier tot vijf weken aangeboden; in februari 2023 waren er 57 cursisten afgestudeerd. De uitrusting volgt de geschiedenis van de Pakistaanse luchtmacht (PAF): Mirage III's en F-6's aan het begin, een F-16-squadron vanaf 1988, F-7P's vanaf 1993, JF-17's vanaf 2015 en F-7PG's vanaf 2023. Het Mirage-squadron werd in januari 2024 ontmanteld.

Het Wikipedia-artikel vermeldt dat bezoekende luchtmachtchefs onder de indruk waren van de vrijheid die de school studentpiloten geeft bij de training in luchtgevechten met verschillende vliegtuigtypen, waarbij ze hun eigen missies plannen en uitvoeren op zeer lage hoogte. Sinds 1992 organiseert de school ook Exercise Saffron Bandit, een grootschalige trainingsoefening die zo dicht mogelijk bij een oorlogssituatie komt als in vredestijd mogelijk is.

Op 20 februari 2003 stortte een Fokker F27 van de Pakistaanse luchtmacht (PAF) met aan boord de chef van de luchtmachtstaf, luchtmaarschalk Mushaf Ali Mir, neer op een heuvel in de omgeving van Kohat tijdens slecht weer. Zeventien mensen kwamen om het leven, onder wie zijn vrouw en vijftien hoge officieren. De PAF-basis Sargodha werd later dat jaar naar hem vernoemd. Pakistaanse persberichten, samengevat door Wikipedia, meldden in 2015 dat het toestel al lang voor de crash als defect was aangemerkt.

Op 1 november 2007 reed een zelfmoordterrorist op een motorfiets in op een bus met luchtmachtofficieren op de weg naar Faisalabad, vlakbij Sargodha en het munitiedepot van Kirana. ABC News meldde elf doden, van wie zeven officieren van de Pakistaanse luchtmacht, en 28 gewonden; de aanslag werd toegeschreven aan Taliban- en Al-Qaeda-strijders.

Op 10 mei 2025, tijdens het conflict dat India Operatie Sindoor en Pakistan Operatie Bunyan-um-Marsoos noemt, zei India dat het Mushaf met precisiewapens had aangevallen. Satellietbeelden die door Indiase en Amerikaanse media werden gepubliceerd, toonden een krater op de landingsbaan. Het Pakistaanse leger bevestigde dat één piloot was omgekomen in Mushaf, een van de zes die omkwamen bij de aanvallen op hun bases. Pakistan heeft geen schaderapport voor de basis gepubliceerd.