Em 1941, a Força Aérea Real Canadense (RCAF) procurou por um terreno plano na cabeceira das águas navegáveis do rio Saguenay e o encontrou. A região possuía terras agrícolas desmatadas, isolamento geográfico, o porto de águas profundas de Port-Alfred nas proximidades e uma ferrovia. A construção começou naquele verão em dois campos: a Estação RCAF St-Honoré, perto de Chicoutimi, que foi inaugurada em junho de 1942, e a Estação RCAF Bagotville, em La Baie, que foi inaugurada em 17 de julho de 1942, tendo St-Honoré como sua sub-base.

O que tornava o Vale do Saguenay digno de defesa era o alumínio. A fundição da Alcan em Arvida era uma das maiores instalações industriais do Canadá e produzia uma parcela substancial do metal usado na construção das forças aéreas aliadas, e as usinas hidrelétricas que a alimentavam ficavam no mesmo vale. Em 1942, submarinos alemães afundavam navios no Golfo do México e no baixo São Lourenço, no que ficou conhecido como a Batalha do São Lourenço. Bagotville e Mont-Joli foram erguidas em conjunto para combater a ameaça e acalmar o medo local, o que não era uma tarefa trivial.

A base tinha duas funções simultaneamente. A Unidade de Treinamento Operacional nº 1 treinava pilotos de caça de toda a Commonwealth, de acordo com o Plano de Treinamento Aéreo da Commonwealth Britânica, em aeronaves Hurricane, Kittyhawk, Harvard e Lysander; era a única base de treinamento de caças Hurricane do país. Ao lado, ficava o Esquadrão 130 "Panthère", uma unidade operacional de defesa aérea para a fundição, cujo lema "Défendez le Saguenay" foi posteriormente adotado por toda a base. O Esquadrão 129 assumiu a tarefa de defesa aérea em 24 de outubro de 1943 e, dois meses depois, a Unidade de Treinamento Operacional nº 1 a absorveu.

Os números do treinamento são alarmantes. Em 29 cursos ao longo de 28 meses, a 1ª Unidade de Treinamento Operacional (1 OTU) formou 940 pilotos de caça e 41 homens morreram. Com a queda na demanda por tripulantes, a base entrou em declínio: a 1ª OTU encerrou suas operações em 28 de outubro de 1944, foi dissolvida em novembro e Bagotville e St-Honoré foram fechadas e desativadas em 5 de janeiro de 1945.

O Esquadrão 425 foi formado na RAF Dishforth, em Yorkshire, em 22 de junho de 1942, como a primeira unidade franco-canadense da Força Aérea Real Canadense, operando aeronaves Vickers Wellington com o Grupo nº 6. Entrou em combate na noite de 5 para 6 de outubro de 1942 contra Aachen. Em 1943, foi destacado para Kairouan, na Tunísia, e operou contra a Itália e a Sicília antes de retornar à Inglaterra em novembro, convertendo-se para o Handley Page Halifax em dezembro e realizando sua primeira missão com o Halifax em fevereiro de 1944.

Sua última operação na guerra foi em 25 de abril de 1945, contra baterias de canhões na ilha frísia de Wangerooge. Em seguida, foi reequipado com aviões Avro Lancaster Mk X de fabricação canadense e retornou à Inglaterra em junho para se preparar para a Força Tigre e a invasão do Japão. As bombas atômicas tornaram a Força Tigre desnecessária e o Esquadrão 425 foi desativado na Base Aérea Real Canadense de Debert em 5 de setembro de 1945, menos de três semanas após a rendição japonesa.

O esquadrão foi reformado em St-Hubert em outubro de 1954, operando o CF-100 Canuck, tornou-se a unidade de treinamento operacional para o CF-101 Voodoo em Namao no final de 1961 e mudou-se para Bagotville no verão de 1962, onde permanece desde então. A conversão para o CF-188 Hornet ocorreu em 1º de julho de 1984. Em 2008, recebeu sua primeira honra de batalha desde a Segunda Guerra Mundial, pela Operação Força Aliada sobre Kosovo.

Sua história recente é predominantemente do leste europeu. Quatro aeronaves foram enviadas para Câmpia Turzii, na Romênia, em 2014, como parte das medidas de segurança da OTAN após a anexação da Crimeia; um destacamento de quatro aeronaves, com cerca de 100 militares, foi enviado para Mihail Kogălniceanu em março de 2016 para o Exercício Resilient Resolve; e o esquadrão retornou a Mihail Kogălniceanu em 2022 para reforçar o policiamento aéreo na região do Mar Negro. Esse é o significado prático de uma base de caças no Saguenay na década de 2020.

Bagotville foi reativada em 1º de julho de 1951, com o agravamento da Guerra da Coreia e da Guerra Fria, inicialmente como base de treinamento para esquadrões destinados à Europa. Os Esquadrões 413 e 414 treinaram aqui com aviões Sabre antes de serem enviados para a Europa para o Exercício Leapfrog III, em março de 1953. O Esquadrão 431 foi reformado com o Sabre em janeiro de 1954 como medida provisória e desativado nove meses depois. Em 1954, o caça todo-tempo CF-100 Canuck chegou junto com os Esquadrões 432 e 440, e em 1957 o CT-133 Silver Star juntou-se a eles como aeronave de treinamento.

O Voodoo mudou o caráter da base. O Esquadrão 416 foi formado em Bagotville com o CF-101 em 1961 e mudou-se para Chatham no ano seguinte; o Esquadrão 425 chegou no verão de 1962 com o mesmo modelo. Essas aeronaves foram modificadas para transportar o AIR-2 Genie, um foguete ar-ar não guiado com uma ogiva nuclear projetada para destruir formações inteiras de bombardeiros soviéticos, e as ogivas foram armazenadas em Bagotville sob os acordos de custódia que se seguiram à crise que derrubou o governo Diefenbaker em 1963.

Eles permaneceram lá até a retirada das armas no início da década de 1980. Essa é a parte da história da base menos visível aos visitantes e a que mais transforma o local: por duas décadas, uma tranquila cidadezinha à beira de um fiorde em Quebec conviveu ao lado de armas nucleares americanas, e o acordo não era secreto nem muito discutido.

A unificação em 1º de fevereiro de 1968 transformou a Estação da RCAF em Bagotville na CFB Bagotville. O Esquadrão 410 foi formado ali para treinamento naquele ano e transferido para Cold Lake em 1982; o Esquadrão 433 chegou da reorganização em setembro de 1969 com o CF-5; o Esquadrão 434 "Bluenose" substituiu o 410 em 1982 e partiu para Chatham em julho de 1985. Em 1º de julho de 1984, o Esquadrão 425 trocou seus Voodoos por Hornets, e em 1985 os dois primeiros Hornets assumiram o alerta NORAD 24 horas por dia.

O Esquadrão 433 foi formado na RAF Skipton-on-Swale em 25 de setembro de 1943 e permaneceu inativo por quase dois meses sem aeronaves. Com a chegada dos Halifax Mk III, o esquadrão iniciou seus treinamentos e operações em 2 de janeiro de 1944, sobrevoando o continente europeu à noite durante um ano, antes de se converter para os Lancaster em janeiro de 1945. Entre janeiro de 1944 e abril de 1945, os "Porcupines" realizaram 2.316 missões bem-sucedidas. Após a guerra, transportaram tropas e prisioneiros de guerra da Alemanha e da Itália de volta para casa até a dissolução do esquadrão em Skipton-on-Swale, em 15 de outubro de 1945.

O esquadrão foi reformado como uma unidade de caça para todos os climas em Cold Lake, em 15 de novembro de 1954, mudou-se para North Bay em outubro de 1955, operou o CF-100 na defesa aérea da América do Norte e foi dissolvido em 31 de julho de 1961. Retornou às atividades em 26 de setembro de 1969 em Bagotville como um esquadrão de língua francesa do Comando Móvel, operando o CF-5 Freedom Fighter em missões táticas e de reconhecimento, e convertendo-se para o CF-188 Hornet em 1984. Interrompeu as operações em 1986 para reestruturação e retornou ao Hornet em janeiro de 1988.

Então, foi novamente desativado. Em 14 de julho de 2005, o esquadrão foi desativado após 62 anos, e suas aeronaves e pessoal foram incorporados ao 425º Esquadrão, que se tornou uma unidade bilíngue. Os Porcupines passaram a existir apenas como uma lembrança e um emblema — um porco-espinho dourado sobre prata, com o lema "Qui s'y frotte s'y pique", algo como "quem se esfrega nele se espeta" — e os membros do esquadrão foram dispersos.

Foi reativado em Bagotville em 9 de junho de 2015, restaurando a Força Aérea Real Canadense a quatro esquadrões de caça. O comandante da força aérea na cerimônia, Tenente-General Yvan Blondin, havia começado sua própria carreira no CF-188 com o Esquadrão 433 e assinado a ordem que aposentou seu modelo padrão dez anos antes. Os membros do esquadrão são conhecidos como "Ti-pics", e ele usou o termo para se referir a si mesmo.

Entre 19 e 21 de julho de 1996, duas semanas de chuva em solo saturado produziram a maior inundação terrestre da história canadense do século XX. Em dois dias, o rio Saguenay recebeu uma quantidade de chuva equivalente ao volume que cai nas Cataratas do Niágara em quatro semanas; mais de dois metros de água invadiram partes de Chicoutimi e La Baie. Dez pessoas morreram na inundação e outras duas nos deslizamentos de terra que ela causou, 488 casas foram destruídas e 1.230 danificadas, 16.000 pessoas foram evacuadas e os prejuízos chegaram a cerca de CA1.400.000 (dólares canadenses) por 1,5 bilhão de dólares canadenses.

Bagotville tornou-se o abrigo da região. Durante a Operação Saguenay, uma das maiores operações de resgate em território canadense já realizadas pelas Forças Armadas, a base acolheu 4.189 evacuados e sua cozinha serviu um número recorde de 15.000 refeições. A importância da base no Vale do Saguenay não se resume a cartazes de recrutamento; ela se baseia em duas semanas de 1996 que a maioria das pessoas no vale ainda consegue descrever.

Em anos normais, a relação se dá por meio da folha de pagamento e do show aéreo. Cerca de 1.700 militares e civis trabalham em Bagotville, tornando-a uma das maiores empregadoras da região. O Spectacle aérien international de Bagotville acontece aproximadamente a cada dois anos desde 1953; a edição de 2024, nos dias 22 e 23 de junho, atraiu um público recorde de 151.000 pessoas durante o fim de semana, 83.000 no sábado e 68.000 no domingo, após um intervalo de cinco anos. O Musée de la défense aérienne fica na base, com aeronaves em exposição na área externa.

O futuro chega como concreto. O 12º Esquadrão de Radar foi instalado aqui em 1º de março de 1999 para substituir a estação de radar desativada em Mont Apica. A 2ª Esquadrilha, o quartel-general da ala expedicionária destacável, foi formada em 2012 e uma instalação de 131 milhões de libras esterlinas para ela teve sua construção iniciada em 2023. Em agosto de 2024, Pomerleau iniciou as obras da instalação de alerta de reação rápida do NORAD para o CF-35A, orçada em 120 milhões de libras esterlinas: 7.400 metros quadrados de hangares, escritórios e alojamentos para a tripulação dentro de um complexo seguro de 17.000 metros quadrados, com previsão de conclusão para 2027, sustentando mais de 600 empregos regionais.