Баграм был построен при советской помощи в 1950-х годах, когда Афганистан при премьер-министре Дауде обратился к Москве за оружием. Английская Википедия сообщает, что президент Эйзенхауэр приземлился здесь в 1959 году, и его встретили король Захир-шах и сам Дауд — напоминание о том, что в течение нескольких лет обе сверхдержавы налаживали отношения с Кабулом. К 1970-м годам на этом аэродроме базировался 322-й полк МиГ-21 ВВС и офицерский корпус, прошедший подготовку в Советском Союзе.

Этот офицерский корпус совершил Саурскую революцию. 27 апреля 1978 года, согласно Википедии, полковник Абдул Кадир "вылетел на вертолете на авиабазу Баграм", принял командование там и "организовал авиаудары по королевскому дворцу", в то время как танки атаковали в Кабуле. Офицеры, оказавшие сопротивление на аэродроме, были убиты. Дауд погиб в Арге той ночью. Число погибших оспаривается: Энтони Хайман называет 30 офицеров, убитых только в Баграме, в то время как Мохаммад Наби Азими писал, что всего могло погибнуть около 40 человек; другие оценки значительно выше.

После советской интервенции в декабре 1979 года Баграм стал одним из главных центров ограниченного контингента. В Википедии указано, что на базе или в её окрестностях базировались 108-я мотострелковая дивизия и 345-й гвардейский воздушно-десантный полк, а также 368-й штурмовой авиационный полк с самолётами Су-25 с октября 1986 по ноябрь 1987 года. Наряду с ними оставались афганские подразделения: 322-й истребительный авиационный полк и 321-й авиационный полк, а также три эскадрильи МиГ-21, всё ещё базировавшиеся в Баграме в 1990 году.

Роль базы в афганской политике не закончилась выводом советских войск в феврале 1989 года. Во время неудавшегося государственного переворота 6-7 марта 1990 года пилоты, верные министру обороны Шахнавазу Танаи, атаковали Кабул; три ракеты упали недалеко от президентского дворца. Днём 7 марта Танаи прибыл в Баграм и бежал на вертолёте в Пешавар в Пакистане. В последовавшей гражданской войне, как сообщает Википедия, Северный альянс и Талибан с 1999 года контролировали один конец базы, причём Талибан находился в пределах досягаемости артиллерии и миномётов противника.

В начале декабря 2001 года британская Специальная лодочная служба (Special Boat Service) взяла аэродром под свой контроль, за ней последовала 10-я горнопехотная дивизия США. К середине июня 2002 года там находилось более 7000 американских и союзных военнослужащих, а к 2009 году база могла вместить около 10 000 человек. Агентство исторических исследований ВВС США сообщает о 455-м авиационном экспедиционном крыле в Баграме с 26 июля 2002 года, совершавшем в разное время полеты на самолетах A-10, F-16, F-15E, C-130 и MC-12 в рамках контртеррористических миссий; английская Википедия добавляет информацию о самолетах EA-6B с 2003 года и MQ-9 с 2014 года.

Баграм также был местом содержания под стражей. Тюрьма Парван, строительство которой было завершено в ноябре 2009 года и которая вмещала около 3000 человек, была передана под контроль Афганистана в 2012 году. База неоднократно подвергалась нападениям: в феврале 2007 года террорист-смертник убил 23 человека у ворот во время визита вице-президента Чейни, а в ноябре 2016 года другой террорист убил по меньшей мере четырех американцев. В апреле 2013 года грузовой самолет Boeing 747 разбился при взлете, погибли все семь членов экипажа.

Американские войска покинули Баграм в ночь с 1 на 2 июля 2021 года. Новый командующий афганскими войсками, генерал Мир Асадулла Кохистани, сообщил «Аль-Джазире», что его войска узнали об этом только утром, после чего мародеры разграбили казармы, а затем были выдворены. 15 августа 2021 года, когда Исламская Республика рухнула, афганские войска отступили, и талибы захватили базу и освободили содержавшихся там заключенных.

Баграм стал символом. В августе 2024 года талибы отметили третью годовщину своей победы там. В сентябре 2025 года президент Трамп заявил, что Соединенные Штаты пытаются вернуть базу, ссылаясь на ее удаленность от китайских ядерных объектов; представитель талибов Забихулла Муджахид ответил, что афганцы никогда никому не отдадут свою землю, а 7 октября 2025 года на встрече региональных держав в Московском формате иностранная военная инфраструктура в Афганистане была названа неприемлемой. 1 марта 2026 года, во время афгано-пакистанской войны, пакистанские официальные лица заявили, что уничтожили самолеты на аэродроме; представители талибов заявили, что ущерба нанесено не было. Спутниковые снимки, опубликованные The New York Times, показали разрушенные ангар и два склада.