Ровная местность к юго-востоку от Шяуляя впервые использовалась для воздушных боев немецкой армией, которая построила здесь ангары для своих дирижаблей ’Цеппелин» в 1916–1917 годах, согласно английской Википедии. Когда независимой Литве понадобилась вторая авиабаза, она выбрала то же место. Согласно собственной истории вооруженных сил, военная авиабаза в Жокняе была основана 1 августа 1931 года, а ее командиром был майор Леонардас Песецкас. Википедия добавляет, что она была построена для 3-й, 4-й и 5-й эскадрилий и вмещала 35 самолетов — значительную часть авиабазы, которая в середине 1940 года насчитывала 117 самолетов.

Война и оккупация превратили Зокняй в крупный аэродром. Википедия утверждает, что бетонные взлетно-посадочные полосы были проложены во время немецкой оккупации в 1943 году, а после войны советские войска захватили базу и к 1957 году построили две параллельные взлетно-посадочные полосы длиной около 3,5 и 3,2 километра для реактивных бомбардировщиков Ил-28, сделав её одной из всего шести советских баз, способных принимать стратегические бомбардировщики М-4 Мясищева. Информация о советских подразделениях, дислоцированных здесь в последующие десятилетия, не подтверждена проверенными источниками и не указана на этой странице.

Эти советские взлетно-посадочные полосы — наследие базы. В литовском AIP указаны взлетно-посадочные полосы 14L/32R размером 3500 на 45 метров и 14R/32L размером 3244 на 32 метра, с высотой аэродрома 447 футов. Именно благодаря им НАТО смогло разместить здесь истребители, самолеты-заправщики и самолеты AWACS с первого дня, а гражданская часть аэропорта может принимать грузовые самолеты Boeing 747.

Литовское подразделение в Шяуляе — это авиационная база (Aviacijos bazė). Её датой является 12 июня 1992 года, когда с аэродрома Барысяй взлетел самолет Ан-2 с двойным крестом Витиса на крыльях — это был первый полет восстановленных ВВС. После 1 марта 1993 года она стала первой авиационной базой ВВС Литвы, а в период с 1995 по 1999 год, согласно Википедии, переехала в Зокняй; вторая авиабаза в Паюостисе близ Паневежиса была закрыта в 2007 году. Гражданская часть аэродрома получила статус международного аэропорта в 1994 году.

Официальные задачи базы — поддержание в рабочем состоянии военного аэродрома, участие в патрулировании воздушного пространства совместно с другими подразделениями, обеспечение поисково-спасательных работ для всех пользователей литовского воздушного пространства — задача, которую правительство поручило военно-воздушным силам 24 января 1996 года, — а также оказание поддержки силам НАТО и ЕС со стороны принимающей страны. На базе расположены штаб, отдел безопасности полетов, группа воздушных операций и группа оперативной поддержки, а также отдельные спасательные посты в Каунасе и Немирсете. Ремонтный склад вооружения и оборудования открылся 1 октября 2004 года. По данным Википедии, в 2020 году численность военного и гражданского персонала аэропорта составляла около 400 человек.

В её арсенале транспортные самолёты и вертолёты. Первый из трёх C-27J Spartan приземлился в Шяуляе 22 декабря 2006 года; остальные прибыли в 2008 и 2009 годах. Два L-410, немецкий подарок 1992 года, три AS365N3+ Dauphin, первый из которых прибыл 2 июня 2015 года, и Ми-8 дополняют список на официальной странице, а Википедия добавляет два UH-60M Black Hawk из четырёх заказанных в 2020 году. Истребители L-39, которые когда-то выполняли задачи по патрулированию воздушного пространства страны, были сняты с вооружения; последний отправился в Украину 20 апреля 2024 года.

Литва, Латвия и Эстония вступили в НАТО 29 марта 2004 года, не имея на двоих ни одного истребителя. Альянс ответил тем, что предоставил им несколько. По данным министерства обороны Литвы, в 16:47 того же дня четыре бельгийских F-16 приземлились в Шяуляе; НАТО и Википедия указывают 30 марта. Командир этого первого отряда, Гарольд Ван Пее, в марте 2024 года вернулся в качестве генерал-майора, командующего Объединенным центром воздушных операций, который управляет миссией, и он вспомнил базу, которую пришлось строить за несколько дней.

В таблице ротации Википедии, используемой здесь в качестве справочного материала, показано, сколько военно-воздушных сил прошло через этот аэропорт. Датские F-16 последовали за бельгийскими 1 июля 2004 года, затем норвежские и голландские; американские F-16CJ прибыли в октябре 2005 года, польские МиГ-29 — в январе 2006 года, турецкие F-16 — позже в том же году, а румынские МиГ-21 LanceR — в 2007 году. Американские F-15C, чешские Gripen, французские Mirage 2000 и шесть немецких F-4F Phantom в 2011 году находились здесь в состоянии боевой готовности. Позже прибыли венгерские Gripen, Typhoon из Великобритании, Италии и Испании, испанские Hornet и французские Rafale.

В течение десяти лет единственной базой был Шяуляй. В 2014 году к ним присоединился второй отряд в Эмари в Эстонии, а по данным НАТО, с 2024 года их самолеты также размещаются в Лиелварде в Латвии. К 20-й годовщине 28 марта 2024 года, когда символический ключ от воздушного пространства Балтийского моря перешел от бельгийских и французских командующих к испанским и португальским, миссия достигла 64-й ротации, охватывая воздушное пространство 24 часа в сутки, 365 дней в году.

Легко ошибочно принять Шяуляй за литовскую истребительную базу. Это не так. Истребители, находящиеся в режиме быстрого реагирования, принадлежат текущему союзнику и летают под командованием НАТО; Литва предоставляет взлетно-посадочную полосу, ангары, топливо, безопасность и национальную систему воздушного наблюдения. В сентябре 2026 года союзное подразделение представляло собой отряд ВВС Италии численностью около 200 человек с четырьмя истребителями Eurofighter Typhoon, который принял эстафету 31 июля 2026 года — шестая переброска Италии в Шяуляй и одиннадцатая в страны Балтии, сообщает министерство. До этого обязанности поочередно выполняли четыре французских Rafale с примерно 110 людьми на борту и шесть румынских F-16 с примерно 100 людьми.

Всё остальное, что касается военной части базы, принадлежит Литве: авиабаза с транспортными и спасательными вертолётами, ремонтный склад, а также собственные службы управления воздушным движением и поддержки базы. Министерство также расширяет союзническую часть аэродрома. 4 июня 2025 года было объявлено, что правительство одобрило создание в Шяуляе участка военной инфраструктуры площадью около 17 гектаров для размещения союзных подразделений, финансируемого из государственного бюджета и Программы инвестиций в безопасность НАТО; сумма финансирования для Шяуляя не была опубликована.

Полномасштабное вторжение России в Украину изменило темп. С 28 ноября 2024 года французские истребители Rafale присоединились к итальянским Typhoon в Шяуляе, увеличив численность отряда до восьми истребителей на четыре месяца. На церемонии передачи директор по оборонной политике министерства обороны Вайдотас Урбелис заявил, что миссия никогда не была столь важна, указав на гибридные атаки, провокации и саботаж. Министерство публикует еженедельные данные о вылете самолетов: в отчете от 3 декабря 2024 года зафиксировано два вылета: против российского Су-24МР 29 ноября и Ан-72 30 ноября; за неделю с 21 по 27 сентября 2026 года отряды были приведены в боевую готовность шесть раз.

В 2026 году задача изменилась. НАТО заявляет, что в течение года перешло от патрулирования воздушного пространства Балтийского региона к более широкой стратегии противовоздушной обороны, по-прежнему основанной на четырехмесячных ротациях, но с дополнительными силами союзников; литовское министерство утверждает, что переход был согласован на саммите Альянса в Анкаре. Подразделения, покинувшие Шяуляй 31 июля 2026 года, уже сражались с новым типом целей: министерство сообщает, что румынские летчики сбили беспилотник над Эстонией и французский над Латвией. Даты этих столкновений не были указаны в источнике и здесь не приводятся.