Whenuapai, Yeni Zelanda'nın 1937'de bağımsız bir hava kuvveti kurmasıyla başlayan iki büyük üsden biriydi; NZHistory, Ohakea ile birlikte bu üssü de anıyor ve İngilizce Wikipedia, hangarların 1939'da Vickers Wellington bombardıman uçakları için inşa edildiğini söylüyor. Ohakea'da olduğu gibi, bombardıman uçakları hiç gelmedi: 1939'da mürettebatlarıyla birlikte İngiltere'ye gittiler. Bunun yerine Whenuapai, savaş zamanı eğitim ve nakliye üssü haline geldi ve 1 Haziran 1943'te Douglas C-47'ler ve Lockheed Lodestar'larla 40. Nakliye Filosu burada kuruldu.

Savaştan sonra hava kuvvetleri pistini sivil havacılıkla paylaştı. Wikipedia'ya göre Whenuapai, 1945'ten 1965'e kadar Auckland'ın uluslararası havaalanıydı ve daha sonra Māngere'deki yeni havaalanı onun yerini aldı. 1953-1954 kraliyet turu törensel bir durak yaptı: resmi seyahat programında 28 Aralık 1953 sabahı Whenuapai'deki RNZAF İstasyonunda bir Sancak sunumu listeleniyor. Haziran 1964'te Beatles, NZHistory'nin Auckland'ın Whenuapai Havaalanı olarak adlandırdığı yere indi ve polis onları 300 bekleyen hayrandan uzaklaştırmak için acil çıkış kapılarından geçirdi.

1965 yılında üs yeniden yapılandırıldı. 1963 yılında 13,5 milyon ABD doları karşılığında yedek parçalarıyla birlikte satın alınan ilk üç C-130H Hercules uçağı, Nisan 1965'te Whenuapai'ye geldi ve Temmuz ayına kadar Yeni Zelanda birliklerini Vietnam'a taşıyordu, diye yazıyor Hava Kuvvetleri Müzesi; Ocak 1969'da iki uçak daha geldi. 27 Ekim 1965'te NZ7003, RNZAF uçağıyla Antarktika'ya yapılan ilk uçuşu gerçekleştirdi. Aynı yıl, 5. Filo, P-3 Orion uçaklarını uçurmak için Fiji'deki Laucala Körfezi'nden Whenuapai'ye taşınmaya başladı ve üs, idari olarak Hobsonville ile birleştirilerek RNZAF Auckland Üssü oluşturuldu.

Hercules uçakları 60 yıl boyunca hizmet verdi. Filo 31 Ocak 2025'te emekliye ayrıldığında, RNZ toplam uçuş saatini 155.000, iniş sayısını ise 100.000 olarak açıkladı; dört uçak Woodbourne'a, NZ7001 ise Wigram'daki Hava Kuvvetleri Müzesi'ne uçuruldu. Yerlerine ise 2024 yılında teslim edilen beş adet C-130J-30 uçağı geçti. RNZ'nin haberine göre, Ağustos 2025'te ABD Hava Kuvvetleri'ne ait bir C-5M Super Galaxy uçağı, C-130J simülatörünün parçalarıyla Whenuapai'ye iniş yaptı ve en az 150 seyirciyi kendine çekti.

Whenuapai'deki Orion ve Hercules uçakları, hava kuvvetlerinin deniz ve buz üzerindeki uzun koluydu. Wikipedia'ya göre, Air New Zealand'ın 901 sefer sayılı uçağı 28 Kasım 1979'da Erebus Dağı'na çarptıktan sonra, 40. Filo, kurtarma çalışmalarına destek olmak amacıyla 29 Kasım ile 12 Aralık tarihleri arasında Antarktika'ya uçtu. NZHistory kayıtlarına göre, cesetleri taşıyan ilk uçak 6 Aralık 1979'da Whenuapai'ye ulaştı; patoloji ekipleri, 11 Aralık'ta ikinci bir uçak gelene kadar 114 cesedi inceledi ve sonunda 257 kurbandan 213'ü teşhis edildi.

10 Temmuz 1985'te Greenpeace gemisi Rainbow Warrior, Auckland limanında bombalandı ve fotoğrafçı Fernando Pereira öldürüldü. 25 Temmuz'da, 5. Filo'ya ait P-3K Orion NZ4203 uçağı, polisin sorgulamak istediği Ouvéa yatını aramak için Whenuapai'den havalandı. Hava Kuvvetleri Müzesi'nin açıklamasına göre, mürettebat boş bir cankurtaran salı buldu ancak yatı asla bulamadı; yatın daha sonra bir Fransız denizaltısıyla buluştuktan sonra batırıldığı belirtiliyor. İki Fransız ajanı Kasım 1985'te on yıl hapis cezasına çarptırıldı; 1986'da Fransa özür diledi ve onları Hao Atolü'ne nakleden bir anlaşma kapsamında tazminat ödedi.

Son on yılda Whenuapai'deki personel sayısı azaldı. Orion uçakları Ocak 2023'te emekliye ayrıldı ve RNZ'ye göre 5. Filo, yaklaşık 250 kişiyi de beraberinde götürerek Ohakea'daki yeni P-8A kompleksine taşındı. Wikipedia'ya göre, ana pist ve taksi yollarının 30 milyon sterlinlik bir iyileştirme çalışması 2012'de tamamlandı, ancak tesisin geri kalanının büyük bir kısmı eski. Kasım 2025'te, savunma tesisleri için 2,5 milyar sterlinlik bir bütçe açıklayan Savunma Bakan Yardımcısı Chris Penk, bir hava üssündeki hangar kapılarının açılmadığını ve operasyonel bir görevi durdurduğunu söyledi; RNZ, söz konusu üssün Auckland Üssü olduğunu belirtti.

Geriye kalanlar ise hava taşımacılığı: Hükümetin 2028'den itibaren iki Airbus A321XLR ile değiştirmeyi planladığı 40. Filo'nun C-130J-30'ları ve iki 757'si ile, satın alma işlemi tamamlanırsa MH-60R'ye yerini bırakacak olan 6. Filo'nun Seasprite'ları. Wikipedia ayrıca, hava kuvvetlerinin uzay operasyonları birimi olan 62. Filo'yu Whenuapai'de konumlandırıyor.