Whenuapai fue una de las dos grandes bases aéreas que se inauguraron en 1937, cuando Nueva Zelanda creó una fuerza aérea independiente. La Historia de Nueva Zelanda la menciona junto con Ohakea, y la Wikipedia en inglés indica que los hangares se construyeron en 1939 para los bombarderos Vickers Wellington. Al igual que en Ohakea, los bombarderos nunca llegaron: fueron enviados a Gran Bretaña en 1939 con sus tripulaciones. Whenuapai se convirtió en una base de entrenamiento y transporte durante la guerra, y el 1 de junio de 1943 se formó allí el Escuadrón de Transporte n.º 40 con aviones Douglas C-47 y Lockheed Lodestar.

Tras la guerra, la fuerza aérea compartió su pista con la aviación civil. Wikipedia registra que Whenuapai fue el aeropuerto internacional de Auckland desde 1945 hasta 1965, cuando fue reemplazado por el nuevo aeropuerto de Māngere. La gira real de 1953-1954 hizo una parada ceremonial: el itinerario oficial menciona la presentación de un estandarte en la base de la Real Fuerza Aérea de Nueva Zelanda en Whenuapai la mañana del 28 de diciembre de 1953. En junio de 1964, los Beatles aterrizaron en lo que NZHistory denomina el aeropuerto de Whenuapai de Auckland, donde la policía los apresuró a pasar por las puertas de emergencia, lejos de los 300 fans que los esperaban.

En 1965 se remodeló la base. Los tres primeros C-130H Hercules, adquiridos en 1963 con repuestos por 13,5 millones de dólares estadounidenses, llegaron a Whenuapai en abril de 1965 y, en julio, transportaban tropas neozelandesas a Vietnam, según el Museo de la Fuerza Aérea; dos más llegaron en enero de 1969. El 27 de octubre de 1965, el NZ7003 realizó el primer vuelo a la Antártida de una aeronave de la Real Fuerza Aérea de Nueva Zelanda (RNZAF). Ese mismo año, el Escuadrón N.° 5 comenzó a trasladarse a Whenuapai desde Laucala Bay en Fiyi para volar el P-3 Orion, y la base se unió administrativamente a Hobsonville para formar la Base Auckland de la RNZAF.

El Hércules prestó servicio durante 60 años. Cuando la flota fue retirada el 31 de enero de 2025, RNZ registró un total de 155 000 horas de vuelo y 100 000 aterrizajes; cuatro aeronaves fueron a Woodbourne y la NZ7001 fue trasladada al Museo de la Fuerza Aérea en Wigram. Sus sucesores son cinco C-130J-30 entregados en 2024. En agosto de 2025, un C-5M Super Galaxy de la Fuerza Aérea de EE. UU. aterrizó en Whenuapai con las piezas de un simulador de C-130J, atrayendo al menos a 150 espectadores, según informó RNZ.

Los aviones Orión y Hércules de Whenuapai representaban el brazo extendido de la fuerza aérea sobre el mar y el hielo. Tras el impacto del vuelo 901 de Air New Zealand contra el monte Erebus el 28 de noviembre de 1979, el Escuadrón n.º 40 voló a la Antártida entre el 29 de noviembre y el 12 de diciembre para apoyar las labores de rescate, según Wikipedia. NZHistory registra que el primer vuelo con cuerpos llegó a Whenuapai el 6 de diciembre de 1979; los equipos de patología examinaron 114 cuerpos para cuando llegó un segundo vuelo el 11 de diciembre, y finalmente se identificaron 213 de las 257 víctimas.

El 10 de julio de 1985, el barco de Greenpeace Rainbow Warrior fue bombardeado en el puerto de Auckland y el fotógrafo Fernando Pereira resultó muerto. El 25 de julio, el P-3K Orion NZ4203 del Escuadrón n.º 5 despegó de Whenuapai en busca del yate Ouvéa, que la policía quería interrogar. Según el relato del Museo de la Fuerza Aérea, la tripulación encontró una balsa salvavidas vacía, pero nunca el yate, que posteriormente fue hundido tras un encuentro con un submarino francés. Dos agentes franceses fueron condenados en noviembre de 1985 a diez años de prisión; en 1986, Francia se disculpó y pagó una indemnización en virtud de un acuerdo que los trasladó al atolón de Hao.

La última década ha reducido la presencia de personal en Whenuapai. Los Orions se retiraron en enero de 2023 y el Escuadrón N.° 5 se trasladó al nuevo complejo de P-8A en Ohakea, llevándose consigo a unas 250 personas, según RNZ. Una modernización de la pista principal y las calles de rodaje, con un coste de 1.040 millones de dólares, se completó en 2012, según Wikipedia, pero gran parte del resto de las instalaciones son antiguas. En noviembre de 2025, al anunciar 1.040 millones de dólares para instalaciones de defensa, el Ministro de Defensa Adjunto, Chris Penk, declaró que las puertas de un hangar en una base de la fuerza aérea no se habían abierto, interrumpiendo una tarea operativa; RNZ identificó la base como Base Auckland.

Lo que permanece es el transporte aéreo: los C-130J-30 y los dos 757 del Escuadrón n.° 40, que el gobierno planea reemplazar con dos Airbus A321XLR a partir de 2028, y los Seasprite del Escuadrón n.° 6, que cederán su lugar al MH-60R si se concreta dicha compra. Wikipedia también ubica a la unidad de operaciones espaciales de la fuerza aérea, el Escuadrón n.° 62, en Whenuapai.