Whenuapai foi uma das duas grandes bases aéreas iniciadas em 1937, quando a Nova Zelândia criou uma força aérea independente; o site NZHistory a menciona juntamente com Ohakea, e a Wikipédia em inglês afirma que os hangares foram construídos em 1939 para os bombardeiros Vickers Wellington. Assim como em Ohakea, os bombardeiros nunca chegaram: foram para a Grã-Bretanha em 1939 com suas tripulações. Whenuapai, em vez disso, tornou-se uma base de treinamento e transporte durante a guerra, e em 1º de junho de 1943 o Esquadrão de Transporte nº 40 foi formado lá, com aeronaves Douglas C-47 e Lockheed Lodestar.

Após a guerra, a força aérea compartilhou sua pista com a aviação civil. A Wikipédia registra que Whenuapai foi o aeroporto internacional de Auckland de 1945 a 1965, quando o novo aeroporto de Māngere o substituiu. A visita real de 1953-1954 fez uma parada cerimonial: o itinerário oficial lista a apresentação de uma bandeira na Estação da Força Aérea Real da Nova Zelândia em Whenuapai na manhã de 28 de dezembro de 1953. Em junho de 1964, os Beatles pousaram no que o NZHistory chama de Aeroporto de Whenuapai, em Auckland, onde a polícia os conduziu rapidamente pelos portões de segurança, longe de 300 fãs que os aguardavam.

Em 1965, a base foi remodelada. Os três primeiros C-130H Hercules, comprados em 1963 com peças sobressalentes por US$ 13,5 milhões, chegaram a Whenuapai em abril de 1965 e, em julho, já estavam transportando tropas neozelandesas para o Vietnã, segundo o Museu da Força Aérea; mais dois chegaram em janeiro de 1969. Em 27 de outubro de 1965, o NZ7003 realizou o primeiro voo para a Antártica por uma aeronave da Força Aérea Real da Nova Zelândia (RNZAF). No mesmo ano, o Esquadrão nº 5 começou a se transferir de Laucala Bay, em Fiji, para Whenuapai para operar o P-3 Orion, e a base foi administrativamente unida a Hobsonville para formar a Base Aérea de Auckland da RNZAF.

O Hercules serviu por 60 anos. Quando a frota foi aposentada em 31 de janeiro de 2025, a RNZ contabilizou um total de 155.000 horas de voo e 100.000 pousos; quatro aeronaves foram para Woodbourne e a NZ7001 foi levada para o Museu da Força Aérea em Wigram. Seus sucessores são cinco C-130J-30, entregues em 2024. Em agosto de 2025, um C-5M Super Galaxy da Força Aérea dos EUA pousou em Whenuapai com partes de um simulador de C-130J, atraindo pelo menos 150 espectadores, segundo a RNZ.

Os aviões Orion e Hercules de Whenuapai representavam o braço longo da força aérea sobre o mar e o gelo. Após o voo 901 da Air New Zealand colidir com o Monte Erebus em 28 de novembro de 1979, o Esquadrão nº 40 voou para a Antártica entre 29 de novembro e 12 de dezembro para apoiar as operações de resgate, segundo a Wikipédia. O site NZHistory registra que o primeiro voo com corpos chegou a Whenuapai em 6 de dezembro de 1979; equipes de patologia examinaram 114 corpos até a chegada do segundo voo em 11 de dezembro, e, ao final, 213 das 257 vítimas foram identificadas.

Em 10 de julho de 1985, o navio Rainbow Warrior, do Greenpeace, foi bombardeado no porto de Auckland e o fotógrafo Fernando Pereira foi morto. Em 25 de julho, um P-3K Orion NZ4203 do Esquadrão nº 5 voou de Whenuapai para procurar o iate Ouvéa, que a polícia queria interrogar. O relato do Museu da Força Aérea afirma que a tripulação encontrou um bote salva-vidas vazio, mas nunca o iate, que, segundo o museu, foi posteriormente afundado após um encontro com um submarino francês. Dois agentes franceses foram condenados em novembro de 1985 a dez anos de prisão; em 1986, a França pediu desculpas e pagou uma indenização em virtude de um acordo que os transferiu para o Atol de Hao.

A última década reduziu drasticamente o efetivo de Whenuapai. Os aviões Orion foram aposentados em janeiro de 2023 e o Esquadrão nº 5 mudou-se para o novo complexo P-8A em Ohakea, levando consigo cerca de 250 pessoas, segundo a RNZ. Uma modernização de 30 milhões de libras esterlinas na pista principal e nas pistas de taxiamento foi concluída em 2012, de acordo com a Wikipédia, mas grande parte do restante das instalações é antiga. Em novembro de 2025, ao anunciar um investimento de 2,5 bilhões de libras esterlinas em instalações de defesa, o Ministro Adjunto da Defesa, Chris Penk, afirmou que as portas de um hangar em uma base aérea não abriram, interrompendo uma operação; a RNZ identificou a base como Base Auckland.

O que permanece é a capacidade de transporte aéreo: os C-130J-30 e os dois 757 do Esquadrão nº 40, que o governo planeja substituir por dois Airbus A321XLR a partir de 2028, e os Seasprites do Esquadrão nº 6, que devem dar lugar aos MH-60R caso a compra seja concluída. A Wikipédia também localiza a unidade de operações espaciais da Força Aérea, o Esquadrão nº 62, em Whenuapai.