Whenuapai byla jednou ze dvou velkých základn, jejichž výstavba byla zahájena v roce 1937, kdy Nový Zéland vytvořil nezávislé letectvo; NZHistory ji uvádí vedle Ohakea a anglická Wikipedie uvádí, že hangáry byly postaveny v roce 1939 pro bombardéry Vickers Wellington. Stejně jako v Ohakea bombardéry nikdy nepřiletěly: v roce 1939 odletěly do Británie i se svými posádkami. Whenuapai se místo toho stala válečnou výcvikovou a transportní základnou a 1. června 1943 zde byla zformována 40. transportní peruť s letouny Douglas C-47 a Lockheed Lodestar.

Po válce sdílelo letectvo svou ranvej s civilním letectvím. Wikipedie uvádí, že Whenuapai bylo mezinárodním letištěm v Aucklandu od roku 1945 do roku 1965, kdy jej nahradilo nové letiště v Māngere. Královská cesta v letech 1953–1954 měla slavnostní zastávku: oficiální itinerář uvádí předání barevného letadla na stanici RNZAF Whenuapai ráno 28. prosince 1953. V červnu 1964 Beatles přistáli na letišti, které NZHistory nazývá aucklandským letištěm Whenuapai, kde je policie spěšně odvedla přes bezpečnostní brány pryč od 300 čekajících fanoušků.

V roce 1965 byla základna přestavěna. První tři letouny C-130H Hercules, zakoupené v roce 1963 spolu s náhradními díly za 13,5 milionu USD, dorazily do Whenuapai v dubnu 1965 a v červenci přepravovaly novozélandské vojáky do Vietnamu, píše Muzeum leteckých sil; další dva následovaly v lednu 1969. Dne 27. října 1965 uskutečnil letoun NZ7003 první let do Antarktidy letadlem RNZAF. Ve stejném roce se 5. peruť začala přesouvat do Whenuapai ze zálivu Laucala na Fidži, aby létala s letouny P-3 Orion, a stanice byla administrativně spojena s Hobsonville a vznikla základna RNZAF v Aucklandu.

Hercules sloužil 60 let. Když byla flotila 31. ledna 2025 vyřazena z provozu, RNZ odhadla celkový počet nalétaných hodin na 155 000 a 100 000 přistání; čtyři letouny putovaly do Woodbourne a NZ7001 byl letecky přepraven do Muzea letectva ve Wigramu. Jejich nástupci jsou pět C-130J-30 dodaných v roce 2024. V srpnu 2025 přistál ve Whenuapai americký letoun C-5M Super Galaxy s částmi simulátoru C-130J, což přilákalo nejméně 150 diváků, uvedla RNZ.

Whenuapaiovy letouny Orion a Hercules byly dlouhou rukou letectva nad mořem a ledem. Poté, co 28. listopadu 1979 let Air New Zealand č. 901 zasáhl horu Erebus, letka č. 40 odletěla mezi 29. listopadem a 12. prosincem do Antarktidy na podporu záchranné akce, uvádí Wikipedie. NZHistory uvádí, že první let s těly dorazil do Whenuapai 6. prosince 1979; patologické týmy prohlédly 114 těl do doby, než 11. prosince dorazil druhý let, a nakonec bylo identifikováno 213 z 257 obětí.

Dne 10. července 1985 byla v aucklandském přístavu bombardována loď Greenpeace Rainbow Warrior a fotograf Fernando Pereira byl zabit. 25. července vzlétl z Whenuapai letoun P-3K Orion NZ4203 z 5. perutě, aby hledal jachtu Ouvéa, kterou chtěla policie vyslechnout. Podle zprávy Muzea leteckých sil posádka našla prázdný záchranný člun, ale nikdy jachtu, která byla později potopena po setkání s francouzskou ponorkou. Dva francouzští agenti byli v listopadu 1985 odsouzeni k deseti letům vězení; v roce 1986 se Francie omluvila a zaplatila odškodnění na základě dohody, která je přesunula na atol Hao.

Poslední desetiletí prořídlo Whenuapai. Oriony byly v lednu 2023 vyřazeny z provozu a 5. peruť se podle RNZ přesunula do nového komplexu P-8A v Ohakea, přičemž s sebou vzala přibližně 250 lidí. Modernizace hlavní ranveje a pojezdových drah v hodnotě $30 milionů byla dokončena v roce 2012, uvádí Wikipedie, ale velká část zbytku areálu je zastaralá. V listopadu 2025, když náměstek ministra obrany Chris Penk oznámil investici ve výši $2,5 miliardy na obranná zařízení, uvedl, že se dveře hangáru na jedné letecké základně nedaly otevřít, což zastavilo operační úkol; RNZ identifikovala základnu jako Base Auckland.

Zůstává jen letecká přeprava: letouny C-130J-30 a dva Boeingy 757 ze 40. perutě, které vláda plánuje od roku 2028 nahradit dvěma Airbusy A321XLR, a Seasprity ze 6. perutě, které by měly v případě uzavření nákupu ustoupit MH-60R. Wikipedie také umisťuje jednotku vesmírných operací letectva, 62. peruť, do Whenuapai.