يعود وجود وادي سيدنا إلى الحرب العالمية الثانية، عندما كانت طرق نقل الإمدادات التابعة للحلفاء إلى الشرق الأوسط والهند تعبر السودان. وتشير ويكيبيديا الإنجليزية، المصدر الوحيد المتاح لهذه الفترة، إلى أن وحدة الصيانة رقم 114 التابعة لسلاح الجو الملكي البريطاني شُكّلت هنا في أبريل 1942 وحُلّت في فبراير 1943، وأن المطار استُخدم لإجراء تجارب على الطائرات في المناطق الاستوائية.

وصل الأمريكيون أيضًا. تم تفعيل السرب 46 للنقل الجوي التابع لسلاح الجو الأمريكي في وادي سيدنا في 2 ديسمبر 1942، وفقًا للمقال نفسه، وقام بتسيير رحلات جوية لنقل الطائرات من الجنينة في دارفور إلى كراتشي، ومن القاهرة إلى طهران. في 7 مايو 1944، أنشأ سلاح الجو الملكي البريطاني الجناح 115 (للنقل) في الموقع. تشير ويكيبيديا إلى أن المطار لم يعد قيد الاستخدام البريطاني بحلول عام 1946؛ ولم يُوثّق تاريخ انتقاله إلى أيدي السودانيين في المصادر المتاحة.

جعلت السودان المستقلة وادي سيدنا أحد الركيزتين الأساسيتين لسلاحها الجوي. ويذكر موقع ويكيبيديا الإنجليزي أن الخرطوم ووادي سيدنا كانتا القاعدتين الجويتين الرئيسيتين للسلاح الجوي عام ١٩٩١، ويصف وادي سيدنا بأنه "مركز تدريب وقاعدة جوية عريقة"، حيث حلّق السرب الثاني للمقاتلات الهجومية بطائرات مقاتلة صينية من طراز J-7 لفترة من الزمن. كما تقع الأكاديمية العسكرية للجيش، التي تُدرّب ضباطه، في وادي سيدنا.

كما أن موقعها شمال أم درمان جعلها في مسار حرب دارفور عندما وصلت إلى العاصمة. في 10 مايو/أيار 2008، هاجمت حركة العدل والمساواة أم درمان؛ وذكر مقال رأي نُشر عام 2018 في صحيفة سودان تريبيون بقلم محمود أ. سليمان أن قوات الحركة دخلت المدينة من الشمال "عبر قاعدة وادي سيدنا العسكرية". لم تنشر الحكومة أو وسائل الإعلام الرئيسية أي معلومات عن الأسراب وعدد الطائرات المتمركزة هنا اليوم، ولم تُذكر هذه المعلومات هنا.

عندما اندلع القتال بين الجيش وقوات الدعم السريع في 15 أبريل/نيسان 2023، تحوّل مطار الخرطوم الدولي إلى ساحة معركة. وأصبح وادي سيدنا، الذي كان تحت سيطرة الجيش، منفذاً رئيسياً. وذكرت صحيفة سودان تريبيون في 24 أبريل/نيسان 2023 أن الولايات المتحدة وبريطانيا وألمانيا وفرنسا اعتمدت على القاعدة في عمليات إجلاء مواطنيها، بينما استخدمت قطر والأردن ميناء بورتسودان. واتهم الجيش قوات الدعم السريع بعرقلة القوافل، بينما صرّح نائب قائد القوات بأنه أصدر أوامره بعدم عرقلة عمليات إجلاء الرعايا الأجانب.

كانت العملية البريطانية الأكبر من نوعها. وتقول الحكومة البريطانية إن سلاح الجو الملكي البريطاني نفّذ أكثر من 20 رحلة جوية من المطار خلال أسبوع، وكانت آخرها مساء يوم 29 أبريل/نيسان، وأنه تم إجلاء 2197 شخصًا من السودان بحلول 1 مايو/أيار 2023، من أكثر من 20 دولة، وتراوحت أعمارهم بين خمسة أيام و92 عامًا. وكانت من بين الوحدات المنتشرة مشاة البحرية الملكية من الكتيبة 40، وقام مهندسو السرب 51 للمظلات بإصلاح المدرج ليلًا بين الرحلات الجوية نظرًا لتلف سطحه تحت ضغط حركة الطائرات: وهو أول إصلاح تشغيلي لمدرج تقوم به القوات البريطانية منذ حرب الفوكلاند عام 1982، وفقًا لوزارة الدفاع. وأكدت المملكة المتحدة أنها سلمت المطار إلى السلطات السودانية بحالة أفضل مما كانت عليه عند استلامها.

ابتداءً من عام 2024، شنت قوات الدعم السريع غارات جوية على وادي صيدنا. ففي 21 مارس/آذار 2024، دمرت طائرة مسيرة انتحارية آخر طائرة نقل عسكرية من طراز C-130H هيركوليز تابعة للقوات الجوية أثناء سيرها على المدرج، وفقًا لما ورد في ويكيبيديا الإنجليزية نقلاً عن صحيفة "يوراسيان تايمز". وفي 7 يونيو/حزيران 2024، أعلن الجيش أن دفاعاته الجوية أسقطت طائرتين مسيرتين تابعتين لقوات الدعم السريع فوق المنطقة العسكرية في وادي صيدنا. وفي أكتوبر/تشرين الأول 2025، ومع استعداد مطار الخرطوم لإعادة فتح أبوابه، أفادت صحيفة "سودان تريبيون" برصد طائرات مسيرة أخرى استهدفت ما وصفته بـ"قاعدة عسكرية رئيسية". وبحلول منتصف مارس/آذار 2026، نقلاً عن بيانات عسكرية، أحصت الصحيفة أكثر من 15 قذيفة متسكعة استهدفت وادي صيدنا ومواقع عسكرية مجاورة في شمال الخرطوم، والتي قالت إنها دُمرت.

لم يكن أسوأ يوم شهدته القاعدة خلال الحرب هجومًا تبنته قوات الدعم السريع. ففي 25 فبراير/شباط 2025، تحطمت طائرة نقل من طراز أنتونوف في منطقة أم درمان التابعة لمحافظة الإسكان بعد وقت قصير من إقلاعها من وادي سيدنا. وأرجع الجيش الحادث إلى عطل فني، وكان من بين القتلى اللواء بحر أحمد بحر، قائد المنطقة العسكرية البحرية. وذكرت صحيفة سودان تريبيون في البداية مقتل خمسة مدنيين على الأقل على الأرض، بينما تشير ويكيبيديا الإنجليزية، نقلاً عن قناة الجزيرة، إلى مقتل 46 شخصًا على الأقل. وكانت قوات الدعم السريع قد زعمت إسقاط طائرة إليوشن تابعة للجيش في نيالا خلال الـ 48 ساعة السابقة، ولم تتبنَّ أي مسؤولية عن حادث تحطم الطائرة في أم درمان في التقرير المذكور.