1939 年，英国皇家空军开始在当时的韦尔斯利省巴特沃斯开发一个机场，最初只是维护保养，直到 1941 年 10 月才正式启用，成为巴特沃斯皇家空军基地。休·克劳瑟为澳大利亚皇家空军协会撰写的历史著作直言不讳地描述了之后发生的事情：该基地"在 1941 年 12 月日本袭击该基地时毫无准备"。"

根据维基百科对马来亚战役的记载，第7飞行团的Ki-21轰炸机在入侵的第一天就袭击了亚罗士打、双溪大年和北海，当天盟军损失了约60架飞机，其中大部分是在地面被击落的。第62中队的布伦海姆轰炸机从亚罗士打转移到北海，并于12月10日调往太平。该机场于1941年12月20日被日军第25军占领，并一直被日军控制到1945年9月。.

战后，英国皇家空军重返马来亚，并于 1946 年 5 月恢复飞行。从 1950 年起，巴特沃斯成为远东空军在马来亚紧急状态期间的基地之一，维基百科列出了使用该基地的武器训练营和中队，从毒液战斗机到猎犬导弹。.

1957年，英国皇家空军关闭了该基地，并将机场移交给澳大利亚。澳大利亚皇家空军于1958年6月30日正式接管该基地。正如澳大利亚皇家空军在其基地网页上所言，巴特沃斯基地成为其在澳大利亚境外运营的唯一永久性主要空军基地。第2中队的堪培拉轰炸机于1958年7月抵达，据维基百科记载，它们几乎立即开始对游击队目标进行编队轰炸；这些飞机一直驻扎到1967年，之后该中队转移到南越的藩朗。.

该基地重塑了北海和槟城的面貌。《马来邮报》2015年报道称，20世纪70年代，驻扎在该基地的澳大利亚人员及其家属人数达到近5000人的峰值，他们居住在槟城岛各地，包括丹绒武雅、丹绒道光和峇都丁宜；基地内设有一家医院，也为当地居民提供服务；北海皇家澳大利亚空军电台每周六晚的特别节目让一代槟城人接触到了西方流行音乐。维基百科记载，槟城一所皇家澳大利亚空军学校于1962年5月9日开学，1977年入学人数达到约1100人的峰值。.

维基百科称，该基地的控制权于 1970 年移交给马来西亚皇家空军，该财产也移交给马来西亚政府，但澳大利亚的驻军仍然很大：学校直到 1987 年和 1988 年，随着最后一批战斗机撤离才关闭。.

澳大利亚战斗机随堪培拉轰炸机一同抵达。第3中队自1958年起在巴特沃斯空军基地装备CA-27佩刀式战斗机，并与第77中队一同参与了紧急状态的最后几年以及对抗时期的战斗。据维基百科记载，自1964年8月起，当印尼空军的米格-21战斗机接近马来西亚领空时，这两个中队多次紧急升空；印尼战机总是在越过边界前返航，没有交战记录。.

幻影IIIO战斗机分两步取代了佩刀战斗机。第75中队于1967年5月18日抵达，第3中队在威廉镇完成重新装备后，于1969年2月返回，此时第77中队撤回。幻影战斗机还曾派遣分遣队前往新加坡的登加和巴耶利峇。第75中队于1983年10月撤回达尔文，第3中队于1986年离开，成为澳大利亚皇家空军第一个大黄蜂战斗机中队；留下的部队组成了第79中队，该中队于1988年5月撤离，结束了澳大利亚战斗机在巴特沃斯长达三十年的服役历史。.

1971年五国联防安排生效后，巴特沃斯成为马来西亚和新加坡联合防空指挥部——综合防空系统（Integrated Air Defence System）的所在地。维基百科指出，该指挥部于2001年更名为综合区域防空系统（Integrated Area Defence System），现由五国三军统筹，并由一名澳大利亚空军少将指挥；英国则派出五名军官和士官。.

该总部负责协调年度联合演习“Bersama Shield”和“Bersama Lima”，这两项演习汇集了数十架飞机和舰艇。2019年9月，英国皇家空军第2（AC）中队的六架台风战斗机和200多名人员在“Voyager”加油机的支援下飞往巴特沃斯参加“Bersama Lima 19”演习。澳大利亚皇家空军在此驻扎着第19中队和第92联队的A分遣队，澳大利亚陆军则在此驻扎着一个步枪连和一个训练小组。.

对于马来西亚皇家空军而言，巴特沃斯是其北部战斗机基地。1997年3月至8月间，八架F/A-18D“大黄蜂”战斗机（均为双座型）交付至此，并配属至驻扎于此的第18中队；其中三架参与了2013年3月5日在沙巴州拉哈达图的首次空袭。维基百科还指出，第15中队的“鹰”式教练机和第3中队租用的AW139直升机也驻扎于此。.

该机队规模较小且机龄老旧。一架“大黄蜂”战斗机于2025年8月21日因发动机起火而坠毁。原计划引进科威特退役的F/A-18C/D战斗机的方案已于2026年2月取消，这意味着2023年订购的KAI FA-50M将成为下一款新型战机。根据《航空基础设施规划》（AIP），该机场仅有一条2438米长的跑道（18/36），所有非军用飞机起降均需事先获得许可。.