该机场的建立比肯尼亚空军早二十多年。据维基百科记载，英国皇家空军第72作战训练部队于1942年4月初从苏丹的瓦迪加祖扎迁至纳纽基皇家空军基地，装备有布里斯托尔·布伦海姆、马丁·巴尔的摩和道格拉斯·波士顿等机型。维基百科引用的一份国家档案馆文件显示，纳纽基皇家空军基地在1953年至1954年间曾用于镇压茅茅起义的行动。.

肯尼亚空军于1964年从英国皇家空军手中继承了位于内罗毕的东利空军基地，但东利地势过高，跑道过短，不适合喷气式飞机起降：就连英国皇家空军也曾使用恩巴卡西空军基地起降“猎人”战斗机。1974年2月25日，肯尼亚空军启用纳纽基空军基地作为其主要战斗机机场。同年6月，“攻击大师”战斗机机队迁至该基地，同年购入的六架“猎人”战斗机也驻扎于此。据维基百科记载，1978年，诺斯罗普F-5战斗机抵达肯尼亚。自此以后，F-5战斗机一直是肯尼亚的主力战斗机，而莱基皮亚空军基地也成为了它的驻地。.

1982年8月1日的政变企图始于内罗毕，但部分计划依赖于纳纽基基地。据维基百科记载，下士布拉姆韦尔·因杰尼·恩杰雷曼策划从该基地轰炸总统府和总务部队总部，并强迫三名飞行员——戴维·穆图阿少校、约翰·穆格万贾上尉和约翰·巴拉扎上尉——驾驶两架F-5E“虎”式战斗机和一架“攻击大师”战斗机。飞行员们将炸弹投掷到肯尼亚山森林后返回纳纽基基地。.

合众国际社（UPI）1982年11月24日对恩杰雷曼的军事法庭审判报道中，阐述了检方的指控：这位27岁的军械技师下令准备用于轰炸内罗毕目标的火箭弹，并将火箭弹装载到军用飞机上，用枪指着一名飞行员，强迫他驾驶F-5教练机执行轰炸任务，并向其他人发放武器。恩杰雷曼辩称自己并非自愿参战，而是奉命行事。他被判处死刑；合众国际社指出，他的定罪使因政变未遂而被定罪的军人人数达到656人。政变后，该基地更名为莱基皮亚空军基地。.

莱基皮亚已成为肯尼亚空军的训练基地和战斗机基地。2022年4月7日，乌胡鲁·肯雅塔总统在此为肯尼亚空军航空卓越中心揭幕。据defenceWeb报道，该中心将服务于肯尼亚国防军、其他政府机构、民营企业以及邻近的东非国家。该基地的训练中队装备有格罗布G120TP涡轮螺旋桨飞机（截至2021年9月，已有9架投入使用），以及2013年交付的活塞式G120A-K飞机（取代了之前的“斗牛犬”战斗机）。.

外国合作伙伴也使用该基地。defenceWeb网站2020年报道称，美国非洲司令部于2015年将莱基皮亚列为合作安全地点，该地预先部署了美军装备，但没有常驻美军人员。2019年8月20日至24日，来自肯尼亚、美国、布隆迪、坦桑尼亚和乌干达的约120名空军代表在莱基皮亚参加美国空军非洲伙伴关系飞行队（African Partnership Flight）的活动，主要工作包括人员救援、战斗搜救和伤员救护。.

自2016年以来，该基地也一直是英国陆军驻肯尼亚训练部队（BATUK）的总部所在地。英国国防基础设施组织于2016年7月将该基地描述为“前英国皇家空军基地，现为肯尼亚空军基地”，并表示，一座包含技术设施和生活设施的新训练总部大楼已于2016年4月在直接从肯尼亚国防部租赁的土地上开工建设。该项目总价值超过4000万英镑，预计将于2018年春季竣工。.

英国国防情报局（DIO）表示，英国陆军每年在莱基皮亚高原训练约1万名士兵。英国军队在肯尼亚基地的存在属于临时驻扎：跑道上的飞机是肯尼亚的，英国的设施是陆军训练总部，而非飞行部队。.

据维基百科援引美联社报道，2026年5月27日，白宫宣布美国将在莱基皮亚空军基地建造一座设施，用于监测和隔离接触过埃博拉病毒的美国公民。半岛电视台称，该设施位于莱基皮亚县的一个空军基地，设有50张床位。肯尼亚总统威廉·鲁托表示，他是在美国总统唐纳德·特朗普的要求下批准了该项目，并辩称此举符合肯尼亚与华盛顿的卫生伙伴关系；卫生部长阿登·杜阿莱则称，这是加强应急响应的更广泛努力的一部分。.

高等法院于5月29日暂停了该计划，并在卡提巴研究所、肯尼亚律师协会和医生工会提出质疑后，于6月2日延长了禁令，并要求政府公开该协议。6月1日，数百人在纳纽基举行抗议活动；半岛电视台援引路透社的报道称，抗议组织者和一名安全部门消息人士称，有两人死于枪击。维基百科记录显示，6月9日，一名17岁的学生在随后的抗议活动中被枪杀；6月22日，高等法院裁定杜阿莱因允许施工继续进行而藐视法庭；路透社6月23日报道称，该部长表示施工已经停止。.