O aeródromo é anterior à Força Aérea do Quênia em mais de duas décadas. De acordo com a Wikipédia, a Unidade de Treinamento Operacional nº 72 da RAF estava se instalando na RAF Nanyuki no início de abril de 1942, tendo se mudado de Wadi Gazouza, no Sudão, e operava aeronaves Bristol Blenheim, Martin Baltimore e Douglas Boston. Um documento dos Arquivos Nacionais citado pela Wikipédia mostra que a RAF Nanyuki foi usada em operações contra o Mau Mau em 1953-54.

A Força Aérea do Quênia herdou sua principal base, Eastleigh, em Nairóbi, da RAF em 1964, mas Eastleigh era muito alta e sua pista muito curta para jatos: até mesmo a RAF operava seus Hunters a partir de Embakasi. Em 25 de fevereiro de 1974, a força aérea inaugurou a Base Aérea de Nanyuki como seu principal aeródromo para caças. A frota de Strikemasters foi transferida para lá em junho de 1974, os seis Hawker Hunters comprados naquele ano foram baseados lá e, em 1978, o Northrop F-5 chegou, segundo a Wikipédia. O F-5 tem sido o caça do Quênia, e Laikipia, sua base, desde então.

A tentativa de golpe de 1º de agosto de 1982 começou em Nairóbi, mas parte do plano dependia de Nanyuki. De acordo com o relato da Wikipédia, o cabo Bramwel Injeni Njereman liderou um complô para bombardear a Casa do Estado e o quartel-general da Unidade de Serviços Gerais a partir da base, e forçou três pilotos — o major David Mutua, o capitão John Mugwanja e o capitão John Baraza — a pilotar dois caças F-5E Tiger e um Strikemaster. Os pilotos lançaram as bombas na floresta do Monte Quênia e retornaram a Nanyuki.

A reportagem da UPI sobre o julgamento de Njereman, em 24 de novembro de 1982, apresenta a versão da acusação: o técnico em armamentos de 27 anos ordenou a preparação de foguetes para bombardear alvos em Nairóbi, carregá-los em aeronaves militares, obrigou um piloto, sob a mira de uma arma, a realizar uma missão de bombardeio em um avião de treinamento F-5 e distribuiu armas para outros homens. Njereman afirmou que não se juntou ao grupo voluntariamente, mas que acatava ordens. Ele foi condenado à morte; a UPI observou que sua condenação elevou para 656 o número de militares condenados pela tentativa de golpe. Após o golpe, a base foi renomeada para Base Aérea de Laikipia.

Laikipia tornou-se a escola da força aérea, bem como sua base de caças. Em 7 de abril de 2022, o presidente Uhuru Kenyatta inaugurou o Centro de Excelência em Aviação da Força Aérea do Quênia, que, segundo informações da defenceWeb, atenderá às Forças de Defesa do Quênia, outras agências governamentais, empresas civis e países vizinhos da África Oriental. O Esquadrão de Treinamento da base opera turboélices Grob G120TP — nove estavam em serviço em setembro de 2021 — juntamente com os aviões a pistão G120A-K, entregues em 2013, que substituíram o Bulldog.

Parceiros estrangeiros também utilizam a base. O defenceWeb noticiou em 2020 que o Comando dos EUA para a África (AFRICOM) havia listado Laikipia em 2015 como um local de segurança cooperativa, com equipamentos americanos pré-posicionados, mas sem pessoal americano permanente. De 20 a 24 de agosto de 2019, cerca de 120 delegados da força aérea do Quênia, Estados Unidos, Burundi, Tanzânia e Uganda se reuniram em Laikipia para o Programa de Parceria Africana da Força Aérea dos EUA para a África, trabalhando em recuperação de pessoal, busca e resgate em combate e atendimento a feridos.

Desde 2016, a base também abriga o quartel-general da Unidade de Treinamento do Exército Britânico no Quênia (BATUK). A Organização de Infraestrutura de Defesa do Reino Unido descreveu o local em julho de 2016 como “uma antiga base da RAF – agora uma base da Força Aérea Queniana” e afirmou que a construção de um novo quartel-general de treinamento com instalações técnicas e residenciais havia começado em abril de 2016, em um terreno arrendado diretamente do Ministério da Defesa do Quênia. Os projetos tinham um valor superior a £ 40 milhões e a previsão era de que fossem concluídos na primavera de 2018.

A DIO afirmou que o Exército Britânico treinava cerca de 10.000 soldados por ano no planalto de Laikipia. A presença britânica consiste em um acordo de "alojamento" em uma base queniana: as aeronaves na pista são quenianas e as instalações britânicas são um quartel-general de treinamento do exército, não uma unidade de voo.

Em 27 de maio de 2026, segundo o relato da Wikipédia citando a AP, a Casa Branca anunciou que os Estados Unidos estavam construindo uma instalação na Base Aérea de Laikipia para monitorar e colocar em quarentena americanos expostos ao Ebola. A Al Jazeera descreveu a instalação como uma unidade de 50 leitos em uma base da Força Aérea no Condado de Laikipia. O presidente William Ruto afirmou ter aprovado a construção após um pedido do presidente Donald Trump e a defendeu como consistente com as parcerias de saúde do Quênia com Washington; o secretário de Saúde, Aden Duale, classificou a medida como parte de um esforço mais amplo para fortalecer a resposta a emergências.

O Supremo Tribunal suspendeu o projeto em 29 de maio e, em 2 de junho, prorrogou a liminar, exigindo que o governo divulgasse o acordo, após contestações do Instituto Katiba, da Ordem dos Advogados do Quênia e do sindicato dos médicos. Centenas de pessoas protestaram em Nanyuki em 1º de junho; a Reuters, citada pela Al Jazeera, noticiou a morte de duas pessoas por disparos de arma de fogo, com base em informações de um organizador do protesto e uma fonte da segurança. A Wikipédia registra que um estudante de 17 anos foi morto a tiros em novos protestos em 9 de junho e que, em 22 de junho, o Supremo Tribunal considerou Duale culpado de desacato por permitir a continuidade da construção; a Reuters noticiou em 23 de junho que o ministro havia declarado a paralisação das obras.