Аэродром существовал более двух десятилетий до появления ВВС Кении. Согласно Википедии, к началу апреля 1942 года на базе ВВС Нануки разместилась 72-я учебно-тренировочная эскадрилья Королевских ВВС, перебазировавшаяся из Вади-Газуза в Судане. Она эксплуатировала самолеты Bristol Blenheim, Martin Baltimore и Douglas Boston. Документ Национального архива, на который ссылается Википедия, показывает, что база ВВС Нануки использовалась для операций против Мау-Мау в 1953–1954 годах.

В 1964 году ВВС Кении унаследовали свою главную базу, Истлей в Найроби, от Королевских ВВС Великобритании, но Истлей находился слишком высоко, а его взлетно-посадочная полоса была слишком короткой для реактивных самолетов: даже Королевские ВВС базировались на своих истребителях Hunter в Эмбакаси. 25 февраля 1974 года ВВС открыли авиабазу Наньюки в качестве своего основного истребительного аэродрома. Флот самолетов Strikemaster был переведен туда в июне 1974 года, шесть истребителей Hawker Hunter, приобретенных в том же году, базировались там, а в 1978 году, согласно Википедии, прибыл Northrop F-5. С тех пор F-5 является основным истребителем Кении, а Лайкипия — его базой.

Попытка государственного переворота 1 августа 1982 года началась в Найроби, но часть плана зависела от Нануки. Согласно информации Википедии, капрал Брамвел Инджени Ньереман возглавил заговор с целью бомбардировки здания Государственного дома и штаб-квартиры Главного управления гражданской службы с базы и заставил трех пилотов — майора Дэвида Мутуа, капитана Джона Мугванджу и капитана Джона Баразу — управлять двумя истребителями F-5E Tiger и одним Strikemaster. Пилоты сбросили бомбы в лесу на горе Кения и вернулись в Нануки.

В репортаже UPI о военном трибунале над Ньереманом от 24 ноября 1982 года изложена версия обвинения: 27-летний техник по вооружению приказал подготовить ракеты для бомбардировки целей в Найроби, посадил их на военные самолеты, под дулом пистолета заставил пилота совершить бомбардировочный вылет на учебном самолете F-5 и выдал оружие другим военнослужащим. Ньереман заявил, что не вступал в ряды вооруженных сил добровольно, а выполнял приказы других. Он был приговорен к смертной казни; UPI отметило, что его осуждение увеличило число военнослужащих, осужденных за попытку государственного переворота, до 656 человек. После переворота база была переименована в авиабазу Лайкипия.

Лайкипия стала не только базой истребителей, но и учебным центром военно-воздушных сил. 7 апреля 2022 года президент Ухуру Кениатта торжественно открыл здесь Центр передового опыта ВВС Кении, который, как сообщало defenceWeb, будет обслуживать Силы обороны Кении, другие правительственные учреждения, гражданские компании и соседние восточноафриканские государства. Учебная эскадрилья на базе использует турбовинтовые самолеты Grob G120TP — к сентябрю 2021 года на вооружении находилось девять таких самолетов — наряду с поршневыми G120A-K, поставленными в 2013 году и заменившими Bulldog.

Иностранные партнеры также используют эту базу. В 2020 году defenceWeb сообщило, что в 2015 году Африканское командование ВВС США включило Лайкипию в список мест для сотрудничества в области безопасности, разместив там американское оборудование, но не имея постоянного американского персонала. С 20 по 24 августа 2019 года около 120 делегатов ВВС из Кении, США, Бурунди, Танзании и Уганды встретились в Лайкипии в рамках программы Африканского партнерства ВВС США в Африке, занимаясь вопросами поиска и спасения персонала, поисково-спасательных работ в боевых условиях и оказания медицинской помощи пострадавшим.

С 2016 года на территории базы также располагается штаб-квартира Британского учебного подразделения армии в Кении (BATUK). В июле 2016 года Организация оборонной инфраструктуры Великобритании описала это место как “бывшую базу Королевских ВВС – теперь базу ВВС Кении” и сообщила, что строительство нового учебного центра с техническими и жилыми помещениями началось в апреле 2016 года на земле, арендованной непосредственно у Министерства обороны Кении. Стоимость проектов превышала 40 миллионов фунтов стерлингов, и их завершение ожидалось к весне 2018 года.

В DIO заявили, что британская армия ежегодно обучает около 10 000 военнослужащих на плато Лайкипия. Британское присутствие носит условный характер и осуществляется на кенийской базе: самолеты на взлетной полосе — кенийские, а британские объекты — это штаб армейской подготовки, а не летное подразделение.

27 мая 2026 года, согласно сообщению Википедии со ссылкой на AP, Белый дом объявил о строительстве Соединенными Штатами объекта на авиабазе Лайкипия для наблюдения и карантина американцев, контактировавших с вирусом Эбола. Al Jazeera описала его как учреждение на 50 коек на авиабазе в округе Лайкипия. Президент Уильям Руто заявил, что одобрил это после запроса президента Дональда Трампа, и защитил проект, заявив, что он соответствует партнерским отношениям Кении в сфере здравоохранения с Вашингтоном; министр здравоохранения Аден Дуале назвал это частью более широких усилий по усилению реагирования на чрезвычайные ситуации.

Высокий суд приостановил действие плана 29 мая, а 2 июня продлил свои постановления и обязал правительство раскрыть соглашение после исков со стороны Института Катиба, Юридического общества Кении и профсоюза врачей. 1 июня сотни людей протестовали в Наньюки; агентство Reuters, цитируемое Al Jazeera, сообщило о двух людях, убитых выстрелами, ссылаясь на организатора протеста и источник в службах безопасности. Википедия сообщает, что 9 июня во время дальнейших протестов был застрелен 17-летний студент, а 22 июня Высокий суд признал Дуале виновным в неуважении к суду за то, что он разрешил продолжение строительства; 23 июня агентство Reuters сообщило, что министр заявил о приостановке строительства.