يسبق تاريخ إنشاء المطار تاريخ تأسيس القوات الجوية الكينية بأكثر من عقدين. ووفقًا لموقع ويكيبيديا، كانت وحدة التدريب العملياتي رقم 72 التابعة لسلاح الجو الملكي البريطاني تتخذ من قاعدة نانيوكي الجوية مقرًا لها في مطلع أبريل 1942، بعد انتقالها من وادي غزوزة في السودان، وكانت تستخدم طائرات من طراز بريستول بلينهايم ومارتن بالتيمور ودوغلاس بوستون. ويشير ملف من الأرشيف الوطني، استشهدت به ويكيبيديا، إلى أن قاعدة نانيوكي الجوية استُخدمت في عمليات ضد حركة ماو ماو خلال الفترة 1953-1954.

ورثت القوات الجوية الكينية قاعدتها الرئيسية، إيستلي في نيروبي، من سلاح الجو الملكي البريطاني عام ١٩٦٤، إلا أن إيستلي كانت مرتفعة للغاية ومدرجها قصيرًا جدًا بالنسبة للطائرات النفاثة؛ حتى أن سلاح الجو الملكي البريطاني كان يُقلع بطائراته من طراز هنتر من إمباكاسي. في ٢٥ فبراير ١٩٧٤، افتتحت القوات الجوية قاعدة نانيوكي الجوية لتكون مطارها الرئيسي للمقاتلات. انتقل أسطول طائرات سترايك ماستر إلى هناك في يونيو ١٩٧٤، وتمركزت فيها طائرات هوكر هنتر الست التي تم شراؤها في ذلك العام، وفي عام ١٩٧٨ وصلت طائرة نورثروب إف-٥، وفقًا لموقع ويكيبيديا. ومنذ ذلك الحين، أصبحت طائرة إف-٥ المقاتلة الكينية، وقاعدة لايكيبيا مقرها الرئيسي.

بدأت محاولة الانقلاب في الأول من أغسطس عام ١٩٨٢ في نيروبي، لكن جزءًا من الخطة كان يعتمد على نانيوكي. ووفقًا لما ورد في ويكيبيديا، قاد العريف برامويل إنجيني نجيريمان مؤامرة لتفجير القصر الرئاسي ومقر وحدة الخدمات العامة من القاعدة، وأجبر ثلاثة طيارين - الرائد ديفيد موتوا، والنقيب جون موغوانجا، والنقيب جون بارازا - على قيادة طائرتين من طراز إف-٥ إي تايغر وطائرة سترايك ماستر. ألقى الطيارون القنابل في غابة جبل كينيا وعادوا إلى نانيوكي.

يُقدّم تقرير وكالة UPI عن محاكمة نجيريمان العسكرية، بتاريخ 24 نوفمبر 1982، حجج الادعاء: أن فني الأسلحة البالغ من العمر 27 عامًا أمر بتجهيز صواريخ لقصف أهداف في نيروبي، وأمر بتحميلها على طائرات عسكرية، وأجبر طيارًا تحت تهديد السلاح على القيام بمهمة قصف في طائرة تدريب من طراز F-5، ووزّع أسلحة على آخرين. وقال نجيريمان إنه لم ينضم طواعيةً، بل كان يتلقى الأوامر من آخرين. حُكم عليه بالإعدام؛ وأشارت وكالة UPI إلى أن إدانته رفعت عدد العسكريين المدانين في محاولة الانقلاب إلى 656. بعد الانقلاب، أُعيد تسمية القاعدة إلى قاعدة لايكيبيا الجوية.

أصبحت لايكيبيا بمثابة مدرسة للقوات الجوية وقاعدة مقاتلاتها. في 7 أبريل 2022، افتتح الرئيس أوهورو كينياتا مركز التميز للطيران التابع للقوات الجوية الكينية هنا، والذي أفاد موقع DefenceWeb بأنه سيخدم القوات المسلحة الكينية، والجهات الحكومية الأخرى، والشركات المدنية، ودول شرق أفريقيا المجاورة. ويشغل سرب التدريب في القاعدة طائرات Grob G120TP التوربينية - تسع منها دخلت الخدمة بحلول سبتمبر 2021 - إلى جانب طائرات G120A-K ذات المحركات المكبسية التي تم تسليمها في عام 2013، والتي حلت محل طائرات Bulldog.

يستخدم الشركاء الأجانب القاعدة أيضًا. أفاد موقع DefenceWeb في عام 2020 أن القيادة الأمريكية في أفريقيا أدرجت لايكيبيا في عام 2015 كموقع أمني تعاوني، مع وجود معدات أمريكية مُخزّنة مسبقًا ولكن بدون أفراد أمريكيين دائمين. في الفترة من 20 إلى 24 أغسطس 2019، اجتمع حوالي 120 مندوبًا من القوات الجوية من كينيا والولايات المتحدة وبوروندي وتنزانيا وأوغندا في لايكيبيا ضمن برنامج الشراكة الأفريقية التابع للقوات الجوية الأمريكية في أفريقيا، حيث عملوا على استعادة الأفراد وعمليات البحث والإنقاذ القتالية ورعاية المصابين.

منذ عام 2016، أصبحت القاعدة مقرًا لوحدة التدريب التابعة للجيش البريطاني في كينيا (باتوك). وصفت منظمة البنية التحتية الدفاعية البريطانية الموقع في يوليو 2016 بأنه "محطة تابعة لسلاح الجو الملكي البريطاني سابقًا، وهي الآن قاعدة تابعة لسلاح الجو الكيني"، وأعلنت أن أعمال بناء مقر تدريب جديد، يضم مرافق فنية وسكنية، قد بدأت في أبريل 2016، على أرض مستأجرة مباشرة من وزارة الدفاع الكينية. بلغت قيمة المشاريع أكثر من 40 مليون جنيه إسترليني، وكان من المتوقع الانتهاء منها بحلول ربيع 2018.

أفادت وكالة الاستخبارات الدفاعية بأن الجيش البريطاني يدرب نحو 10 آلاف جندي سنوياً في هضبة لايكيبيا. ويقتصر الوجود البريطاني على إقامة مؤقتة في قاعدة كينية: فالطائرات الموجودة على مدرج الطائرات كينية، والمنشآت البريطانية عبارة عن مقر تدريب عسكري، وليست وحدة طيران.

في 27 مايو/أيار 2026، ووفقًا لما ورد في ويكيبيديا نقلاً عن وكالة أسوشيتد برس، أعلن البيت الأبيض أن الولايات المتحدة بصدد إنشاء منشأة في قاعدة لايكيبيا الجوية لمراقبة وعزل الأمريكيين المعرضين لفيروس إيبولا. ووصفت قناة الجزيرة المنشأة بأنها وحدة تضم 50 سريرًا في قاعدة جوية بمقاطعة لايكيبيا. وصرح الرئيس ويليام روتو بأنه وافق على المشروع بناءً على طلب من الرئيس دونالد ترامب، ودافع عنه باعتباره متوافقًا مع شراكات كينيا الصحية مع واشنطن. ووصف وزير الصحة الكيني، عدن دوالي، المشروع بأنه جزء من جهد أوسع لتعزيز الاستجابة للطوارئ.

علّقت المحكمة العليا الخطة في 29 مايو/أيار، وفي 2 يونيو/حزيران مددت أوامرها وألزمت الحكومة بالكشف عن الاتفاقية، بعد طعون من معهد كاتيبا ونقابة المحامين الكينية ونقابة الأطباء. وتظاهر المئات في نانيوكي في 1 يونيو/حزيران؛ ونقلت رويترز، عبر قناة الجزيرة، عن منظم احتجاج ومصدر أمني، مقتل شخصين بالرصاص. وتشير ويكيبيديا إلى مقتل طالب يبلغ من العمر 17 عامًا بالرصاص في احتجاجات أخرى في 9 يونيو/حزيران، وأنه في 22 يونيو/حزيران، أدانت المحكمة العليا دوالي بتهمة ازدراء المحكمة لسماحه باستمرار أعمال البناء؛ وأفادت رويترز في 23 يونيو/حزيران أن الوزير صرّح بتوقف أعمال البناء.