この飛行場はケニア空軍の設立より20年以上も前から存在していた。ウィキペディアによると、イギリス空軍第72作戦訓練部隊は1942年4月初旬までにスーダンのワディ・ガズーザからナニュキ空軍基地に拠点を構え、ブリストル・ブレンハイム、マーティン・ボルチモア、ダグラス・ボストンを運用していた。ウィキペディアが引用している国立公文書館の資料によると、ナニュキ空軍基地は1953年から1954年にかけてマウマウ反乱軍に対する作戦に使用された。.

ケニア空軍は1964年にナイロビのイーストリーをイギリス空軍から引き継いだが、イーストリーはジェット機には高すぎ、滑走路も短すぎたため、イギリス空軍でさえエンバカシからハンター戦闘機を飛ばしていた。1974年2月25日、空軍はナニュキ空軍基地を主要戦闘機基地として開設した。ストライクマスター戦闘機は1974年6月に同基地に移駐し、同年購入した6機のホーカー・ハンター戦闘機も同基地に配備され、1978年にはノースロップF-5戦闘機が到着した（Wikipediaより）。それ以来、F-5はケニアの戦闘機となり、ライキピアはその本拠地となっている。.

1982年8月1日のクーデター未遂事件はナイロビで始まったが、計画の一部はナニュキに依存していた。ウィキペディアによると、ブラムウェル・インジェニ・ニェレマン伍長は基地から大統領官邸と一般治安部隊本部を爆撃する計画を主導し、デイビッド・ムトゥア少佐、ジョン・ムグワンジャ大尉、ジョン・バラザ大尉の3人のパイロットにF-5Eタイガー2機とストライクマスター1機を操縦させた。パイロットたちはケニア山の森林に爆弾を投棄し、ナニュキに戻った。.

1982年11月24日にUPIが報じたニェレマンの軍法会議の記録によると、検察側は、27歳の兵器技術者であるニェレマンがナイロビの標的を爆撃するためにロケット弾を準備し、軍用機に搭載させ、銃を突きつけてパイロットにF-5練習機での爆撃任務を強要し、他の兵士に武器を支給したと主張した。ニェレマンは自ら志願して参加したのではなく、他者の命令に従っただけだと述べた。彼は死刑を宣告された。UPIは、彼の有罪判決により、クーデター未遂事件で有罪判決を受けた軍人の数が656人になったと指摘した。クーデター後、基地はライキピア空軍基地と改名された。.

ライキピアは、空軍の戦闘機基地であると同時に、空軍の訓練施設にもなっている。2022年4月7日、ウフル・ケニヤッタ大統領は、この地にケニア空軍航空センター・オブ・エクセレンスを開設した。defenceWebの報道によると、このセンターはケニア国防軍、その他の政府機関、民間企業、そして近隣の東アフリカ諸国にサービスを提供する予定だ。基地の訓練飛行隊は、2013年に納入されブルドッグの後継機となったピストンエンジンのG120A-Kと並んで、グロブG120TPターボプロップ機（2021年9月までに9機が運用開始）を運用している。.

外国のパートナーもこの基地を利用している。defenceWebは2020年に、米アフリカ軍が2015年にライキピアを協力安全保障拠点としてリストアップし、米軍装備は事前配備されているものの、常駐の米軍要員はいないと報じた。2019年8月20日から24日にかけて、ケニア、米国、ブルンジ、タンザニア、ウガンダから約120人の空軍代表がライキピアに集まり、米空軍アフリカのアフリカパートナーシップ飛行隊として、人員回収、戦闘捜索救助、負傷者ケアに取り組んだ。.

2016年以降、この基地には英国陸軍ケニア訓練部隊（BATUK）の本部も置かれている。英国国防インフラ機構は2016年7月、この場所を「元英国空軍基地、現在はケニア空軍基地」と表現し、ケニア国防省から直接リースした土地に、技術施設と居住施設を備えた新しい訓練本部の建設が2016年4月に開始されたと発表した。これらのプロジェクトの総工費は4000万ポンドを超え、2018年春までに完成する予定だった。.

DIO（国防情報局）によると、イギリス陸軍はライキピア高原で年間約1万人の兵士を訓練している。イギリス軍の駐留はケニアの基地への一時的な駐留であり、滑走路にある航空機はケニア軍のもので、イギリス軍の施設は陸軍の訓練本部であって、飛行部隊ではない。.

ウィキペディアの記事（AP通信を引用）によると、2026年5月27日、ホワイトハウスは、米国がライキピア空軍基地にエボラウイルスに感染した米国人を監視・隔離するための施設を建設すると発表した。アルジャジーラは、ライキピア郡の空軍基地にある50床の施設だと報じた。ウィリアム・ルト大統領は、ドナルド・トランプ大統領の要請を受けて承認したと述べ、ケニアとワシントンの保健分野における協力関係に合致するものだと擁護した。アデン・デュアレ保健相は、緊急対応を強化するためのより広範な取り組みの一環だと述べた。.

高等裁判所は5月29日に計画を一時停止し、6月2日にはカティバ研究所、ケニア弁護士会、医師組合の異議申し立てを受けて、政府に協定の開示を求める命令を延長した。6月1日、ナニュキで数百人が抗議活動を行った。アルジャジーラが引用したロイター通信は、抗議活動の主催者と治安関係者の話として、銃撃で2人が死亡したと報じた。ウィキペディアによると、6月9日のさらなる抗議活動で17歳の学生が射殺され、6月22日には高等裁判所がデュアレ大臣が建設の継続を許可したとして法廷侮辱罪に問われた。ロイター通信は6月23日、大臣が建設は中止されたと述べたと報じた。.