Het vliegveld bestond al meer dan twintig jaar voordat de Keniaanse luchtmacht werd opgericht. Volgens Wikipedia vestigde de 72e operationele trainingseenheid van de RAF zich begin april 1942 op RAF Nanyuki, na te zijn verhuisd vanuit Wadi Gazouza in Soedan. De eenheid vloog met Bristol Blenheims, Martin Baltimores en Douglas Bostons. Een archiefstuk van het Nationaal Archief, geciteerd door Wikipedia, toont aan dat RAF Nanyuki in 1953-1954 werd gebruikt voor operaties tegen de Mau Mau.

De Keniaanse luchtmacht erfde in 1964 haar belangrijkste basis, Eastleigh in Nairobi, van de RAF, maar Eastleigh lag te hoog en de landingsbaan te kort voor straaljagers: zelfs de RAF had haar Hunters vanaf Embakasi laten vliegen. Op 25 februari 1974 opende de luchtmacht de luchtmachtbasis Nanyuki als haar belangrijkste vliegveld voor gevechtsvliegtuigen. De Strikemaster-vloot verhuisde er in juni 1974 naartoe, de zes Hawker Hunters die dat jaar waren aangeschaft, werden er gestationeerd en in 1978 arriveerde de Northrop F-5, aldus Wikipedia. De F-5 is sindsdien het gevechtsvliegtuig van Kenia en Laikipia zijn thuisbasis.

De couppoging van 1 augustus 1982 begon in Nairobi, maar een deel van het plan was afhankelijk van Nanyuki. Volgens Wikipedia leidde korporaal Bramwel Injeni Njereman een complot om het presidentieel paleis en het hoofdkwartier van de Generale Staf vanuit Nanyuki te bombarderen. Hij dwong drie piloten – majoor David Mutua, kapitein John Mugwanja en kapitein John Baraza – om met twee F-5E Tigers en een Strikemaster te vliegen. De piloten wierpen de bommen af in het Mount Kenya-woud en keerden terug naar Nanyuki.

Het UPI-rapport over het krijgsgerecht van Njereman op 24 november 1982 beschrijft de aanklacht van het Openbaar Ministerie: de 27-jarige wapentechnicus gaf opdracht tot het prepareren van raketten voor bombardementen op doelen in Nairobi, liet deze in militaire vliegtuigen laden, dwong een piloot onder bedreiging met een vuurwapen een bombardementsmissie uit te voeren in een F-5-trainingsvliegtuig en deelde wapens uit aan andere mannen. Njereman verklaarde dat hij zich niet vrijwillig had aangemeld, maar orders van anderen had opgevolgd. Hij werd ter dood veroordeeld; UPI merkte op dat zijn veroordeling het aantal militairen dat veroordeeld was voor de couppoging op 656 bracht. Na de coup werd de basis omgedoopt tot luchtmachtbasis Laikipia.

Laikipia is uitgegroeid tot de opleidingslocatie en tevens de basis voor gevechtsvliegtuigen van de luchtmacht. Op 7 april 2022 opende president Uhuru Kenyatta hier het Kenya Air Force Aviation Centre of Excellence, dat volgens defenceWeb de Keniaanse strijdkrachten, andere overheidsinstanties, civiele bedrijven en naburige Oost-Afrikaanse staten ten dienste zou staan. Het trainingseskader op de basis vliegt met Grob G120TP turbopropvliegtuigen – waarvan er in september 2021 negen in gebruik waren – naast de G120A-K's met zuigermotor die in 2013 werden geleverd en de Bulldog vervingen.

Ook buitenlandse partners maken gebruik van de basis. DefenceWeb meldde in 2020 dat het Amerikaanse Africa Command Laikipia in 2015 had aangewezen als een locatie voor samenwerking op het gebied van veiligheid, met vooraf gestationeerd Amerikaans materieel, maar zonder permanent Amerikaans personeel. Van 20 tot 24 augustus 2019 kwamen ongeveer 120 luchtmachtdelegaties uit Kenia, de Verenigde Staten, Burundi, Tanzania en Oeganda bijeen in Laikipia voor de African Partnership Flight van de Amerikaanse luchtmacht in Afrika, waar ze werkten aan het bergen van personeel, zoek- en reddingsoperaties in gevechtssituaties en de zorg voor gewonden.

Sinds 2016 is op de basis ook het hoofdkwartier van de British Army Training Unit Kenya (BATUK) gevestigd. De Britse Defensie-infrastructuurorganisatie omschreef de locatie in juli 2016 als "een voormalig RAF-station – nu een Keniaanse luchtmachtbasis" en meldde dat de bouw van een nieuw trainingshoofdkwartier met technische en woonvoorzieningen in april 2016 was begonnen op grond die rechtstreeks van het Keniaanse ministerie van Defensie werd gehuurd. De projecten hadden een waarde van meer dan 40 miljoen pond en zouden naar verwachting in het voorjaar van 2018 worden afgerond.

De DIO meldde dat het Britse leger jaarlijks ongeveer 10.000 troepen traint op het Laikipia-plateau. De Britse aanwezigheid is een tijdelijke regeling op een Keniaanse basis: de vliegtuigen op het vliegveld zijn Keniaans en de Britse faciliteiten zijn een trainingshoofdkwartier van het leger, geen vliegeenheid.

Op 27 mei 2026 kondigde het Witte Huis, volgens een bericht op Wikipedia dat zich baseerde op een bericht van AP, aan dat de Verenigde Staten een faciliteit zouden bouwen op de luchtmachtbasis Laikipia om Amerikanen die aan ebola waren blootgesteld te monitoren en in quarantaine te plaatsen. Al Jazeera beschreef het als een unit met 50 bedden op een luchtmachtbasis in Laikipia County. President William Ruto zei dat hij de bouw had goedgekeurd na een verzoek van president Donald Trump en verdedigde het als onderdeel van de gezondheidssamenwerking tussen Kenia en Washington; minister van Volksgezondheid Aden Duale noemde het onderdeel van een bredere inspanning om de noodhulp te versterken.

Het Hooggerechtshof schortte het plan op 29 mei op en verlengde op 2 juni zijn bevel, waarbij de regering werd verplicht de overeenkomst openbaar te maken, na bezwaren van het Katiba Instituut, de Keniaanse Orde van Advocaten en de artsenvakbond. Honderden mensen protesteerden op 1 juni in Nanyuki; Reuters, geciteerd door Al Jazeera, meldde dat twee mensen door schoten om het leven waren gekomen, op basis van informatie van een protestorganisator en een veiligheidsbron. Wikipedia vermeldt dat een 17-jarige student op 9 juni werd doodgeschoten tijdens verdere protesten en dat het Hooggerechtshof Duale op 22 juni schuldig bevond aan minachting van het hof omdat hij de bouw had laten doorgaan; Reuters meldde op 23 juni dat de minister had gezegd dat de bouw was stilgelegd.