Sovětská historie Ajni je tou nejmenší částí jejího příběhu. Anglická Wikipedie uvádí pouze to, že sloužila jako sovětská vojenská základna během studené války a po stažení vojsk z Afghánistánu v roce 1989 chátrala; které pluky z ní létaly a kdy byla otevřena, se v žádném ověřitelném zdroji nenašlo a tato stránka se o tom nehádá. Shoduje se na tom, že na konci 90. let byla, slovy ThePrint, zchátralá.

Zájem Indie se z Afghánistánu vyvíjel. Před rokem 2001 Nové Dillí podporovalo Severní alianci, která bojovala proti Tálibánu, a indický deník Tribune v listopadu 2003 informoval, že dohoda podepsaná během návštěvy premiéra Atala Bihariho Vajpayeeho zajišťovala umístění indického armádního a leteckého personálu na tádžické základně, tehdy nazývané Farkhor. Zpráva deníku ThePrint z roku 2021 uvádí, že projekt Ayni začal v letech 2001–2002 za ministra obrany George Fernandese, přičemž k zahájení prací byl vyslán kapitán Naseem Akhtar a práce hradilo ministerstvo zahraničních věcí.

Práce byly rozsáhlé. Přistávací dráha byla prodloužena na 3 200 m; byly přidány hangáry, zařízení pro generální opravy a tankování letadel; a velkou část stavby provedl tým Organizace pohraničních silnic pod vedením brigádního generála. V době největšího rozmachu bylo na místě asi 200 Indů, uvádí ThePrint. Jejím prvním velitelem po nástupu do provozu, přibližně od konce roku 2005, byl skupinový kapitán B. S. Dhanoa, který se později vypracoval na vrchního maršála letectva a velitele indického letectva.

Když tádžická vláda v září 2010 prohlásila rekonstrukci za dokončenou, s vojenskou přehlídkou a návštěvou prezidenta, otázka, kterou si kladl každý novinář, byla, kdo ji bude využívat. RFE/RL informovala, že Indie zaplatila 70 milionů USD a že někteří experti očekávali, že Indie získá právo ji využívat, zatímco jiní pochybovali, že by Tádžikistán riskoval své vztahy s Pákistánem.

Rusko bylo údajně první v řadě. Podle RFE/RL ruská média v srpnu 2008 uvedla, že prezidenti Dmitrij Medveděv a Emomali Rahmon se dohodli, že Rusko v Ajni umístí letouny Su-25 a vrtulníky; mluvčí tádžického ministerstva obrany Faridun Muhammadalijev tyto zprávy odmítl jako nepodložené. Náměstek ministra zahraničí USA Robert Blake popřel, že by Washington chtěl přístup, a byl také informován o návrhu na přesun francouzských letadel z letiště v Dušanbe. Oficiální verze zněla, že Ajni patří tádžickému letectvu a protivzdušné obraně.

Oficiální linie a praxe se rozcházely. ThePrint později popsal letiště jako letiště spravované společně Indií a Tádžikistánem po téměř dvě desetiletí a informoval o dočasném nasazení indických stíhaček Su-30MKI, které Wikipedie datuje od roku 2014. V kontrolovaných zdrojích nebylo nalezeno žádné oficiální indické ani tádžické prohlášení potvrzující nasazení stíhaček.

Základna Indii jednou a nápadně prokázala svou hodnotu. Když Tálibán v srpnu 2021 dobyl Kábul, indické letectvo použilo Gissar jako přestupní bod, aby se vyhnulo tlačenici na kábulském letišti. List The Print informoval, že tam jeden C-17 čekal na americké povolení, že personál velvyslanectví byl letecky převezen 17. srpna a že jeden C-130J přepravil 87 Indů z Kábulu do Tádžikistánu, přičemž v operaci byly použity i letadla společnosti Air India.

Stejný kolaps odstranil důvod pro základnu. Bilaterální dohoda vypršela – v roce 2021 podle sloupku ThePrint z října 2025, v roce 2022 podle Wikipedie – a nebyla obnovena. Indická média koncem října 2025 informovala, že stažení vojsk bylo dokončeno. Sloupek ThePrint od Swasti Rao připsal rozhodnutí Tádžikistánu ruskému a čínskému tlaku na “neregionálního aktéra”; indický vzdělávací web Drishti IAS místo toho poukázal na konec afghánských spojenců Indie. Ani jedno z těchto vysvětlení nebylo v kontrolovaných zdrojích potvrzeno indickou, tádžickou, ruskou ani čínskou vládou a ani jedno z nich zde není potvrzeno.