Ayni'nin Sovyet tarihi, hikayesinin en zayıf kısmını oluşturuyor. İngilizce Wikipedia'da sadece Soğuk Savaş döneminde Sovyet askeri üssü olarak hizmet verdiği ve 1989'da Afganistan'dan çekilmenin ardından harap hale geldiği belirtiliyor; hangi alayların buradan uçtuğu ve ne zaman açıldığı, kontrol edilebilecek bir kaynakta bulunamadı ve bu sayfa da tahmin yürütmüyor. Kabul edilen nokta ise, ThePrint'in ifadesiyle, 1990'ların sonuna doğru harap halde olduğudur.

Hindistan'ın ilgisi Afganistan'dan kaynaklanıyordu. 2001'den önce Yeni Delhi, Taliban karşıtı Kuzey İttifakı'nı destekliyordu ve Hindistan'ın Tribune gazetesi Kasım 2003'te, Başbakan Atal Bihari Vajpayee'nin ziyareti sırasında imzalanan bir anlaşmanın, o zamanlar Farkhor olarak adlandırılan Tacikistan'daki bir üste Hint ordusu ve hava kuvvetleri personelinin konuşlandırılmasını öngördüğünü bildirmişti. ThePrint'in 2021 tarihli haberine göre, Ayni projesi 2001-2002 yıllarında Savunma Bakanı George Fernandes döneminde başladı, Grup Kaptanı Naseem Akhtar işe başlamak üzere gönderildi ve Dışişleri Bakanlığı ödeme yaptı.

Yapılan iş oldukça kapsamlıydı. Pist 3200 metreye uzatıldı; hangarlar, bakım tesisleri ve uçak yakıt ikmal noktaları eklendi; ve bir tuğgeneral komutasındaki Sınır Yolları Teşkilatı ekibi inşaatın büyük bir bölümünü üstlendi. ThePrint'in belirttiğine göre, en yoğun döneminde sahada yaklaşık 200 Hintli bulunuyordu. 2005 yılının sonlarından itibaren faaliyete geçtikten sonraki ilk komutanı, daha sonra Hava Kuvvetleri Komutanı ve Hindistan Hava Kuvvetleri Başkanı olan Grup Kaptanı BS Dhanoa idi.

Tacikistan hükümeti Eylül 2010'da askeri bir tören ve cumhurbaşkanının ziyaretiyle tadilatın tamamlandığını ilan ettiğinde, her gazetecinin sorduğu soru, burayı kimin kullanacağıydı. RFE/RL, Hindistan'ın 70 milyon ABD doları ödediğini ve bazı uzmanların Hindistan'ın kullanım hakkını kazanmasını beklediğini, diğerlerinin ise Tacikistan'ın Pakistan ile ilişkilerini riske atacağından şüphe duyduğunu bildirdi.

Rusya'nın ilk sırada olduğu bildirilmişti. RFE/RL'ye göre, Rus medyası Ağustos 2008'de Cumhurbaşkanları Dmitry Medvedev ve Emomali Rahmon'un Rusya'nın Ayni'ye Su-25'ler ve helikopterler konuşlandırması konusunda anlaştıklarını yazmıştı; Tacikistan Savunma Bakanlığı sözcüsü Faridun Muhammedaliev ise bu haberleri asılsız olarak nitelendirmişti. ABD Dışişleri Bakan Yardımcısı Robert Blake, Washington'ın erişim istediğini yalanlamış ve Duşanbe havaalanından Fransız uçaklarının oraya taşınması önerisi de bildirilmişti. Resmi açıklama ise Ayni'nin Tacikistan hava kuvvetlerine ve hava savunmasına ait olduğu yönündeydi.

Resmi açıklama ile uygulama birbirinden farklıydı. ThePrint daha sonra havaalanının yaklaşık yirmi yıldır Hindistan ve Tacikistan tarafından ortaklaşa yönetildiğini ve Wikipedia'nın 2014'ten itibaren tarihlendirdiği Hindistan'a ait Su-30MKI savaş uçaklarının geçici olarak konuşlandırıldığını bildirdi. Kontrol edilen kaynaklarda, savaş uçağı konuşlandırmasını doğrulayan herhangi bir Hindistan veya Tacikistan resmi açıklamasına rastlanmadı.

Üs, Hindistan için bir kez ve oldukça belirgin bir şekilde değerini kanıtladı. Ağustos 2021'de Taliban Kabil'i ele geçirdiğinde, Hindistan Hava Kuvvetleri'ne ait C-17 ve C-130J uçakları, Kabil havaalanındaki yoğunluktan kaçınmak için Gissar'ı bir geçiş noktası olarak kullandı. ThePrint'in haberine göre, bir C-17 orada Amerikan iznini bekledi, elçilik personeli 17 Ağustos'ta uçakla tahliye edildi ve bir C-130J, Kabil'den Tacikistan'a 87 Hintliyi taşıdı; operasyonda Air India uçakları da kullanıldı.

Aynı çöküş, üssün var olma nedenini de ortadan kaldırdı. İkili anlaşma, Ekim 2025 tarihli bir ThePrint köşe yazısına göre 2021'de, Wikipedia'ya göre ise 2022'de sona erdi ve yenilenmedi. Hint medyası, Ekim 2025'in sonlarında geri çekilmenin tamamlandığını bildirdi. Swasti Rao'nun ThePrint köşe yazısı, Tacikistan'ın kararını "bölgesel olmayan bir aktör" üzerindeki Rus ve Çin baskısına bağlarken, Hint eğitim sitesi Drishti IAS ise bunun yerine Hindistan'ın Afgan müttefiklerinin sonunu işaret etti. Kontrol edilen kaynaklarda bu açıklamaların hiçbiri Hint, Tacik, Rus veya Çin hükümetleri tarafından doğrulanmadı ve burada da benimsenmedi.