Советская история Айни — самая скудная часть его истории. Английская Википедия сообщает лишь о том, что во время холодной войны он служил советской военной базой и пришел в упадок после вывода войск из Афганистана в 1989 году; какие полки с него базировались и когда он открылся, не удалось проверить ни в одном доступном источнике, и на этой странице нет никаких предположений. Общепринято считать, что к концу 1990-х годов, по словам ThePrint, он был в плачевном состоянии.

Интерес Индии к этому проекту возник в Афганистане. До 2001 года Нью-Дели поддерживал Северный альянс, выступавший против талибов, а индийская газета Tribune сообщила в ноябре 2003 года, что соглашение, подписанное во время визита премьер-министра Атала Бихари Ваджпаи, предусматривало размещение военнослужащих индийской армии и ВВС на таджикской базе, тогда называвшейся Фархор. В статье ThePrint от 2021 года говорится, что проект Айни начался в 2001–2002 годах при министре обороны Джордже Фернандесе, при этом для начала работ был направлен капитан группы Насим Ахтар, а финансирование осуществлялось Министерством иностранных дел.

Работы были масштабными. Взлетно-посадочная полоса была расширена до 3200 м; были добавлены ангары, ремонтные базы и заправочные станции для самолетов; большую часть строительных работ выполнила команда Организации по строительству приграничных дорог под командованием бригадного генерала. По данным ThePrint, в пиковый период на объекте находилось около 200 индийцев. Первым командиром после ввода объекта в эксплуатацию, примерно с конца 2005 года, стал полковник Б.С. Дханоа, который позже дослужился до звания маршала авиации и главы ВВС Индии.

Когда в сентябре 2010 года правительство Таджикистана объявило о завершении реконструкции, проведя военный парад и пригласив президента, каждый журналист задавался вопросом: кто будет ею пользоваться? Радио Свобода сообщило, что Индия заплатила 1,4 триллиона долларов США (70 миллионов), и что некоторые эксперты ожидали, что Индия получит право на использование объекта, в то время как другие сомневались, что Таджикистан рискнет своими отношениями с Пакистаном.

Ранее сообщалось, что Россия первой претендует на этот пост. По данным Радио Свобода, в августе 2008 года российские СМИ заявили, что президенты Дмитрий Медведев и Эмомали Рахмон договорились о размещении российских истребителей Су-25 и вертолетов в Айни; пресс-секретарь Министерства обороны Таджикистана Фаридун Мухаммадалиев опроверг эти сообщения как безосновательные. Помощник госсекретаря США Роберт Блейк отрицал, что Вашингтон хотел получить доступ, а также сообщалось о предложении перебросить туда французские самолеты из аэропорта Душанбе. Официальная версия заключалась в том, что Айни принадлежит ВВС и ПВО Таджикистана.

Официальная позиция и практика расходились. Позже издание ThePrint описало аэродром как находящийся в совместном управлении Индии и Таджикистана почти два десятилетия, и сообщило о временном размещении индийских истребителей Су-30МКИ, которое, по данным Википедии, относится к периоду с 2014 года. В проверенных источниках не было найдено ни одного официального заявления Индии или Таджикистана, подтверждающего размещение истребителей.

База однажды доказала свою ценность для Индии, и весьма наглядно. Когда талибы захватили Кабул в августе 2021 года, самолеты C-17 и C-130J ВВС Индии использовали Гиссар в качестве перевалочного пункта, чтобы избежать давки в аэропорту Кабула. Издание ThePrint сообщило, что один C-17 ожидал там разрешения от США, что сотрудники посольства были эвакуированы 17 августа, и что один C-130J перевез 87 индийцев из Кабула в Таджикистан, при этом в операции также использовались самолеты Air India.

Тот же самый крах лишил базу смысла. Двустороннее соглашение утратило силу — в 2021 году, согласно статье в ThePrint от октября 2025 года, в 2022 году, согласно Википедии, — и не было продлено. Индийские СМИ сообщили в конце октября 2025 года, что вывод войск завершен. В статье Свасти Рао в ThePrint решение Таджикистана объяснялось давлением России и Китая на “нерегионального игрока”; индийский образовательный сайт Drishti IAS вместо этого указал на прекращение сотрудничества Индии с афганскими союзниками. Ни одно из этих объяснений не было подтверждено правительствами Индии, Таджикистана, России или Китая в проверенных источниках, и ни одно из них здесь не используется.