A história soviética de Ayni é a parte mais superficial de sua história. A Wikipédia em inglês diz apenas que serviu como base militar soviética durante a Guerra Fria e entrou em decadência após a retirada do Afeganistão em 1989; quais regimentos operaram a partir dali, nem quando foi inaugurada, não foram encontrados em nenhuma fonte verificável, e esta página não faz suposições. O que se sabe com certeza é que, no final da década de 1990, estava, nas palavras do ThePrint, em ruínas.

O interesse da Índia surgiu a partir do Afeganistão. Antes de 2001, Nova Déli apoiava a Aliança do Norte, grupo anti-Talibã, e o jornal indiano Tribune noticiou, em novembro de 2003, que um acordo assinado durante a visita do primeiro-ministro Atal Bihari Vajpayee previa a presença de militares do exército e da força aérea indianos em uma base tajique, então chamada Farkhor. Segundo o ThePrint, em 2021, o projeto Ayni teve início entre 2001 e 2002, sob a gestão do Ministro da Defesa George Fernandes, com o Capitão de Grupo Naseem Akhtar enviado para dar início aos trabalhos e o Ministério das Relações Exteriores financiando a iniciativa.

A obra foi substancial. A pista foi estendida para 3.200 m; hangares, instalações de revisão e reabastecimento de aeronaves foram adicionados; e uma equipe da Organização de Estradas de Fronteira, sob o comando de um brigadeiro, realizou grande parte da construção. No auge da obra, cerca de 200 indianos trabalhavam no local, segundo o ThePrint. Seu primeiro comandante, após o início das operações, por volta do final de 2005, foi o Capitão de Grupo BS Dhanoa, que posteriormente ascendeu ao posto de Marechal do Ar e chefe da Força Aérea Indiana.

Quando o governo tajique declarou a reforma concluída em setembro de 2010, com um desfile militar e uma visita do presidente, a pergunta que todos os jornalistas faziam era quem a utilizaria. A RFE/RL noticiou que a Índia havia pago US$ 1.470 milhões e que alguns especialistas esperavam que a Índia ganhasse o direito de usá-la, enquanto outros duvidavam que o Tadjiquistão arriscaria suas relações com o Paquistão.

A Rússia era apontada como a primeira interessada. Segundo a RFE/RL, a mídia russa noticiou em agosto de 2008 que os presidentes Dmitry Medvedev e Emomali Rahmon haviam concordado que a Rússia estacionaria caças Su-25 e helicópteros em Ayni; o porta-voz do Ministério da Defesa do Tadjiquistão, Faridun Muhammadaliev, desmentiu as notícias, classificando-as como infundadas. O secretário de Estado adjunto dos EUA, Robert Blake, negou que Washington desejasse acesso à base, e também foi noticiada uma proposta para transferir aeronaves francesas do aeroporto de Dushanbe para lá. A posição oficial era de que Ayni pertencia à Força Aérea e à Defesa Aérea do Tadjiquistão.

A versão oficial e a prática divergiam. O ThePrint descreveu posteriormente o aeródromo como sendo administrado conjuntamente pela Índia e pelo Tadjiquistão por quase duas décadas e relatou um destacamento temporário de caças indianos Su-30MKI, que a Wikipédia data de 2014 em diante. Nenhuma declaração oficial indiana ou tadjique confirmando o destacamento de caças foi encontrada nas fontes consultadas.

A base provou seu valor para a Índia de uma vez, e de forma notável. Quando o Talibã tomou Cabul em agosto de 2021, aeronaves C-17 e C-130J da Força Aérea Indiana usaram Gissar como ponto de apoio para evitar a aglomeração no aeroporto de Cabul. O ThePrint noticiou que um C-17 aguardou a autorização americana no local, que a equipe da embaixada foi transportada por via aérea em 17 de agosto e que um C-130J levou 87 indianos de Cabul para o Tadjiquistão, com aeronaves da Air India também sendo utilizadas na operação.

O mesmo colapso eliminou a razão de ser da base. O acordo bilateral expirou — em 2021, segundo uma coluna do ThePrint de outubro de 2025, e em 2022, de acordo com a Wikipédia — e não foi renovado. A mídia indiana noticiou no final de outubro de 2025 que a retirada estava completa. A coluna do ThePrint, de Swasti Rao, atribuiu a decisão do Tadjiquistão à pressão russa e chinesa sobre um “ator não regional”; o site indiano de educação Drishti IAS apontou, por sua vez, para o fim da aliança da Índia com o Afeganistão. Nenhuma das explicações foi confirmada pelos governos indiano, tadjique, russo ou chinês nas fontes consultadas, e nenhuma delas é adotada aqui.