Leeuwarden začínal jako civilní letiště. Podle studie letišť Luftwaffe, kterou sestavil historik Henry de Zeng, bylo otevřeno 24. června 1938 a ministerstvo obrany uvádí, že se v tomto roce stalo oficiálním letištěm, které využívala hlavně společnost KLM jako zastávka mezi Schipholem a Eelde poblíž Groningenu. Zachovaná budova stanice KLM z té doby se na základně dochovala a nyní v ní sídlí Traditiekamer, historická místnost, která vypráví o historii základny.

Německá invaze v květnu 1940 všechno změnila. Luftwaffe označila Leeuwarden za svou nejdůležitější leteckou základnu v severním Holandsku a do konce léta 1940 zde asi 7 500 dělníků stavělo tři betonové ranveje o délce 1 500, 1 300 a 1 200 metrů, hangáry, dílny a protiletadlové pozice, vše silně maskované. Ministerstvo obrany dodává, že sutiny z bombardování Rotterdamu se dostaly do ranvejí a pojezdových drah. Do listopadu 1942 zde bylo 74 krytů pro letadla a 16 zpevněných stanovišť rozmístěných na třech rozptýlených plochách.

Nejdříve přiletěly stíhačky: I./JG 51 v létě 1940 a II./JG 52 onu zimu, poté bombardéry III./KG 4. Od listopadu 1941 se Leeuwarden stal stanicí nočních stíhaček, s II./NJG 2 do září 1942 a IV./NJG 1 od října 1942 do března 1944. III./JG 1 odtud létala s denními stíhačkami v roce 1943. Letiště bylo opakovaně napadáno a po těžkých náletech v září 1944 bylo degradováno na předsunuté přistávací pole. Než v dubnu 1945 dorazily kanadské jednotky, Němci zničili většinu ranvejí a hangárů.

Po osvobození KLM znovu krátce létala z Leeuwardenu na Schiphol, ale v roce 1949 převzalo kontrolu nad polem letectvo. 28. ledna 1949 dorazila z Twenthe 323. peruť s letouny Gloster Meteor F.4, které podle ministerstva obrany udělaly z Leeuwardenu první operační nizozemskou leteckou základnu s proudovými stíhačkami. 322. peruť, jednotka zformovaná z nizozemských pilotů RAF v roce 1943, se zde později usadila natrvalo.

V raných letech NATO byla základna, podle slov samotného ministerstva, nejvyužívanější leteckou základnou v západní Evropě, protože z ní cvičily spojenecké vzdušné síly. Stíhačky se neustále měnily: Meteor sloužil do roku 1956, Hawker Hunter od roku 1956 do roku 1964 a poté Lockheed F-104G Starfighter, se kterými 322. a 323. perutě létaly patnáct let. Historie perutě shrnutá na Wikipedii datuje příjezd 322. perutě se Starfighterem do Leeuwardenu do dubna 1964.

Léta s létáním Starfighterů přinesla jednu z nejpodivnějších epizod v nizozemské vojenské historii. V 4:54 ráno 11. června 1977, když mariňáci zaútočili na vlak unesený poblíž De Puntu, šest stíhaček F-104G nízko přeletělo nad místem činu, aby odvedlo pozornost únosců. Při útoku, který ukončil 20denní obléhání, bylo zabito šest únosců a dva rukojmí. Sekundární zdroje připisují nízké přelety 322. peruti z Leeuwardenu; pro tuto stránku nebyl nalezen žádný oficiální nizozemský záznam s uvedením této jednotky.

V roce 1979 se Leeuwarden stal první nizozemskou základnou, která vyměnila Starfightery za F-16. Prvním F-16 v nizozemských službách byl dvoumístný model B, J-259, dodaný sem. 322. peruť začala s přestavbou v roce 1980 a podle zveřejněné historie své perutě se stala první operační nizozemskou perutí F-16 1. května 1981. Od roku 1981 nesly nizozemské jednotky F-16 také rychlou reakci v nizozemském vzdušném prostoru, což byl úkol, který plnily 43 let.

Leeuwardenské F-16 byly opět první, když byla flotila modernizována: ministerstvo obrany uvádí, že 322. peruť byla první, která létala s verzí F-16AM ze středního věku. Sekundární zdroje uvádějí nasazení perutě s F-16 v operaci Enduring Freedom v letech 2002–2003, v misi ISAF v Afghánistánu v letech 2005 až 2014 a v Libyi v roce 2011. Doma se 323. peruť stala taktickou výcvikovou, hodnotící a standardizační perutí TACTES, kterou Wikipedie uvádí jako ukončenou k 31. říjnu 2014, než se počet letounů vrátil k F-35.

Základna také uskutečnila pátrací a záchranný let. 303. peruť letěla se třemi vrtulníky Agusta-Bell 412SP z Leeuwardenu nad Waddenským mořem a Severním mořem, dokud nebyla 1. ledna 2015 vyřazena z provozu (datum vyřazení pochází ze sekundárního zdroje). Poslední let F-16 322. perutě se uskutečnil 5. července 2021, kdy čtyři letadla odletěla do Volkelu; tento typ opustil nizozemskou službu zcela v září 2024.

Leeuwarden je centrem stíhací taktiky letectva od 50. let 20. století, k čemuž napomáhal prázdný vzdušný prostor nad Severním mořem a bombardovací střelnice Vliehors na Vlielandu. Dnes tuto roli náleží 323. peruti, Centru pro rozvoj vzdušného boje, které ministerstvo obrany nazývá Evropským znalostním centrem pro taktické stíhací operace. Vyvíjí a testuje taktiku F-35, organizuje kurz Frisian Flag a vede kurz instruktorů zbraní.

Společnost Frisian Flag vznikla v roce 1992 jako DIATIT po intervenci NATO v Bosně a svůj současný název přijala v roce 1999. Odborný tisk v roce 2017 napočítal více než 60 bojových letadel z osmi zemí NATO, včetně tankerů v Eindhovenu a letadel NATO AWACS z Geilenkirchenu, a více než 50 letadel ze šesti zemí v roce 2019, kdy jen Národní garda Minnesoty vyslala deset stíhaček F-16, 24 pilotů a 160 podpůrných pracovníků. Mise startují dvakrát denně do nizozemského, německého a dánského vzdušného prostoru.

Kurz instruktorů zbraní trvá šest měsíců. V roce 2021 probíhal od 3. května do 22. října: čtyři týdny teorie, fáze vzduch-vzduch od konce června, praxe vzduch-země v srpnu a fáze zkoušek v říjnu, s belgickými, nizozemskými a norskými piloty. Od roku 2021 se jako instruktoři mohli kvalifikovat také operátoři letounů Patriot, důstojníci rozvědky a manažeři vzdušných bitev. Kurz má svá vlastní rizika: v červenci 2021 belgický letoun F-16, který se ho účastnil, při startu narazil do budovy.

F-35 dorazila do Leeuwardenu ve dvou fázích. 23. května 2016 zde přistály první dva nizozemské letouny F-35A, F-001 a F-002, po přeletu Atlantiku z letecké základny Edwards s podporou tankeru KDC-10, které pilotovali plukovník Bert de Smit a major Pascal Smaal. Zůstaly zde, aby provedly hlukové testy ve vzduchu i na zemi, přeletěly pohoří Severního moře a objevily se na letecké show Open Days.

Trvalé základny začaly 31. října 2019, kdy velitel 323. testovací a hodnotící perutě dopravil první letoun F-35A smontovaný v italském Cameri. Hasičské sbory letiště, které po předchozím výjezdu zapomněly vyměnit nádrže, jej přivítaly pěnou namísto tradiční vodní salvy. 322. peruť prošla přestavbou a 27. prosince 2021 Nizozemsko vyhlásilo počáteční operační schopnost, jako osmá země, která tak učinila, s 24 dodanými letouny F-35A, 55 piloty a 262 údržbáři.

V březnu 2024 předal F-16 stav rychlé reakce F-35 a ministerstvo obrany nyní uvádí jako základny F-35 Leeuwarden, Volkel a leteckou základnu Luke v Arizoně. 322. peruť je v pohotovosti pro protivzdušnou obranu NATO a podílí se na letecké policii na východní hranici Evropy; pohotovost Beneluxu se střídá s Volkelem a od 1. ledna 2017 s Belgií.

306. peruť byla poprvé zformována v roce 1953 jako fotoprůzkumná jednotka, v 90. letech létala nad bývalou Jugoslávií, v roce 2010 byla rozpuštěna a v září 2018 obnovena pro letoun MQ-9A Reaper. Ministerstvo obrany uvádí, že Reaper sídlí v Leeuwardenu od začátku roku 2022. Základní článek Wikipedie uvádí rok 2020 pro první letoun; zde je použito oficiální datum. Systém se skládá z osmi letadel a čtyř pozemních řídicích stanic.

Pilot a operátor senzorů létají každou misi prostřednictvím satelitního spojení se zpožděním půl sekundy až jedné sekundy. Zpracovatelská, vyhodnocovací a šířící buňka letky přeměňuje snímky na zpravodajské informace a podporuje misi Resolute Support v Afghánistánu a Inherent Resolve na Blízkém východě. Od srpna 2024 létají nizozemské letouny Reapers z Rumunska nad východním křídlem NATO; dne 21. září 2026 vláda prodloužila toto nasazení do 31. prosince 2027 s tím, že americký příspěvek končí.

Reapery prozatím létají bez výzbroje. Oficiální zdroje se neshodují v načasování výzbroje: stránka letky uvádí, že MQ-9 budou zbraněmi vybaveny v roce 2026, zatímco stránka o letadlech uvádí, že munice může být plně použita v roce 2028. Obě data jsou oficiální; co popisuje současný plán, není uvedeno. Stránka o letadle uvádí, že Reaper má výdrž až 27 hodin a dolet 15 kilometrů.