Základna RAF Wattisham byla otevřena 5. dubna 1939 jako základna středních bombardérů pro perutě č. 107 a 110 a jejich bombardéry Bristol Blenheim. 4. září 1939, 29 hodin po vyhlášení války, vzlétly bombardéry z Wattishamu k prvnímu útoku RAF ve válce proti německým válečným lodím u Wilhelmshavenu.

Dopadlo to špatně. Historie 107. perutě na Wikipedii uvádí, že z pěti letadel, která vyslala, se vrátil pouze jeden a ten stále nesl bomby, protože nenašel cíl. Jeden Blenheim, N6189, pilotovaný leteckým důstojníkem Herbertem Lightollerem, narazil do křižníku Emden, způsobil drobné škody, ale zabil 11 členů posádky a asi 30 zranil. Seržant George Booth, navigátor 107. perutě sestřelený toho dne, je popisován jako první britský válečný zajatec druhé světové války.

Blenheimské letky zde zůstaly až do roku 1942, než byla stanice v září 1942 zapůjčena vzdušným silám armády Spojených států.

Za Američanů se Wattisham stal údržbářským depem, oficiálně nazývaným Hitcham, které podle Wikipedie bylo do roku 1944 zodpovědné za údržbu všech amerických stíhaček ve Velké Británii. 479. stíhací skupina dorazila kolem 15. května 1944 s letouny P-38 Lightning a později téhož měsíce absolvovala svou první misi.

Skupina přestavěla na letoun P-51 Mustang mezi 10. zářím a 1. říjnem 1944. Za zničení řady letadel na francouzských letištích 18. srpna a 5. září a za leteckou bitvu poblíž Münsteru 26. září 1944 obdržela vyznamenání ‘Distinguished Unit Citation’. Jejím druhým velitelem byl plukovník Hubert „Hub“ Zemke, kterému se připisuje 17,75 vzdušných vítězství, a jedním z jejích pilotů byl major Robin Olds, kterému se připisuje 12 sestřelů německých letadel a 11,5 zničení na zemi.

Skupina odešla kolem 23. listopadu 1945 a RAF se vrátila v roce 1946.

Wattisham strávil studenou válku v první linii britské protivzdušné obrany, kde stíhačky udržoval v pohotovosti rychlé reakce v rotaci s dalšími stanicemi. Perutě č. 257 a 263 zde létaly s Huntery v letech 1954 až 1956. Peruť č. 111 dorazila 18. června 1958 s Huntery z Black Arrows, předním demonstračním týmem RAF do roku 1961, jehož světový rekord v přeletu 22 Hunterů ve formaci byl v roce 1958 ve Farnborough přeletěn. Peruť se přeměnila na English Electric Lightning a zůstala zde do 30. září 1974; peruť č. 29 zde létala s Lightningy v letech 1967 až 1974 a peruť č. 56 v letech 1975 až 1976.

Následoval Phantom. 23. peruť létala na FGR2 od 25. února 1976 do 30. března 1983 a 56. peruť od 9. července 1976 do 31. července 1992. Od 19. října 1984 létala 74. peruť na F-4J(UK), použitých Phantomech amerického námořnictva, které byly pro tuto peruť ve službě RAF jedinečné. Oddíly protiletadlových raket Bloodhound z perutí č. 25 a 85 zde působily v letech 1983 až 1991.

Konec studené války ukončil éru stíhaček. 74. peruť odletěla 1. října 1992 a letecká základna RAF Wattisham byla uzavřena 31. října 1992. Historie stanice na Wikipedii, zdroj těchto dat, vychází z tištěných historií perutí, jako jsou Jefford a Lake.

Armáda převzala stanici v září 1993. Toho léta přiletěl ze Soestu v Německu 3. pluk AAC s perutěmi 653, 662 a 663 a později v 90. letech následoval 4. pluk, dlouhodobě sídlící v Detmoldu. V roce 2005 začaly perutě přecházet z letounů Lynx na Apache AH1, licenčně vyráběné AH-64D, a od roku 2006 létaly Apache v afghánském Helmandu v sestavě 16. letecké útočné brigády; do dubna 2014 tam nalétaly 50 000 hodin.

V roce 2011 se 656. peruť 4. pluku vydala se svými Apači na moře. 4. června vzlétla z HMS Ocean, aby zaútočila na radarovou instalaci a kontrolní stanoviště poblíž Bregy v Libyi, což ministr obrany Liam Fox označil za první operační misi britských armádních Apačů na moři. Dne 15. dubna 2019 opustila 663. peruť 3. pluku Wattisham na tři měsíce v Estonsku, což bylo první nasazení tohoto typu v této oblasti.

AH-64E nahradil od roku 2020 AH1. Do ledna 2022 měl Wattisham 14 nových letadel a mělo dorazit dalších 36; Wikipedie uvádí, že do února 2024 bylo u obou pluků 38 a AH1 byl vyřazen v březnu 2024. Úřad pro obranné vybavení a podporu (Defense Equipment and Support) přijal 50. a poslední letoun 6. března 2025. Stanice také do roku 2015 ubytovala letku B 22. perutě RAF s pátracími a záchrannými službami Sea Kings a v roce 2018 Wikipedie eviduje 852 lidí ve 3. a 4. pluku a 429 v 7. leteckém podpůrném praporu REME.