La base aérea de Wattisham, perteneciente a la RAF, abrió sus puertas el 5 de abril de 1939 como base de bombarderos medianos para los escuadrones 107 y 110 y sus aviones Bristol Blenheim. El 4 de septiembre de 1939, 29 horas después de la declaración de guerra, los bombarderos de Wattisham despegaron para realizar el primer ataque de la RAF en la guerra, contra buques de guerra alemanes en Wilhelmshaven.

La operación fue un desastre. La historia del Escuadrón n.º 107 en Wikipedia indica que de los cinco aviones que envió, solo uno regresó, y que otro aún llevaba sus bombas porque no había encontrado el objetivo. Un Blenheim, el N6189 pilotado por el oficial de vuelo Herbert Lightoller, se estrelló contra el crucero Emden, causando daños leves, pero matando a 11 miembros de su tripulación e hiriendo a unos 30. El sargento George Booth, navegante del Escuadrón n.º 107 derribado ese día, es considerado el primer prisionero de guerra británico de la Segunda Guerra Mundial.

Los escuadrones de Blenheim permanecieron allí hasta 1942, antes de que la base fuera cedida a las Fuerzas Aéreas del Ejército de los Estados Unidos en septiembre de 1942.

Bajo el dominio estadounidense, Wattisham se convirtió en un depósito de mantenimiento, oficialmente llamado Hitcham, que, según Wikipedia, era responsable en 1944 del mantenimiento de todos los cazas estadounidenses en el Reino Unido. El 479.º Grupo de Caza llegó alrededor del 15 de mayo de 1944 con aviones P-38 Lightning y realizó su primera misión a finales de ese mismo mes.

El grupo se equipó con el P-51 Mustang entre el 10 de septiembre y el 1 de octubre de 1944. Recibió una Mención de Unidad Distinguida por destruir numerosos aviones en aeródromos franceses el 18 de agosto y el 5 de septiembre, y por una batalla aérea cerca de Münster el 26 de septiembre de 1944. Su segundo comandante fue el coronel Hubert 'Hub' Zemke, con 17,75 victorias aéreas en su haber, y uno de sus pilotos fue el mayor Robin Olds, con 12 aviones alemanes derribados y 11,5 destruidos en tierra.

El grupo partió alrededor del 23 de noviembre de 1945 y la RAF regresó en 1946.

Wattisham pasó la Guerra Fría en la primera línea de la defensa aérea británica, manteniendo cazas en alerta de reacción rápida en rotación con otras bases. Los escuadrones 257 y 263 volaron Hunters aquí desde 1954 hasta 1956. El escuadrón 111 llegó el 18 de junio de 1958 con los Hunters de los Black Arrows, el principal equipo de exhibición de la RAF hasta 1961, cuyo récord mundial de rizos de 22 Hunters en formación se realizó en Farnborough en 1958. El escuadrón se pasó al English Electric Lightning y permaneció aquí hasta el 30 de septiembre de 1974; el escuadrón 29 voló Lightnings aquí desde 1967 hasta 1974 y el escuadrón 56 desde 1975 hasta 1976.

El Phantom llegó después. El Escuadrón n.º 23 voló el FGR2 desde el 25 de febrero de 1976 hasta el 30 de marzo de 1983, y el Escuadrón n.º 56 desde el 9 de julio de 1976 hasta el 31 de julio de 1992. Desde el 19 de octubre de 1984, el Escuadrón n.º 74 voló el F-4J(UK), Phantoms de segunda mano de la Armada de los EE. UU., exclusivos de ese escuadrón en servicio en la RAF. Destacamentos de misiles tierra-aire Bloodhound de los Escuadrones n.º XXV y 85 estuvieron aquí desde 1983 hasta 1991.

El fin de la Guerra Fría puso fin a la era de los cazas. El Escuadrón n.º 74 se disolvió el 1 de octubre de 1992, y la base aérea de Wattisham cerró sus puertas el 31 de octubre de 1992. La historia de la base que aparece en Wikipedia, fuente de estas fechas, se basa en historias impresas de escuadrones como las de Jefford y Lake.

El Ejército se hizo cargo de la base en septiembre de 1993. El 3.er Regimiento del Cuerpo Aéreo del Ejército (3 Regiment AAC) llegó desde Soest, Alemania, ese verano con los escuadrones 653, 662 y 663, y el 4.º Regimiento, con base desde hacía tiempo en Detmold, llegó más tarde en la década de 1990. En 2005, los escuadrones comenzaron la conversión del Lynx al Apache AH1, un AH-64D fabricado bajo licencia, y desde 2006 los Apache volaron en Helmand, Afganistán, con la 16.ª Brigada de Asalto Aéreo; para abril de 2014 habían acumulado 50.000 horas de vuelo en operaciones allí.

En 2011, el Escuadrón 656 del 4.º Regimiento llevó sus helicópteros Apache al mar. El 4 de junio, despegó del HMS Ocean para atacar una instalación de radar y un puesto de control cerca de Brega, en Libia. El Secretario de Defensa, Liam Fox, calificó esta misión como la primera misión operativa realizada por helicópteros Apache del Ejército Británico en el mar. El 15 de abril de 2019, el Escuadrón 663 del 3.er Regimiento partió de Wattisham para una misión de tres meses en Estonia, siendo este el primer despliegue de este tipo de helicópteros en ese país.

El AH-64E reemplazó al AH1 a partir de 2020. En enero de 2022, Wattisham contaba con 14 de los nuevos helicópteros, con 36 más previstos; Wikipedia indica que 38 estaban en servicio en los dos regimientos en febrero de 2024 y el AH1 fue retirado en marzo de 2024. El Departamento de Equipamiento y Apoyo de Defensa recibió el 50.º y último helicóptero el 6 de marzo de 2025. La base también albergó el Escuadrón B del Escuadrón n.º 22 de la RAF con helicópteros Sea King de búsqueda y rescate hasta 2015, y en 2018 Wikipedia contabiliza 852 personas en los Regimientos 3 y 4 y 429 en el 7.º Batallón de Apoyo de Aviación del REME.