RAF Wattisham werd op 5 april 1939 geopend als basis voor middelzware bommenwerpers voor de squadrons 107 en 110 en hun Bristol Blenheims. Op 4 september 1939, 29 uur na de oorlogsverklaring, stegen bommenwerpers vanaf Wattisham op voor de eerste aanval van de RAF in de oorlog, tegen Duitse oorlogsschepen bij Wilhelmshaven.

Het liep slecht af. Volgens de geschiedenis van Squadron 107 op Wikipedia keerde van de vijf vliegtuigen die het uitzond er slechts één terug, en dat ene vliegtuig droeg nog steeds zijn bommen omdat het het doelwit niet had gevonden. Een Blenheim, N6189 bestuurd door Flying Officer Herbert Lightoller, stortte neer op de kruiser Emden, waardoor deze lichte schade opliep, maar 11 bemanningsleden om het leven kwamen en ongeveer 30 gewond raakten. Sergeant George Booth, een navigator van Squadron 107 die die dag werd neergeschoten, wordt beschreven als de eerste Britse krijgsgevangene van de Tweede Wereldoorlog.

De squadrons van Blenheim bleven tot 1942 op de basis, waarna deze in september 1942 werd uitgeleend aan de luchtmacht van het Amerikaanse leger.

Onder Amerikaans bewind werd Wattisham een onderhoudsdepot, officieel Hitcham geheten, dat volgens Wikipedia in 1944 verantwoordelijk was voor het onderhoud van alle Amerikaanse jachtvliegtuigen in het Verenigd Koninkrijk. De 479th Fighter Group arriveerde rond 15 mei 1944 met P-38 Lightnings en vloog later die maand haar eerste missie.

De eenheid schakelde tussen 10 september en 1 oktober 1944 over op de P-51 Mustang. Ze ontving een onderscheiding voor uitstekende prestaties bij het vernietigen van talloze vliegtuigen op Franse vliegvelden op 18 augustus en 5 september, en voor een luchtgevecht nabij Münster op 26 september 1944. De tweede commandant was kolonel Hubert 'Hub' Zemke, die 17,75 luchtoverwinningen op zijn naam schreef, en een van de piloten was majoor Robin Olds, die 12 Duitse vliegtuigen neerhaalde en 11,5 op de grond vernietigde.

De groep vertrok rond 23 november 1945 en de RAF keerde in 1946 terug.

Wattisham bevond zich tijdens de Koude Oorlog aan het front van de Britse luchtverdediging en hield gevechtsvliegtuigen paraat in een roulerend schema met andere bases. De squadrons 257 en 263 vlogen hier van 1954 tot 1956 met Hunters. Squadron 111 arriveerde op 18 juni 1958 met de Hunters van de Black Arrows, het meest vooraanstaande demonstratieteam van de RAF tot 1961, dat in 1958 in Farnborough een wereldrecord vestigde met een looping van 22 Hunters in formatie. Het squadron stapte over op de English Electric Lightning en bleef hier tot 30 september 1974; Squadron 29 vloog hier van 1967 tot 1974 met Lightnings en Squadron 56 van 1975 tot 1976.

De Phantom volgde. Squadron 23 vloog met de FGR2 van 25 februari 1976 tot 30 maart 1983 en Squadron 56 van 9 juli 1976 tot 31 juli 1992. Vanaf 19 oktober 1984 vloog Squadron 74 met de F-4J(UK), tweedehands Phantoms van de Amerikaanse marine, die uniek waren voor dat squadron in RAF-dienst. Detachementen met Bloodhound-luchtdoelraketten van Squadron XXV en 85 waren hier gestationeerd van 1983 tot 1991.

Het einde van de Koude Oorlog betekende het einde van het jachtvliegtuigtijdperk. Squadron 74 vertrok op 1 oktober 1992 en RAF Wattisham sloot op 31 oktober 1992. De stationsgeschiedenis op Wikipedia, de bron voor deze data, is gebaseerd op gedrukte squadrongeschiedenissen zoals die van Jefford en Lake.

Het leger nam het station in september 1993 over. Het 3e Regiment AAC kwam die zomer vanuit Soest in Duitsland met de squadrons 653, 662 en 663, en het 4e Regiment, dat lange tijd in Detmold gestationeerd was, volgde later in de jaren negentig. In 2005 begonnen de squadrons met de omschakeling van de Lynx naar de Apache AH1, een in licentie gebouwde AH-64D, en vanaf 2006 vlogen Apaches in Helmand, Afghanistan, met de 16e Luchtlandingsbrigade; tegen april 2014 hadden ze daar 50.000 vlieguren gemaakt tijdens operaties.

In 2011 nam 656 Squadron van 4 Regiment zijn Apache-helikopters mee naar zee. Op 4 juni vloog het squadron vanaf HMS Ocean om een radarinstallatie en een controlepost nabij Brega in Libië aan te vallen. Minister van Defensie Liam Fox noemde dit de eerste operationele missie die door Britse Apache-helikopters op zee werd uitgevoerd. Op 15 april 2019 vertrok 663 Squadron van 3 Regiment vanuit Wattisham voor een missie van drie maanden naar Estland, de eerste uitzending van dit type helikopter daar.

De AH-64E verving de AH1 vanaf 2020. In januari 2022 beschikte Wattisham over 14 van de nieuwe toestellen, met nog eens 36 in aantocht; Wikipedia meldt dat er in februari 2024 38 toestellen bij de twee regimenten waren en dat de AH1 in maart 2024 werd uitgefaseerd. Defence Equipment and Support nam het 50e en laatste toestel in ontvangst op 6 maart 2025. De basis huisvestte tot 2015 ook B Flight van No. 22 Squadron RAF met zoek- en reddingshelikopters van het type Sea King, en in 2018 telde Wikipedia 852 mensen in 3 en 4 Regimenten en 429 in 7 Aviation Support Battalion REME.