RAF Wattisham, 5 Nisan 1939'da 107 ve 110 numaralı filolar ve onların Bristol Blenheim uçakları için orta menzilli bombardıman uçağı üssü olarak açıldı. 4 Eylül 1939'da, savaş ilanından 29 saat sonra, Wattisham'dan kalkan bombardıman uçakları, RAF'ın savaşın ilk saldırısını Wilhelmshaven'deki Alman savaş gemilerine karşı gerçekleştirdi.

İşler kötü gitti. Wikipedia'nın 107. Filo'nun tarihçesine göre, gönderdiği beş uçaktan sadece biri geri döndü ve o da hedefi bulamadığı için bombalarını hâlâ taşıyordu. Uçuş Subayı Herbert Lightoller tarafından kullanılan N6189 numaralı Blenheim uçağı, Emden kruvazörüne çarparak hafif hasara yol açtı ancak mürettebatından 11 kişiyi öldürdü ve yaklaşık 30 kişiyi yaraladı. O gün düşürülen 107. Filo navigatörü Çavuş George Booth, İkinci Dünya Savaşı'nın ilk İngiliz savaş esiri olarak tanımlanıyor.

Blenheim filoları 1942 yılına kadar burada kaldı, ardından üs Eylül 1942'de Amerika Birleşik Devletleri Ordusu Hava Kuvvetlerine ödünç verildi.

Amerikalıların yönetimi altında Wattisham, resmi adı Hitcham olan bir bakım deposu haline geldi ve Wikipedia'ya göre 1944 yılına kadar İngiltere'deki tüm Amerikan savaş uçaklarının bakımından sorumluydu. 479. Savaş Uçağı Grubu, 15 Mayıs 1944 civarında P-38 Lightning uçaklarıyla geldi ve ilk görevini o ayın sonlarında gerçekleştirdi.

Grup, 10 Eylül ile 1 Ekim 1944 tarihleri arasında P-51 Mustang uçaklarına geçiş yaptı. 18 Ağustos ve 5 Eylül tarihlerinde Fransız havaalanlarında çok sayıda uçağı imha etmesi ve 26 Eylül 1944'te Münster yakınlarında gerçekleşen bir hava muharebesi nedeniyle Üstün Birlik Nişanı aldı. İkinci komutanı, 17,75 hava zaferiyle anılan Albay Hubert 'Hub' Zemke idi ve pilotlarından biri olan Binbaşı Robin Olds, 12 Alman uçağını düşürmüş ve 11,5'ini yerde imha etmiştir.

Grup 23 Kasım 1945 civarında ayrıldı ve RAF 1946'da geri döndü.

Wattisham, Soğuk Savaş boyunca Britanya'nın hava savunmasının ön saflarında yer aldı ve diğer üslerle dönüşümlü olarak hızlı tepki alarmında savaş uçakları bulundurdu. 257 ve 263 numaralı filolar 1954'ten 1956'ya kadar burada Hunter uçaklarıyla uçtu. 111 numaralı filo, 18 Haziran 1958'de, 1961 yılına kadar RAF'ın en önemli gösteri ekibi olan Black Arrows'un Hunter uçaklarıyla geldi; bu ekibin 22 Hunter uçağının birlikte yaptığı dünya rekoru kıran uçuşu 1958'de Farnborough'da gerçekleştirilmişti. Filo, English Electric Lightning uçaklarına geçti ve 30 Eylül 1974'e kadar burada kaldı; 29 numaralı filo 1967'den 1974'e kadar ve 56 numaralı filo 1975'ten 1976'ya kadar Lightning uçaklarıyla burada uçtu.

Phantom da bunu takip etti. 23. Filo, 25 Şubat 1976'dan 30 Mart 1983'e kadar FGR2'yi, 56. Filo ise 9 Temmuz 1976'dan 31 Temmuz 1992'ye kadar bu uçakları kullandı. 19 Ekim 1984'ten itibaren 74. Filo, RAF hizmetinde sadece bu filoya özgü olan, ikinci el ABD Donanması Phantom'ları olan F-4J(UK)'yi kullandı. XXV ve 85. Filoların Bloodhound karadan havaya füze birlikleri 1983'ten 1991'e kadar burada görev yaptı.

Soğuk Savaş'ın sona ermesiyle savaş uçağı çağı da sona erdi. 74. Filo 1 Ekim 1992'de ayrıldı ve RAF Wattisham 31 Ekim 1992'de kapatıldı. Bu tarihler için kaynak olarak kullanılan Wikipedia'nın üs tarihi, Jefford ve Lake gibi basılı filo tarihçelerine dayanmaktadır.

Ordu, istasyonu Eylül 1993'te devraldı. 3. Hava Saldırı Alayı, o yaz Almanya'nın Soest kentinden 653, 662 ve 663 Filolarıyla geldi ve uzun süredir Detmold'da konuşlanmış olan 4. Alay da 1990'ların sonlarında katıldı. 2005 yılında filolar, Lynx'lerden lisanslı olarak üretilen AH-64D olan Apache AH1'e geçişe başladı ve 2006'dan itibaren Apache'ler, 16. Hava Saldırı Tugayı ile birlikte Afganistan'ın Helmand bölgesinde uçtu; Nisan 2014'e kadar orada operasyonlarda 50.000 saat uçuş gerçekleştirdiler.

2011 yılında 4. Alay'ın 656. Filosu Apache helikopterlerini denize çıkardı. 4 Haziran'da HMS Ocean'dan kalkarak Libya'daki Brega yakınlarında bir radar tesisini ve kontrol noktasını vurdu; Savunma Bakanı Liam Fox bunu İngiliz Ordusu Apache helikopterlerinin denizde gerçekleştirdiği ilk operasyonel görev olarak nitelendirdi. 15 Nisan 2019'da 3. Alay'ın 663. Filosu, Wattisham'dan üç aylığına Estonya'ya gitti; bu, helikopter tipinin oradaki ilk konuşlandırılmasıydı.

AH-64E, 2020'den itibaren AH1'in yerini aldı. Ocak 2022 itibarıyla Wattisham'da yeni uçaklardan 14 tanesi bulunuyordu ve 36 tanesinin daha gelmesi bekleniyordu; Wikipedia'ya göre Şubat 2024 itibarıyla iki alayda 38 uçak vardı ve AH1'ler Mart 2024'te hizmetten çıkarıldı. Savunma Teçhizat ve Destek Birimi, 50. ve son uçağı 6 Mart 2025'te teslim aldı. İstasyon ayrıca, 2015 yılına kadar arama kurtarma Sea King'leriyle birlikte RAF 22. Filosunun B Bölüğüne de ev sahipliği yaptı ve Wikipedia'ya göre 2018'de 3 ve 4. Alaylarda 852, 7. Havacılık Destek Taburu REME'de ise 429 kişi bulunuyordu.