A RAF Wattisham foi inaugurada em 5 de abril de 1939 como uma base para bombardeiros médios dos Esquadrões nº 107 e 110 e seus Bristol Blenheims. Em 4 de setembro de 1939, 29 horas após a declaração de guerra, os bombardeiros de Wattisham decolaram para o primeiro ataque da RAF na guerra, contra navios de guerra alemães em Wilhelmshaven.

A missão foi desastrosa. O histórico do Esquadrão nº 107 na Wikipédia relata que, das cinco aeronaves enviadas, apenas uma retornou, e essa ainda carregava suas bombas por não ter encontrado o alvo. Um Blenheim, N6189, pilotado pelo Oficial Aviador Herbert Lightoller, colidiu com o cruzador Emden, causando danos leves, mas matando 11 tripulantes e ferindo cerca de 30. O Sargento George Booth, navegador do Esquadrão nº 107 abatido naquele dia, é descrito como o primeiro prisioneiro de guerra britânico da Segunda Guerra Mundial.

Os esquadrões de Blenheim permaneceram até 1942, antes que a base fosse cedida às Forças Aéreas do Exército dos Estados Unidos em setembro de 1942.

Sob o comando americano, Wattisham tornou-se um depósito de manutenção, oficialmente chamado Hitcham, que, segundo a Wikipédia, era responsável em 1944 pela manutenção de todos os caças americanos no Reino Unido. O 479º Grupo de Caça chegou por volta de 15 de maio de 1944 com P-38 Lightnings e realizou sua primeira missão ainda naquele mês.

O grupo fez a conversão para o P-51 Mustang entre 10 de setembro e 1 de outubro de 1944. Recebeu uma Distinção de Unidade por destruir inúmeras aeronaves em aeródromos franceses em 18 de agosto e 5 de setembro e por uma batalha aérea perto de Münster em 26 de setembro de 1944. Seu segundo comandante foi o Coronel Hubert 'Hub' Zemke, creditado com 17,75 vitórias aéreas, e um de seus pilotos foi o Major Robin Olds, creditado com 12 aeronaves alemãs abatidas e 11,5 destruídas no solo.

O grupo partiu por volta de 23 de novembro de 1945 e a RAF retornou em 1946.

Durante a Guerra Fria, Wattisham esteve na linha de frente da defesa aérea britânica, mantendo caças em alerta de reação rápida em rotação com outras bases. Os Esquadrões nº 257 e 263 operaram caças Hunter aqui de 1954 a 1956. O Esquadrão nº 111 chegou em 18 de junho de 1958 com os Hunters dos Black Arrows, a principal equipe de demonstração aérea da RAF até 1961, cujo recorde mundial de looping com 22 Hunters em formação foi alcançado em Farnborough em 1958. O esquadrão converteu-se para o English Electric Lightning e permaneceu até 30 de setembro de 1974; o Esquadrão nº 29 operou caças Lightning aqui de 1967 a 1974 e o Esquadrão nº 56 de 1975 a 1976.

O Phantom veio em seguida. O Esquadrão nº 23 operou o FGR2 de 25 de fevereiro de 1976 a 30 de março de 1983 e o Esquadrão nº 56 de 9 de julho de 1976 a 31 de julho de 1992. A partir de 19 de outubro de 1984, o Esquadrão nº 74 operou o F-4J(UK), Phantoms de segunda mão da Marinha dos EUA, exclusivos desse esquadrão em serviço na RAF. Destacamentos de mísseis terra-ar Bloodhound dos Esquadrões nº 25 e nº 85 estiveram aqui de 1983 a 1991.

O fim da Guerra Fria marcou o fim da era dos caças. O Esquadrão nº 74 deixou a base em 1º de outubro de 1992, e a RAF Wattisham foi desativada em 31 de outubro de 1992. O histórico da base na Wikipédia, fonte dessas datas, baseia-se em relatos impressos dos esquadrões, como os de Jefford e Lake.

O Exército assumiu o controle da base em setembro de 1993. O 3º Regimento da Força Aérea do Exército (3 Regiment AAC) veio de Soest, na Alemanha, naquele verão, com os Esquadrões 653, 662 e 663, e o 4º Regimento, há muito baseado em Detmold, seguiu o mesmo caminho mais tarde, na década de 1990. Em 2005, os esquadrões começaram a transição do Lynx para o Apache AH1, um AH-64D fabricado sob licença, e a partir de 2006 os Apaches voaram em Helmand, no Afeganistão, com a 16ª Brigada de Assalto Aéreo; em abril de 2014, eles já haviam acumulado 50.000 horas de voo em operações naquele país.

Em 2011, o Esquadrão 656 do 4º Regimento levou seus Apaches para o mar. No dia 4 de junho, decolou do HMS Ocean para atacar uma instalação de radar e um posto de controle perto de Brega, na Líbia. O Secretário de Defesa, Liam Fox, classificou essa missão como a primeira missão operacional realizada por Apaches do Exército Britânico no mar. Em 15 de abril de 2019, o Esquadrão 663 do 3º Regimento partiu de Wattisham para uma missão de três meses na Estônia, o primeiro destacamento desse modelo naquele país.

O AH-64E substituiu o AH1 a partir de 2020. Em janeiro de 2022, Wattisham possuía 14 dessas novas aeronaves, com mais 36 previstas; a Wikipédia informa que 38 estavam em serviço nos dois regimentos até fevereiro de 2024 e o AH1 foi aposentado em março de 2024. O Departamento de Equipamentos e Suporte de Defesa recebeu a 50ª e última aeronave em 6 de março de 2025. A base também abrigou o Esquadrão B do 22º Esquadrão da RAF, com aeronaves Sea King de busca e salvamento, até 2015, e em 2018 a Wikipédia contabiliza 852 pessoas nos 3º e 4º Regimentos e 429 no 7º Batalhão de Apoio à Aviação da REME (Royal Electrical and Mechanical Engineers).