Zemunik se encuentra tierra adentro desde Zadar, y la aviación en esta zona es anterior a la propia base aérea. La Wikipedia en inglés registra que Zadar, entonces la provincia italiana de Zara, contaba con vuelos regulares desde Ala Littoria ya en 1936. Sin embargo, el aeródromo militar que hoy alberga la base pertenece a la época yugoslava, cuando la fuerza aérea del Ejército Popular Yugoslavo convirtió a Zemunik en la escuela de vuelo de su Academia de Aviación Militar.

La unidad residente era el 105.º Regimiento. Según la Wikipedia en inglés, se formó el 20 de diciembre de 1946 en Kovin como regimiento de entrenamiento, pasó por Mostar, Nikšić y Titograd, y fue reubicado en Zemunik el 2 de febrero de 1961. En 1969 pasó a llamarse 105.º Regimiento de Aviación de Caza-Bombarderos, pero mantuvo su función de escuela. Sus escuadrones eran el 249.º con aviones G-4 Super Galeb, el 251.º con G-2 Galeb y el 333.º con aviones de entrenamiento de pistón Utva 75.

La trayectoria de un cadete yugoslavo incluía los aviones Utva 75, Galeb, Super Galeb (en aquel entonces un modelo operativo), y para la mayoría comenzó en Zemunik. La academia también realizaba allí vuelos de entrenamiento con aviones Zlin 526. Al estallar la guerra en 1991, el regimiento recibió órdenes de retirarse a Udbina, en la Krajina controlada por los serbios, y fue disuelto en Golubovci, Montenegro, a principios de abril de 1992. La fecha exacta de su partida de Zemunik no se especifica en las fuentes consultadas, que son resúmenes de Wikipedia de referencias en serbio.

La historia de la Fuerza Aérea Croata en Zemunik comienza en la guerra. La 93.ª Base Aérea data de su fundación en 1992: celebró su 22.º aniversario en marzo de 2014 y la 93.ª Ala su 34.º el 20 de marzo de 2026. El cuartel lleva el nombre del coronel Mirko Vukušić, cofundador y subcomandante del Pelotón Aéreo Independiente de Osijek, quien murió el 2 de diciembre de 1991 cuando su An-2 fue derribado sobre Otok, cerca de Vinkovci.

Durante más de un año, el aeródromo se encontraba al borde de los combates en torno a Zadar, con las fuerzas de la autoproclamada República Serbia de Krajina muy cerca. La Operación Maslenica, lanzada el 22 de enero de 1993 y finalizada el 1 de febrero, las hizo retroceder de los accesos a Zadar; la Wikipedia en inglés, citando la revista del ministerio Hrvatski vojnik, registra que el ejército croata tomó el aeropuerto de Zemunik. Las bajas en la operación son objeto de controversia: fuentes croatas hablan de 114 croatas muertos, mientras que las bajas serbias se cifran en 490 soldados según fuentes croatas y 348 soldados y civiles según la ONG serbia Veritas.

Los avances fueron disputados de inmediato. Entre el 18 y el 23 de marzo de 1993, diez defensores croatas murieron en Škabrnja, cerca del aeródromo, defendiendo las líneas alcanzadas en Maslenica. Seis de ellos pertenecían al 93.º Batallón; el Ministerio de Defensa afirma que su paradero se desconocía durante mucho tiempo antes de que sus cuerpos fueran intercambiados y enterrados en Sukošan. El batallón aún los honra cada marzo, coincidiendo con su aniversario.

El entrenamiento de pilotos está a cargo del Centro de Entrenamiento de la Fuerza Aérea Croata “Rudolf Perešin”, que lleva el nombre del piloto que voló un MiG-21 desde la Fuerza Aérea Yugoslava en 1991 y falleció en 1995. El centro celebró su 27.º aniversario en diciembre de 2019, fecha de su fundación en 1992. Los vuelos son realizados por el 392.º Escuadrón Aéreo del 93.º Ala, que, según el ministerio, fue fundado el 6 de noviembre de 1991.

Los candidatos realizan su primera prueba de vuelo en el Zlin 242L, en servicio en la fuerza aérea desde 2007. En el verano de 2026, había 24 de ellos, la mayor cantidad en 26 años; 19 acababan de terminar la secundaria y cinco provenían de trabajos civiles. Quienes aprueban pasan al Pilatus PC-9M, en el que, según declaró el comandante del escuadrón en 2019, todas las generaciones de pilotos de aeronaves militares croatas han completado su formación.

El PC-9M llegó en 1996. La Wikipedia en inglés contabiliza tres aeronaves de segunda mano ese año y 17 nuevas en 1997, de las cuales seis se vendieron posteriormente; el ministerio registró 17 en servicio en 2019, por lo que la flota actual oscila entre 14 y 17, según la fuente y la fecha. El 11 de julio de 2019, la flota superó las 60 000 horas de vuelo sin incidentes graves. El escuadrón también ha formado a 38 pilotos de Omán y realiza vuelos de apoyo a la Guardia Costera.

El nombre del equipo de exhibición, Alas de Tormenta, evoca la Operación Tormenta de agosto de 1995, y su debut fue elegido en consonancia con este hecho: el equipo fue presentado al público croata en Knin el 5 de agosto de 2005, en el décimo aniversario de la operación. Ha volado cinco aeronaves desde finales de 2005 y seis desde el 25 de marzo de 2009, todas ellas PC-9M de la flota propia de la escuela, pilotadas por instructores del Escuadrón 392.

En abril de 2025, con motivo de su vigésimo aniversario, el equipo había realizado 261 exhibiciones oficiales, 68 de ellas en el extranjero, en 15 países. Su programa completo constaba entonces de 19 figuras en 21 minutos. El aniversario se celebró en Zemunik el 5 de abril de 2025 con la presencia del ministro de Defensa, Ivan Anušić, quien calificó al equipo como la parte más reconocible de la fuerza aérea; el líder era el mayor Darko Belančić.

El equipo es también la mejor herramienta de reclutamiento de la fuerza aérea, y la base la utiliza con ese fin. La jornada de puertas abiertas de Zemunik en 2014, que atrajo a unas 3000 personas, concluyó con la presencia de Krila Oluje. La hora de vuelo número 60 000 del PC-9M, en julio de 2019, fue pilotada por el comandante del escuadrón con un cadete en el otro asiento, en un avión pintado para conmemorar las 50 000 horas de vuelo alcanzadas en 2014.

Las fuerzas armadas comenzaron a combatir incendios desde el aire en 1993, transportando bomberos en helicópteros Mi-8MTV-1 y lanzando agua con dos Mi-8 alquilados a Rusia. En 1994, dos Canadair CL-215 arrendados volaron con tripulaciones mixtas croatas y canadienses; dos CL-215 usados fueron comprados a Italia en 1995. El 855.º Escuadrón de Lucha contra Incendios celebró su 32.º aniversario en Zemunik el 10 de abril de 2026, fecha que lo sitúa en 1994.

El primer CL-415 se compró en 1996, el segundo en 1999, el tercero en 2000 y el cuarto en 2002, cuando los dos CL-215 se devolvieron al fabricante como parte de pago. El quinto y el sexto llegaron en 2009 y 2010. Los Air Tractor llegaron en 2000 (dos AT-802A/F), 2007 (dos AT-802A Fire Boss) y 2008 (tres más), además de un AT-902 de dos plazas en 2014. El ministerio contabilizó seis CL-415 y seis Air Tractor en agosto de 2025; las fuentes consultadas no explican cómo la flota de Air Tractor se redujo de ocho a seis.

El escuadrón realizó su primer vuelo internacional en 2007 y, a través del mecanismo de protección civil de la UE, rescEU, había acumulado unas 800 horas de vuelo en diez países para 2025, entre ellos Bosnia y Herzegovina, Montenegro y Albania. Dos CL-415 combatieron incendios en Francia en julio y agosto de 2026. En su país, las aeronaves son coordinadas por el Mando Operacional de Lucha contra Incendios en Divulje; el comandante del ala recalcó en 2025 que el escuadrón nunca se despliega por iniciativa propia.

El 393.er Escuadrón de Helicópteros, que celebró su 30.º aniversario en Zemunik el 6 de marzo de 2026 y, por lo tanto, data de 1996, opera el Bell OH-58D Kiowa Warrior. Dieciséis de estos helicópteros procedían de las reservas del Ejército de los Estados Unidos; los vuelos de prueba comenzaron en Zemunik el 11 de abril de 2017 bajo el mando del teniente coronel Krešimir Ražov, comandante del escuadrón, quien para 2026 estaría al mando de toda la fuerza aérea. Los Kiowa disparan cohetes y ametralladoras en el campo de tiro de Slunj.

El 11 de diciembre de 2019, Zemunik se convirtió en la sede del Centro Multinacional de Entrenamiento de Aviación Especial, que capacita a tripulaciones de helicópteros polivalentes para operaciones especiales según los estándares de la OTAN. Sus países fundadores fueron Croacia, Bulgaria, Eslovenia y Hungría, y en su demostración inaugural participaron dos helicópteros Mi-171Sh y dos OH-58D de las fuerzas especiales croatas. El ministro Damir Krstičević lo calificó como el primer organismo internacional de la OTAN con potencial para convertirse en un Centro de Excelencia.

Las fuerzas aliadas utilizan la base para realizar ejercicios. En mayo de 2021, el 10.º Comando de Defensa Aérea y Antimisiles del Ejército de EE. UU. trasladó una batería Patriot a los barracones para el ejercicio Astral Knight 21, la primera vez que el sistema se desplegaba en Croacia; protegió los puertos y las fuerzas de la Operación Respuesta Inmediata 21. Un helicóptero estadounidense MC-130 fue exhibido en la jornada de puertas abiertas de la base en 2014. Las pistas de aterrizaje se comparten con el aeropuerto civil de Zadar, cuya calle de rodaje cruzaba una vía pública hasta el 7 de abril de 2010.