Kanombe es el aeródromo más antiguo de Ruanda del que se tiene constancia pública. El historiador Bernardin Muzungu, citado por Wikipedia, sitúa el primer aterrizaje allí en 1934, cuando Ruanda era territorio administrado por Bélgica. Tras la independencia en 1962, el aeropuerto adoptó el nombre del primer presidente, Grégoire Kayibanda, y lo conservó hasta después del genocidio, cuando pasó a llamarse Aeropuerto Internacional de Kigali.

La pequeña fuerza aérea que Ruanda creó tras su independencia con ayuda belga, con tres aviones de entrenamiento a reacción Magister de fabricación francesa y un Islander como su primer avión según Wikipedia, no disponía de ningún otro aeródromo de tamaño considerable, y el campamento militar de Kanombe se encuentra en las inmediaciones del aeropuerto. No se dispone de información oficial sobre qué aviones estuvieron basados allí en las décadas de 1960, 1970 y 1980, ni en qué cantidad; la Fuerza Aérea Ruandesa no ha publicado ninguna historia propia al respecto.

El tráfico aéreo civil ha crecido rápidamente desde la guerra. Wikipedia, citando cifras oficiales y de prensa, registra 145.189 pasajeros en 2008 y alrededor de 1,2 millones en 2019. Debido a que el emplazamiento está rodeado por la ciudad, Ruanda está construyendo un aeropuerto alternativo en Bugesera, al sur de Kigali; en diciembre de 2019, Qatar Airways acordó adquirir una participación del 60% en el proyecto, con una inversión prevista de 1.040.818 millones de dólares estadounidenses.

Cuando el Frente Patriótico Ruandés cruzó desde Uganda a principios de octubre de 1990, Francia lanzó la Operación Noroît. Según el artículo de la Wikipedia en francés, que cita a la misión de información del Parlamento francés sobre Ruanda, su tarea era proteger a los europeos y las instalaciones francesas, así como controlar el aeródromo para facilitar la evacuación de franceses y otros extranjeros. Inicialmente se desplegaron unos 300 soldados; en diciembre, el comandante consideró que una compañía era suficiente, pero la presencia francesa se mantuvo hasta diciembre de 1993.

La fuerza aérea ruandesa sufrió pérdidas de aeronaves desde la primera semana. La Red de Seguridad Aérea (ASN) registra la pérdida de un Britten-Norman Islander de la Fuerza Aérea Ruandesa, con matrícula 9XR-GV, cerca del aeropuerto de Kigali el 8 de octubre de 1990; no se especifica la causa ni el número de fallecidos, y no se encontró ninguna otra fuente que confirmara la pérdida. Según Wikipedia, para 1994, la mayoría de las aeronaves de la fuerza aérea habían sido derribadas, destruidas en tierra o se habían perdido en accidentes.

Poco antes de las 20:20 hora local del 6 de abril de 1994, el avión presidencial Dassault Falcon 50, matrícula 9XR-NN, se encontraba en aproximación final a Kigali bajo cielos despejados cuando fue alcanzado por misiles y se estrelló en los jardines de la residencia presidencial. Las 12 personas a bordo fallecieron, entre ellas los presidentes Habyarimana y Ntaryamira y la tripulación francesa compuesta por Jacky Héraud, Jean-Pierre Minaberry y Jean-Michel Perrine. Un avión belga C-130 que transportaba tropas de la UNAMIR había sido desviado para dar prioridad al avión y desviado a Nairobi; las fuerzas de paz belgas presentes en el aeropuerto fueron rodeadas y desarmadas por la Guardia Presidencial, y las tropas de la ONU se mantuvieron alejadas del lugar del accidente, según el relato de Wikipedia.

La responsabilidad nunca se ha determinado en los tribunales. En 2006, el juez francés Jean-Louis Bruguière concluyó que la cúpula del FPR era responsable y emitió órdenes de arresto contra nueve colaboradores de Paul Kagame; las acusaciones fueron objeto de fuertes controversias. El informe Mutsinzi de Ruanda de 2010, basado en la opinión de expertos británicos en balística, y un informe balístico francés publicado en enero de 2012, identificaron la zona del campamento de Kanombe, que entonces albergaba a la Guardia Presidencial, los paracaidistas y el batallón antiaéreo del ejército, como el probable punto de disparo. Un informe del Senado belga de 1997 consideró que la información era insuficiente para llegar a una conclusión.

El 8 de abril, Francia inició la Operación Amarilis. Unos 500 soldados franceses al mando del general Henri Poncet custodiaron el aeropuerto mientras se trasladaba a los extranjeros desde la ciudad. El primer vuelo partió el 9 de abril, y para el 14 de abril, Francia había evacuado a unas 1400 personas y Bélgica a unas 1200, según el artículo de la Wikipedia en francés, que cita a la misión parlamentaria francesa, la cual también registró críticas por considerar que las evacuaciones fueron selectivas. Las Naciones Unidas estiman que más de un millón de personas fueron asesinadas en el genocidio en aproximadamente 100 días.