Kanombe é o aeroporto mais antigo de Ruanda de que se tem registro público. O historiador Bernardin Muzungu, citado pela Wikipédia, data o primeiro pouso de uma aeronave ali em 1934, quando Ruanda era um território administrado pela Bélgica. Após a independência, em 1962, o aeroporto recebeu o nome do primeiro presidente, Grégoire Kayibanda, e manteve esse nome até depois do genocídio, quando passou a se chamar Aeroporto Internacional de Kigali.

A pequena força aérea que Ruanda construiu após a independência com ajuda belga, tendo como primeiras aeronaves três jatos de treinamento Magister, ex-franceses, e um Islander, segundo a Wikipédia, não possuía outro aeródromo de tamanho adequado, e o campo militar de Kanombe fica nos arredores do aeroporto. Não há registros oficiais que documentem exatamente quais aeronaves estavam baseadas ali nas décadas de 1960, 1970 e 1980, nem em que quantidade; a Força Aérea Ruandesa não publicou nenhum histórico próprio.

O tráfego aéreo civil cresceu rapidamente desde a guerra. A Wikipédia, citando dados oficiais e da imprensa, indica 145.189 passageiros em 2008 e cerca de 1,2 milhão em 2019. Como o local é cercado pela cidade, Ruanda está construindo um aeroporto substituto em Bugesera, ao sul de Kigali; em dezembro de 2019, a Qatar Airways concordou em adquirir uma participação de 60% no projeto, com um investimento planejado de US$ 1.481,8 milhões.

Quando a Frente Patriótica Ruandesa cruzou a fronteira de Uganda no início de outubro de 1990, a França lançou a Operação Noroît. De acordo com o artigo da Wikipédia francesa, citando a missão de informação parlamentar francesa sobre Ruanda, sua tarefa era proteger europeus e instalações francesas, além de controlar o aeródromo para que franceses e outros estrangeiros pudessem ser evacuados. Cerca de 300 soldados foram inicialmente mobilizados; em dezembro, o comandante considerou que uma companhia era suficiente, mas a presença francesa perdurou até dezembro de 1993.

A Força Aérea Ruandesa perdeu aeronaves logo na primeira semana. A Rede de Segurança da Aviação (Aviation Safety Network) lista um Britten-Norman Islander da Força Aérea Ruandesa, matrícula 9XR-GV, perdido perto do Aeroporto de Kigali em 8 de outubro de 1990; não informa a causa da perda nem o número de mortos, e nenhuma outra fonte sobre o ocorrido foi encontrada. Em 1994, segundo a Wikipédia, a maioria das aeronaves da Força Aérea havia sido abatida, destruída no solo ou perdida em acidentes.

Pouco antes das 20h20, horário local, em 6 de abril de 1994, o Dassault Falcon 50 presidencial, matrícula 9XR-NN, estava em aproximação final para Kigali, em céu claro, quando foi atingido por mísseis e caiu nos jardins da residência presidencial. Todos os 12 ocupantes morreram, entre eles os presidentes Habyarimana e Ntaryamira e os tripulantes franceses Jacky Héraud, Jean-Pierre Minaberry e Jean-Michel Perrine. Um C-130 belga que transportava tropas da UNAMIR foi impedido de voar para dar prioridade ao jato e foi desviado para Nairóbi; os soldados de paz belgas no aeroporto foram cercados e desarmados pela Guarda Presidencial, e as tropas da ONU foram mantidas afastadas do local do acidente, de acordo com o relato da Wikipédia.

A responsabilidade nunca foi definida em tribunal. Um juiz francês, Jean-Louis Bruguière, concluiu em 2006 que a liderança da FPR era responsável e emitiu mandados de prisão para nove assessores de Paul Kagame; as acusações foram fortemente contestadas. O relatório Mutsinzi de Ruanda, de 2010, baseado em especialistas britânicos em balística, e um relatório balístico francês divulgado em janeiro de 2012 identificaram a área do campo de Kanombe, que na época abrigava a Guarda Presidencial, os paraquedistas e o batalhão antiaéreo do exército, como o provável ponto de origem dos disparos. Um relatório do Senado belga de 1997 considerou as informações insuficientes para chegar a uma conclusão.

Em 8 de abril, a França iniciou a Operação Amaryllis. Cerca de 500 soldados franceses sob o comando do General Henri Poncet ocuparam o aeroporto enquanto estrangeiros eram trazidos da cidade; o primeiro voo partiu em 9 de abril e, até 14 de abril, a França havia evacuado cerca de 1.400 pessoas e a Bélgica cerca de 1.200, segundo o artigo da Wikipédia francesa, que cita a missão parlamentar francesa, a qual também registrou críticas de que as evacuações foram seletivas. As Nações Unidas estimam que mais de um milhão de pessoas foram mortas no genocídio em cerca de 100 dias.