Каномбе — старейший зарегистрированный аэродром в Руанде. Историк Бернардин Музунгу, на которого ссылается Википедия, датирует первую посадку самолета там 1934 годом, когда Руанда находилась под бельгийской юрисдикцией. После обретения независимости в 1962 году аэропорт получил название в честь первого президента Грегуара Кайибанды и сохранял это название до окончания геноцида, после чего стал называться Международным аэропортом Кигали.

Небольшие военно-воздушные силы Руанды, созданные после обретения независимости при помощи Бельгии, имевшие в своем распоряжении три бывших французских учебно-тренировочных реактивных самолета Magister и один Islander в качестве первого самолета (согласно Википедии), не имели других подходящих аэродромов, и военный лагерь Каномбе расположен на окраине аэропорта. Точные сведения о том, какие именно самолеты базировались здесь в 1960-х, 1970-х и 1980-х годах и в каком количестве, в официальных источниках отсутствуют; ВВС Руанды не опубликовали собственной истории.

Гражданский пассажиропоток быстро вырос после войны. Википедия, ссылаясь на официальные данные и прессу, указывает на 145 189 пассажиров в 2008 году и около 1,2 миллиона в 2019 году. Поскольку территория аэропорта окружена городом, Руанда строит новый аэропорт в Бугесере, к югу от Кигали; в декабре 2019 года Qatar Airways согласилась приобрести 60-процентную долю в проекте с запланированными инвестициями в размере 1 000 418 миллионов долларов США.

Когда в начале октября 1990 года Руандийский патриотический фронт перешёл границу из Уганды, Франция начала операцию «Норойт». Согласно статье во французской Википедии, цитирующей французскую парламентскую информационную миссию по Руанде, её задачей была защита европейцев и французских объектов, а также контроль над аэродромом для эвакуации французов и других иностранцев. Первоначально было развернуто около 300 военнослужащих; к декабрю командующий решил, что достаточно одной роты, но французское присутствие продолжалось до декабря 1993 года.

ВВС Руанды теряли самолеты уже с первой недели. В базе данных Aviation Safety Network упоминается самолет Britten-Norman Islander ВВС Руанды с регистрационным номером 9XR-GV, пропавший 8 октября 1990 года недалеко от аэропорта Кигали; причина и количество погибших не указаны, и других источников информации о потере обнаружено не было. К 1994 году, согласно Википедии, большая часть самолетов ВВС была сбита, уничтожена на земле или потеряна в результате авиакатастроф.

Незадолго до 20:20 по местному времени 6 апреля 1994 года президентский самолет Dassault Falcon 50, 9XR-NN, заходил на посадку в Кигали в ясную погоду, когда в него попали ракеты, и он упал в сад президентской резиденции. Все 12 человек на борту погибли, в том числе президенты Хабьяримана и Нтарьямира, а также французский экипаж в составе Жаки Эро, Жан-Пьера Минаберри и Жан-Мишеля Перрина. Бельгийский C-130, доставивший войска UNAMIR, был вынужден отступить, чтобы уступить место самолету, и был перенаправлен в Найроби; бельгийские миротворцы в аэропорту были окружены и разоружены президентской охраной, а войска ООН были отстранены от места крушения, согласно сообщению в Википедии.

В суде вопрос об ответственности так и не был решен. Французский судья Жан-Луи Брюгьер в 2006 году пришел к выводу, что ответственность несет руководство РПФ, и выдал ордера на арест девяти помощников Пола Кагаме; обвинения были подвергнуты серьезной критике. В докладе Муцинзи из Руанды 2010 года, основанном на заключениях британских экспертов-баллистиков, и во французском баллистическом докладе, опубликованном в январе 2012 года, район лагеря Каномбе, где тогда размещались президентская гвардия, десантники и зенитный батальон армии, был назван вероятной точкой обстрела. В докладе Сената Бельгии 1997 года было обнаружено слишком мало информации для принятия решения.

8 апреля Франция начала операцию «Амариллис». Около 500 французских военнослужащих под командованием генерала Анри Понсе удерживали аэропорт, пока из города доставляли иностранцев; первый рейс вылетел 9 апреля, и к 14 апреля Франция эвакуировала около 1400 человек, а Бельгия — около 1200, согласно статье во французской Википедии со ссылкой на французскую парламентскую миссию, которая также выразила критику избирательности эвакуации. По оценкам ООН, за 100 дней в результате геноцида погибло более миллиона человек.