カノンベ空港は、公記録に残るルワンダ最古の飛行場である。ウィキペディアに引用されている歴史家ベルナルディン・ムズング氏によると、最初の航空機が着陸したのは1934年で、当時ルワンダはベルギーの統治下にあった。1962年の独立後、空港は初代大統領グレゴワール・カイバンダにちなんで名付けられ、ジェノサイド後、キガリ国際空港となるまでその名前が使われ続けた。.

ルワンダがベルギーの支援を受けて独立後に築いた小規模な空軍は、ウィキペディアによると、最初の機体として元フランス製のマジスタージェット練習機3機とアイランダー1機を保有していたが、他に利用できる規模の飛行場はなく、カノンベ軍事キャンプは空港のすぐそばに位置していた。1960年代、70年代、80年代にここに配備されていた航空機の種類や数は公式資料には記録されておらず、ルワンダ空軍も独自の歴史書を公表していない。.

戦争終結以来、民間航空交通量は急速に増加している。ウィキペディアは公式および報道機関の数字を引用し、2008年には145,189人、2019年には約120万人の乗客数を記録したとしている。空港は市街地に囲まれているため、ルワンダはキガリ南部のブゲセラに代替空港を建設中である。2019年12月、カタール航空は同プロジェクトに60％出資することで合意し、14億8180万米ドルの投資を計画している。.

1990年10月初旬、ルワンダ愛国戦線がウガンダから越境してきた際、フランスはノロワ作戦を開始した。フランス議会のルワンダ情報調査団の報告を引用したフランス語版ウィキペディアの記事によると、作戦の目的はヨーロッパ人とフランスの施設を保護し、フランス人やその他の外国人が避難できるよう飛行場を管理することであった。当初は約300名の兵士が派遣されたが、12月には司令官が1個中隊で十分と判断した。しかし、フランス軍の駐留は1993年12月まで続いた。.

ルワンダ空軍は最初の週から航空機を失った。航空安全ネットワークには、1990年10月8日にキガリ空港付近でルワンダ空軍のブリテン・ノーマン・アイランダー（登録番号9XR-GV）が失われたと記載されているが、原因や死者数は示されておらず、他に損失に関する情報源は見つかっていない。ウィキペディアによると、1994年までに空軍の航空機のほとんどが撃墜されるか、地上で破壊されるか、墜落で失われた。.

1994年4月6日現地時間20時20分直前、大統領専用機ダッソー・ファルコン50（機体記号9XR-NN）は、晴天の中、キガリへの最終着陸態勢に入っていたところ、ミサイルの直撃を受け、大統領官邸の庭に墜落した。搭乗していた12人全員が死亡し、その中にはハビャリマナ大統領とンタリャミラ大統領、そしてフランス人乗組員のジャッキー・エロー、ジャン＝ピエール・ミナベリー、ジャン＝ミシェル・ペリーヌが含まれていた。ウィキペディアの記事によると、UNAMIR部隊を乗せたベルギーのC-130輸送機は、ジェット機を優先させるために進路を変更し、ナイロビに迂回した。空港にいたベルギーの平和維持部隊は、大統領警護隊に包囲され武装解除され、国連部隊は墜落現場から遠ざけられた。.

責任の所在は法廷で決着がついたことはない。2006年、フランスのジャン＝ルイ・ブルギエール判事は、RPF指導部に責任があると結論付け、ポール・カガメ大統領の側近9人に逮捕状を発行したが、この告発は激しく争われた。2010年のルワンダのムツィンジ報告書（英国の弾道専門家の意見に基づく）と、2012年1月に公表されたフランスの弾道報告書は、いずれも当時大統領警護隊、空挺部隊、陸軍の対空大隊が駐屯していたカノンベ基地周辺を、発砲地点として有力視した。1997年のベルギー上院の報告書は、判断するには情報が少なすぎると結論付けた。.

4月8日、フランスはアマリリス作戦を開始した。アンリ・ポンセ将軍率いる約500人のフランス軍が空港を封鎖し、外国人を市内から避難させた。最初の便は4月9日に出発し、フランス議会調査団の報告によると、4月14日までにフランスは約1,400人、ベルギーは約1,200人を避難させた。同調査団は、避難対象が選別的であったとの批判も記録している。国連は、約100日間の虐殺で100万人以上が殺害されたと推定している。.