アナポリス基地は、1960年に首都となったブラジリアの防空のために建設された。基地の歴史に基づき、英語版とポルトガル語版のウィキペディアでは、建設開始を1970年2月9日、運用開始を1972年8月23日としている。超音速戦闘機のために建設されたブラジル初の基地であり、標高1,100メートルを超える高原に位置し、メイン滑走路は3,300メートルの長さである。.

戦闘機はフランス製だった。ブラジルはミラージュIIIEBR単座機16機とIIIDBR複座機4機を購入し、1972年から納入され、F-103EとF-103Dの名称が付けられた。これらは当初、第1防空航空団（1ª ALADA）によって運用されたが、1979年4月19日に解散し、ジャガーの愛称で知られる第1防空群（1º GDA）に置き換えられた。事故による損失を補うため、1984年にフランスから2機が移管され、1989年以降、機体にはカナード翼と新型アビオニクスが装備された。.

ミラージュIIIは2005年まで運用された。その後、フランスから中古のミラージュ2000を12機導入したが、空軍は2013年12月に退役させた。これは政府がグリペンを選定したのと同じ月である。ミラージュ2000とグリペンの間、ジャガー飛行隊は近代化されたF-5EMを運用した。2022年の退役計画時点では、同飛行隊の保有機にはF-5Mが1機のみとなっていた。.

ブラジルは2014年10月にグリペンE/F戦闘機36機を発注し、アナポリスがそれらの拠点となることは最初から決まっていた。Poder Aéreoの見出しによると、2022年7月には第1防空群の新庁舎が開設され、グリペンの支援および訓練用装備が到着した。Poder Aéreoが報じたDiário Oficialによると、2023年11月までに14人の運用パイロットがスウェーデンで機種転換を完了し、全員が第1防空群に配属された。.

真の節目は2026年2月24日に訪れた。この日、グリペン戦闘機がアナポリスから中央平原の防空警戒を開始した。ブラジル空軍は基地に10機のグリペン戦闘機を配備し、それまでの実績を記録した。KC-390による空中給油の認証、長距離ミサイル「メテオ」の実弾発射、そしてブラジル領内での初の砲撃である。2026年9月に発表された2027年度予算案では、12機のグリペン戦闘機が納入されたとされている。.

2026年半ば、ジャガー飛行隊のF-39E戦闘機6機が初めて海外へ派遣され、アルゼンチン、チリ、コロンビア、米国、パラグアイとともに、チリのアタカマ砂漠で行われた多国籍演習「サリトレ」に参加した。彼らは2026年7月12日に帰国し、アントファガスタからアナポリスまで約2,382kmを2時間50分かけて飛行した。.

アナポリスには、最も遠くまで見通せる航空機も配備されている。第6航空群第2飛行隊であるグアルディオン飛行隊は、2000年からここに駐留しており、エンブラエル社がEMB 145の機体をベースに製造したE-99早期警戒機とR-99遠隔探査機を運用している。ポルトガル語版ウィキペディアによると、2017年にはカルカラ偵察飛行隊のリアジェット機も加わったという。.

2019年9月4日、エンブラエル社はアナポリス基地で、空軍初のKC-390ミレニアムを第1輸送群に納入した。当時、空軍は28機を発注していたが、その後19機に削減された。この空中給油機は同基地のグリペン戦闘機への燃料補給に使用され、その後、リオデジャネイロのガレオン基地にも納入された。.

この基地は、緊急事態においても民間の役割を担っている。2020年2月には、政府は武漢から帰国したブラジル人25人と中国人の親族4人を、2機のエンブラエルVC-2型機で14日から21日間隔離する場所としてこの基地を選定した。.

アナポリスは、到着時の経由地としても長らく利用されてきた。ポデール・アエロによると、1975年3月に最初の3機のF-5Bがパームデールからフェリーされた際、3月12日にガレオンに着陸する前にベレンとアナポリスに立ち寄ったという。英語版ウィキペディアによると、2006年には同基地で第3回CRUZEX多国籍演習が開催され、ブラジル、フランス、ベネズエラ、アルゼンチンなどが参加した。それ以降の演習はすべてナタールで開催された。同基地は一般公開日に門戸を開放しており、直近では2026年9月13日にグリペン、KC-390、スモーク・スコードロンを伴って公開される予定である。.