Когда в 1950-х годах ВМС воссоздали военно-воздушные силы, им некуда было их разместить. Управление военно-морской авиации было воссоздано законом 4 августа 1952 года, а центр подготовки летчиков, ставший впоследствии ЦРУА, был создан указом № 37398 от 27 мая 1955 года со штаб-квартирой в центре Рио-де-Жанейро. Как сообщает португальская Википедия, первые вертолеты центра совершали полеты с вертолетной площадки на 11-м километре Авениды Бразил.

Для прибытия авианосца «Минас-Жерайс», введенного в строй 6 декабря 1960 года и находившегося в Бразилии с 1961 года, требовался настоящий аэродром. В собственной истории ВМС США о размещении авиабазы CIAAN указана дата 23 ноября 1961 года (по данным Википедии); в статье о базе в португальской Википедии — 1962 год. Место, расположенное на лагуне Араруама к востоку от Рио и недалеко от портов Аррайал-ду-Кабо и Кабо-Фрио, было выбрано, по словам Википедии, как стратегически важное место для авиабазы.

Португальская Википедия датирует официальное создание военно-морской базы 1966 годом, а перевод командования морской авиации на базу — 1971 годом, когда в её состав также вошло ЦРУ. С тех пор база является единственным местом дислокации бразильских военно-морских эскадрилий, и только четыре районные вертолетные эскадрильи размещены в других местах: в Белеме, Рио-Гранде, Ладарио и Манаусе.

Новая база стала центром спора, который продолжался с конца 1950-х до 1965 года: кому — ВМС или ВВС — следует использовать самолеты базы в штате Минас-Жерайс? Как сообщает английская Википедия, в течение 1963 года ВМС получили шесть учебно-тренировочных самолетов Pilatus P-3 для своей 1-й учебной авиационной эскадрильи и шесть самолетов North American T-28 Trojan для второго подразделения самолетов с неподвижным крылом, без одобрения ВВС.

12 июня 1963 года газета Tribuna da Imprensa сообщила, что самолет ВМС едва не был обстрелян из пулеметов во время полета над военно-морской авиабазой в Сан-Педро-да-Алдейя. Президент Жуан Гуларт приостановил военно-морские полеты. В сентябре министр военно-морских сил Сильвио Мота посетил базу, где его встретила “Ревоада” — массовый взлет военно-морских летчиков в знак протеста; запрет на полеты был отменен. В статье португальской Википедии об этой базе инцидент и «Ревоада» датируются 1962 годом, годом ранее; даты здесь соответствуют английской Википедии, которая ссылается на газетное сообщение.

Конфликт достиг апогея в декабре 1964 года в Трамандаи, штат Рио-Гранде-ду-Сул, где солдаты ВВС открыли огонь по вертолету ВМС HU-1, чтобы помешать ему взлететь; министр авиации Нельсон Лаванер-Вандерлей подал в отставку. Указ № 55627 от 26 января 1965 года положил ему конец: ВМС сохранили за собой авианосец и вертолеты, самолеты перешли на авиабазу ВМС, а Сан-Педро-да-Алдейя на следующие 33 года стала вертолетной базой.

Указом № 2538 от 8 апреля 1998 года ВМС вернули себе самолеты с неподвижным крылом. На странице VF-1 ВМС зафиксирована покупка у Кувейта 30 апреля 1998 года 20 одноместных A-4KU и трех двухместных TA-4KU Skyhawk; они прибыли в Порту-ду-Форно в Аррайал-ду-Кабо по морю 5 сентября 1998 года и были переведены на базу. Первоначально в ВМС было девять квалифицированных пилотов, прошедших обучение при содействии ВВС Бразилии, ВМС Аргентины и ВМС США.

У самолетов Skyhawk никогда не было большой палубы. В 2000–2001 годах они базировались в Минас-Жерайсе, а затем в Сан-Паулу, который длительное время находился на ремонте; по данным английской Википедии, с этого порта было совершено около 600 запусков. 14 апреля 2009 года компания Embraer получила контракт на их модернизацию, а по данным португальской Википедии, к апрелю 2022 года было поставлено пять AF-1B и два AF-1C.

Самый худший день для эскадрильи наступил 26 июля 2016 года, когда самолет AF-1B упал в море у берегов Сакуаремы во время тренировочных полетов; пилот так и не был найден. Тем не менее, самолеты продолжали летать: по сообщениям Poder Naval, в мае 2024 года самолеты VF-1 отрабатывали заходы на посадку на авианосец USS George Washington, а в мае 2025 года патрулировали берега Фернандо-де-Норонья. На снимке ВМС США от 12 сентября 2022 года, опубликованном Poder Naval в июне 2026 года, показаны другие самолеты, хранящиеся под открытым небом на базе, и преемник еще не выбран.

Большую часть своей истории база использовалась как вертолетная станция. Противолодочная эскадрилья HS-1 летала на вертолетах Sea King с 1970 года; в 1996 году база в Минас-Жерайсе отправилась в Пенсаколу за шестью отремонтированными вертолетами SH-3D, ранее принадлежавшими ВМС США и переименованными в SH-3B, а также двумя запасными, и они прибыли в Сан-Педро-да-Алдейя в июне 1996 года, согласно данным Poder Naval. С 2012 года их заменили вертолеты Sikorsky SH-16 Seahawk.

База также способствовала освоению беспилотных летательных аппаратов ВМС. 1-я эскадрилья дистанционно пилотируемых самолетов, QE-1, была сформирована здесь 5 июля 2022 года и включала шесть беспилотников ScanEagle после первого запуска 27 июня. С 2025 года HI-1 начала получать учебно-тренировочные вертолеты H125 (IH-18) для замены своих Jet Ranger, а 6 декабря 2019 года на базе была создана группа технического обслуживания военно-морской авиации (GAerNavMan).