Toen de marine in de jaren vijftig een luchtmacht opnieuw opbouwde, was er geen geschikte locatie. Het directoraat Marine Luchtvaart werd op 4 augustus 1952 bij wet opnieuw opgericht en het luchtvaarttrainingscentrum dat later CIAAN zou worden, werd opgericht bij decreet 37.398 van 27 mei 1955, met het hoofdkantoor in het centrum van Rio de Janeiro. Volgens de Portugese Wikipedia vertrokken de eerste helikopters vanaf een heliport op kilometer 11 van de Avenida Brasil.

De komst van het vliegdekschip Minas Gerais, dat op 6 december 1960 in dienst werd gesteld en vanaf 1961 in Brazilië gestationeerd was, vereiste een volwaardig vliegveld. De eigen geschiedenis van de marine over de CIAAN (Civilian Air Force Base) dateert de verplaatsing naar São Pedro da Aldeia op 23 november 1961; het Portugese Wikipedia-artikel over de basis noemt 1962. De locatie, aan de Araruama-lagune ten oosten van Rio de Janeiro en dicht bij de havens van Arraial do Cabo en Cabo Frio, werd, volgens Wikipedia, gekozen als een strategische locatie voor een luchtmachtbasis.

Volgens de Portugese Wikipedia werd de marinebasis in 1966 officieel in gebruik genomen en het commando van de marine naar de basis verplaatst in 1971, het jaar waarin ook de CIAAN (Central Institute of Air Forces) eronder viel. Sindsdien is de basis de enige thuisbasis van de Braziliaanse marine-eskaders; alleen de vier districtshelikoptereskaders zijn elders gestationeerd, namelijk in Belém, Rio Grande, Ladário en Manaus.

De nieuwe basis vormde de frontlinie van een conflict dat zich uitstrekte van eind jaren vijftig tot 1965: moest de marine of de luchtmacht de vliegtuigen van Minas Gerais besturen? Volgens de Engelstalige Wikipedia nam de marine in 1963 zes Pilatus P-3 trainingsvliegtuigen in ontvangst voor haar 1e Instructie-vliegeskader en zes North American T-28 Trojans voor een tweede eenheid met vaste vleugels, zonder de goedkeuring van de luchtmacht.

Op 12 juni 1963 meldde de krant Tribuna da Imprensa dat een vliegtuig van de Franse marine (FAB) bijna was beschoten door de marine tijdens een vlucht boven de marinevliegbasis in São Pedro da Aldeia. President João Goulart schortte het vliegverbod voor de marine op. In september bezocht de minister van Marine, Sílvio Mota, de basis en werd hij begroet met de "Revoada", een massale opstijging van marinevliegers uit protest; het vliegverbod werd opgeheven. Het Portugese Wikipedia-artikel over de basis plaatst het incident en de Revoada in 1962, een jaar eerder; de data hier volgen die van de Engelse Wikipedia, die het krantenartikel citeert.

Het conflict bereikte een hoogtepunt in december 1964 in Tramandaí in Rio Grande do Sul, waar soldaten van de luchtmacht het vuur openden op een HU-1-helikopter van de marine om te voorkomen dat deze opsteeg; de minister van Luchtvaart, Nelson Lavanère-Wanderley, trad af. Decreet 55.627 van 26 januari 1965 maakte er een einde aan: de marine behield het vliegdekschip en de helikopters, de vliegtuigen gingen naar de Franse luchtmachtbasis (FAB) en São Pedro da Aldeia werd de volgende 33 jaar een helikopterbasis.

Decreet 2.538 van 8 april 1998 gaf de marine haar vliegtuigen met vaste vleugels terug. Op de VF-1-pagina van de marine staat de aankoop van 20 eenzits A-4KU en drie tweezits TA-4KU Skyhawks uit Koeweit op 30 april 1998 vermeld; deze bereikten Porto do Forno bij Arraial do Cabo over zee op 5 september 1998 en werden naar de basis overgebracht. De marine beschikte aanvankelijk over negen gekwalificeerde piloten, die waren opgeleid met hulp van de Braziliaanse luchtmacht, de Argentijnse marine en de Amerikaanse marine.

De Skyhawks hadden nooit echt een groot dek. Ze vlogen vanaf de Minas Gerais in 2000-2001 en vervolgens vanaf de São Paulo, die lange tijd in reparatie was; de Engelstalige Wikipedia telt in totaal ongeveer 600 lanceringen vanaf dat schip. Embraer kreeg op 14 april 2009 de opdracht om ze te moderniseren, en de Portugese Wikipedia telt vijf AF-1B's en twee AF-1C's die tot april 2022 zijn geleverd.

De ergste dag voor het squadron was 26 juli 2016, toen een AF-1B tijdens een aanvalstraining voor de kust van Saquarema in zee stortte; de piloot werd nooit teruggevonden. De straaljagers bleven echter vliegen: Poder Naval meldde dat vliegtuigen van VF-1 in mei 2024 oefenden met naderingen op de USS George Washington en in mei 2025 patrouilleerden voor de kust van Fernando de Noronha. Een foto van de Amerikaanse marine van 12 september 2022, gepubliceerd door Poder Naval in juni 2026, toont andere toestellen die in de open lucht op de basis staan opgeslagen, en er is nog geen opvolger gekozen.

De basis is het grootste deel van zijn bestaan een helikopterbasis geweest. Het anti-onderzeebooteskader HS-1 vloog er vanaf 1970 met Sea Kings; in 1996 voer de Minas Gerais naar Pensacola om zes gereviseerde SH-3D's van de Amerikaanse marine op te halen, die werden hernoemd tot SH-3B, plus twee reserve-exemplaren. Volgens Poder Naval bereikten ze São Pedro da Aldeia in juni 1996. Vanaf 2012 werden ze vervangen door Sikorsky SH-16 Seahawks.

De basis introduceerde ook de marine in de onbemande luchtvaart. Het 1e Squadron voor Onbemande Vliegtuigen, QE-1, werd hier op 5 juli 2022 geactiveerd met zes ScanEagles, na een eerste lancering op 27 juni. Vanaf 2025 begon HI-1 met de ontvangst van H125 (IH-18) trainingsvliegtuigen ter vervanging van de Jet Rangers, en op 6 december 2019 werd er een marinevliegtuigonderhoudsgroep (GAerNavMan) op de basis opgericht.