1950年代に海軍が航空部隊を再建した際、その拠点となる場所がなかった。海軍航空局は1952年8月4日に法律によって再設立され、CIAANとなる航空訓練センターは1955年5月27日の政令37,398号によって設立され、リオデジャネイロ中心部に本部を置いた。ポルトガル語版ウィキペディアによると、最初のヘリコプターはブラジル通り11キロ地点のヘリポートから飛び立ったという。.

1960年12月6日に就役し、1961年からブラジルに配備された空母ミナスジェライスの到着に伴い、本格的な飛行場が必要となった。海軍のCIAAN（海軍航空基地）の歴史では、サンペドロ・ダ・アルデイアへの移転は1961年11月23日とされているが、ポルトガル語版ウィキペディアの同基地に関する記事では1962年となっている。リオデジャネイロの東、アラルアマ潟に位置し、アライアル・ド・カボ港とカボ・フリオ港に近いこの場所は、ウィキペディアによれば、航空基地の戦略的拠点として選ばれた。.

ポルトガル語版ウィキペディアによると、海軍航空基地の正式な開設は1966年、海軍航空部隊の司令部が同基地に移転したのは1971年で、同年には海軍航空司令部（CIAAN）も同基地の管轄下に入った。それ以来、同基地はブラジル海軍の飛行隊の唯一の拠点となっており、ベレン、リオグランデ、ラダリオ、マナウスの4つの地区ヘリコプター飛行隊のみが他の場所に駐屯している。.

この新しい基地は、1950年代後半から1965年まで続いた論争の最前線となった。ミナスジェライス州の航空機は海軍が運用すべきか、それとも空軍が運用すべきかという問題である。英語版ウィキペディアによると、1963年を通して、海軍は空軍の承認を得ずに、第1訓練飛行隊向けにピラタスP-3練習機6機、第2固定翼部隊向けにノースアメリカンT-28トロージャン練習機6機を受領した。.

1963年6月12日、新聞「トリブナ・ダ・インプレンサ」は、FABの航空機がサン・ペドロ・ダ・アルデイア海軍航空基地上空を飛行中に海軍から機銃掃射を受けそうになったと報じた。ジョアン・ゴウラール大統領は海軍の飛行を一時停止した。9月、海軍大臣シルヴィオ・モタが基地を訪問し、抗議の意思を示す海軍パイロットによる一斉離陸「レヴォアダ」で迎えられた。飛行禁止は解除された。ポルトガル語版ウィキペディアの同基地に関する記事では、この事件とレヴォアダは1年前の1962年に起こったとされているが、ここでの日付は新聞記事を引用している英語版ウィキペディアの日付に従っている。.

この対立は1964年12月、リオグランデ・ド・スル州トラマンダイで頂点に達した。空軍兵士が海軍のHU-1ヘリコプターの離陸を阻止するために発砲し、航空大臣ネルソン・ラヴァネール＝ワンデルレイが辞任した。1965年1月26日の政令55,627号によりこの対立は終結した。海軍は空母とヘリコプターを保持し、固定翼機はフランス空軍に移管され、サン・ペドロ・ダ・アルデイアはその後33年間ヘリコプター基地となった。.

1998年4月8日付政令2538号により、海軍は固定翼機を取り戻した。海軍のVF-1のページには、1998年4月30日にクウェートから単座型A-4KUスカイホーク20機と複座型TA-4KUスカイホーク3機を購入したことが記録されている。これらの機体は1998年9月5日に海路でアライアル・ド・カボのポルト・ド・フォルノに到着し、基地に移送された。海軍は当初、ブラジル空軍、アルゼンチン海軍、アメリカ海軍の支援を受けて訓練を受けた9人の資格のあるパイロットを擁していた。.

スカイホークはもともとあまり活躍の場がなかった。2000年から2001年にかけてはミナスジェライスから、その後はサンパウロから発艦したが、サンパウロは長期間修理中だった。英語版ウィキペディアによると、サンパウロからの発艦回数は約600回に上る。エンブラエル社は2009年4月14日に近代化改修の契約を締結し、ポルトガル語版ウィキペディアによると、2022年4月までにAF-1Bが5機、AF-1Cが2機納入された。.

同飛行隊にとって最悪の日は2016年7月26日、AF-1Bが攻撃訓練中にサクアレマ沖で海に墜落した日だった。パイロットは発見されなかった。ジェット機は飛行を続け、海軍は2024年5月にVF-1の航空機がUSSジョージ・ワシントンへの進入訓練を行い、2025年5月にはフェルナンド・デ・ノローニャ沖を哨戒していると報告した。2022年9月12日に撮影され、2026年6月に海軍が公開した米海軍の画像には、基地の屋外に保管されている他の機体が写っており、後継機は選定されていない。.

この基地は、その歴史のほとんどにおいてヘリコプター基地として機能してきた。対潜水艦飛行隊HS-1は1970年からシーキングを運用し、1996年にはミナスジェライス州がペンサコーラへ航海し、オーバーホール済みの元米海軍SH-3D（SH-3Bに改称）6機と予備機2機を回収した。これらの機体は1996年6月にサン・ペドロ・ダ・アルデイアに到着したと、海軍省は伝えている。2012年からはシコルスキーSH-16シーホークがこれらの機体に代わって運用されている。.

この基地は海軍の無人飛行にも貢献した。第1無人航空機飛行隊QE-1は、6月27日の初飛行後、2022年7月5日に6機のスキャンイーグルを配備してここで活動を開始した。2025年からは、HI-1はジェットレンジャーに代わるH125（IH-18）練習機の受領を開始し、2019年12月6日には海軍航空整備グループ（GAerNavMan）が基地内に設立された。.