Quando a Marinha reconstruiu sua força aérea na década de 1950, não tinha onde alocá-la. A Diretoria de Aeronáutica Naval foi recriada por lei em 4 de agosto de 1952, e o centro de treinamento aéreo que se tornaria o CIAAN foi estabelecido pelo Decreto 37.398, de 27 de maio de 1955, com sede no centro do Rio de Janeiro. Seus primeiros helicópteros, segundo a Wikipédia em português, decolaram de um heliporto no quilômetro 11 da Avenida Brasil.

A chegada do porta-aviões Minas Gerais, comissionado em 6 de dezembro de 1960 e presente no Brasil desde 1961, tornou necessária uma base aérea de fato. O próprio histórico da Marinha sobre a CIAAN data sua transferência para São Pedro da Aldeia em 23 de novembro de 1961; o artigo da Wikipédia em português sobre a base indica 1962. O local, na lagoa do Araruama, a leste do Rio de Janeiro e próximo aos portos de Arraial do Cabo e Cabo Frio, foi escolhido, segundo a Wikipédia, por sua localização estratégica para uma base aérea.

A Wikipédia portuguesa data a ativação formal da Base Aérea Naval em 1966 e a transferência do comando da Força Aeronaval para a base em 1971, ano em que a CIAAN também passou a estar sob seu comando. Desde então, a base tem sido a única sede dos esquadrões navais do Brasil, com apenas os quatro esquadrões de helicópteros distritais estacionados em outros locais: Belém, Rio Grande, Ladário e Manaus.

A nova base foi o centro de uma disputa que se estendeu do final da década de 1950 até 1965: a Marinha ou a Força Aérea deveria operar as aeronaves do Exército Mineiro de Minas Gerais? Segundo a Wikipédia em inglês, ao longo de 1963, a Marinha recebeu seis aviões de treinamento Pilatus P-3 para seu 1º Esquadrão de Instrução Aérea e seis aviões North American T-28 Trojan para uma segunda unidade de asa fixa, sem a aprovação da Força Aérea.

Em 12 de junho de 1963, o jornal Tribuna da Imprensa noticiou que um avião da FAB quase foi metralhado pela Marinha enquanto sobrevoava a base aérea naval de São Pedro da Aldeia. O presidente João Goulart suspendeu os voos navais. Em setembro, o Ministro da Marinha, Sílvio Mota, visitou a base e foi recebido pela “Revoada”, uma decolagem em massa de aviadores navais em protesto; a proibição de voos terminou. O artigo da Wikipédia portuguesa sobre a base situa o incidente e a Revoada em 1962, um ano antes; as datas aqui seguem a Wikipédia inglesa, que cita a reportagem do jornal.

A disputa atingiu seu ápice em dezembro de 1964 em Tramandaí, no Rio Grande do Sul, onde soldados da Força Aérea dispararam contra um helicóptero HU-1 da Marinha para impedir sua decolagem; o Ministro da Aeronáutica, Nelson Lavanère-Wanderley, renunciou. O Decreto 55.627, de 26 de janeiro de 1965, pôs fim ao conflito: a Marinha manteve o porta-aviões e seus helicópteros, as aeronaves de asa fixa foram para a FAB (Força Aérea Naval) e São Pedro da Aldeia tornou-se uma base de helicópteros pelos 33 anos seguintes.

O Decreto 2.538, de 8 de abril de 1998, devolveu à Marinha suas aeronaves de asa fixa. A página VF-1 da Marinha registra a compra, em 30 de abril de 1998, de 20 aeronaves A-4KU monoposto e três TA-4KU biposto do Kuwait; elas chegaram a Porto do Forno, em Arraial do Cabo, por via marítima, em 5 de setembro de 1998, e foram transferidas para a base. Inicialmente, a Marinha contava com nove pilotos qualificados, treinados com o auxílio da Força Aérea Brasileira, da Marinha Argentina e da Marinha dos Estados Unidos.

Os Skyhawks nunca tiveram um convés muito grande. Eles operaram a partir do porta-aviões Minas Gerais em 2000-01 e depois do São Paulo, que passou longos períodos em reparos; a Wikipédia em inglês contabiliza cerca de 600 lançamentos a partir dele no total. A Embraer foi contratada em 14 de abril de 2009 para modernizá-los, e a Wikipédia em português contabiliza cinco AF-1B e dois AF-1C entregues até abril de 2022.

O pior dia do esquadrão ocorreu em 26 de julho de 2016, quando um AF-1B caiu no mar perto de Saquarema durante um treinamento de ataque; seu piloto nunca foi encontrado. Os jatos continuaram voando: a Poder Naval relatou aeronaves do VF-1 praticando aproximações ao porta-aviões USS George Washington em maio de 2024 e patrulhando a costa de Fernando de Noronha em maio de 2025. Uma imagem da Marinha dos EUA de 12 de setembro de 2022, publicada pela Poder Naval em junho de 2026, mostra outras aeronaves armazenadas a céu aberto na base, e nenhum sucessor foi escolhido.

Durante a maior parte de sua existência, a base foi uma estação de helicópteros. O esquadrão antissubmarino HS-1 operou helicópteros Sea King a partir de 1970; em 1996, o navio Minas Gerais navegou até Pensacola para buscar seis helicópteros SH-3D, ex-Marinha dos EUA, reformados e redesignados como SH-3B, além de dois para peças de reposição, e eles chegaram a São Pedro da Aldeia em junho de 1996, segundo o Poder Naval. Os helicópteros Sikorsky SH-16 Seahawk os substituíram a partir de 2012.

A base também foi pioneira no voo não tripulado da Marinha. O 1º Esquadrão de Aeronaves Remotamente Pilotadas, QE-1, foi ativado aqui em 5 de julho de 2022 com seis ScanEagles, após um primeiro lançamento em 27 de junho. A partir de 2025, a HI-1 começou a receber treinadores H125 (IH-18) para substituir seus Jet Rangers, e um grupo de manutenção aérea naval (GAerNavMan) foi criado na base em 6 de dezembro de 2019.