عندما أعادت البحرية بناء سلاحها الجوي في خمسينيات القرن الماضي، لم يكن لديها مكانٌ مناسبٌ لإنشائه. أُعيد إنشاء مديرية الطيران البحري بموجب قانونٍ في 4 أغسطس 1952، وأُنشئ مركز التدريب الجوي الذي أصبح فيما بعد مركز التدريب الجوي البحري (CIAAN) بموجب المرسوم رقم 37398 الصادر في 27 مايو 1955، وكان مقره في وسط ريو دي جانيرو. وتشير ويكيبيديا البرتغالية إلى أن أولى طائراتها المروحية حلّقت من مهبطٍ للطائرات عند الكيلومتر 11 من شارع أفينيدا برازيل.

تطلّب وصول حاملة الطائرات ميناس جيرايس، التي دخلت الخدمة في 6 ديسمبر 1960 ودخلت البرازيل عام 1961، وجود مطار حقيقي. ويشير تاريخ البحرية نفسه لمركز معلومات الطيران البحري (CIAAN) إلى أن انتقالها إلى ساو بيدرو دا ألديا كان في 23 نوفمبر 1961؛ بينما يذكر مقال ويكيبيديا البرتغالية عن القاعدة عام 1962. وقد تم اختيار الموقع، الواقع على بحيرة أرارواما شرق ريو دي جانيرو وبالقرب من ميناءي أرايال دو كابو وكابو فريو، كموقع استراتيجي لقاعدة جوية، وفقًا لويكيبيديا.

يُشير موقع ويكيبيديا البرتغالي إلى أن التفعيل الرسمي لقاعدة إيريا نافال يعود إلى عام 1966، وانتقال قيادة القوات الجوية البحرية إليها إلى عام 1971، وهو العام الذي أصبحت فيه قيادة القوات الجوية البحرية البرازيلية (CIAAN) تابعة لها أيضاً. ومنذ ذلك الحين، أصبحت القاعدة المقر الوحيد لأسراب البحرية البرازيلية، بينما تتمركز أسراب المروحيات الأربعة التابعة للمناطق في مواقع أخرى، في بيليم وريو غراندي ولاداريو وماناوس.

كانت القاعدة الجديدة بمثابة خط المواجهة لنزاع استمر من أواخر الخمسينيات إلى عام 1965: هل ينبغي للبحرية أم للقوات الجوية أن تشغل طائرات ميناس جيرايس؟ وبحسب ويكيبيديا الإنجليزية، فقد تسلمت البحرية خلال عام 1963 ست طائرات تدريب من طراز بيلاتوس P-3 لسرب التدريب الجوي الأول التابع لها، وست طائرات من طراز نورث أمريكان T-28 تروجان لوحدة ثانية ذات أجنحة ثابتة، دون موافقة القوات الجوية.

في 12 يونيو 1963، ذكرت صحيفة تريبيونا دا إمبرينسا أن طائرة تابعة للقوات الجوية البرتغالية كادت أن تُصاب بنيران رشاشات البحرية أثناء تحليقها فوق قاعدة ساو بيدرو دا ألديا الجوية. وعليه، أوقف الرئيس جواو غولارت الطيران البحري. وفي سبتمبر، زار وزير البحرية، سيلفيو موتا، القاعدة، واستُقبل بـ"ريفودا"، وهي عملية إقلاع جماعي قام بها طيارو البحرية احتجاجًا على الحادثة؛ وبذلك انتهى حظر الطيران. ويشير مقال ويكيبيديا البرتغالية عن القاعدة إلى أن الحادثة وعملية "ريفودا" وقعتا في عام 1962، أي قبل عام من الحادثة؛ أما التواريخ المذكورة هنا فهي تتبع ويكيبيديا الإنجليزية، التي استشهدت بتقرير الصحيفة.

بلغ الخلاف ذروته في ديسمبر 1964 في ترامانداي بولاية ريو غراندي دو سول، حيث أطلق جنود القوات الجوية النار على مروحية تابعة للبحرية من طراز HU-1 لمنعها من الإقلاع؛ فاستقال وزير الطيران، نيلسون لافانير-واندرلي. وأنهى المرسوم رقم 55627 الصادر في 26 يناير 1965 الخلاف: احتفظت البحرية بحاملة الطائرات ومروحياتها، بينما ذهبت الطائرات ذات الأجنحة الثابتة إلى القوات الجوية البريطانية، وأصبحت ساو بيدرو دا ألديا قاعدة للمروحيات على مدى السنوات الثلاث والثلاثين التالية.

أعاد المرسوم رقم 2538 الصادر في 8 أبريل 1998 للبحرية الأمريكية طائراتها ذات الأجنحة الثابتة. وتشير صفحة VF-1 التابعة للبحرية إلى شراء 20 طائرة من طراز A-4KU ذات مقعد واحد وثلاث طائرات من طراز TA-4KU سكاي هوك ذات مقعدين من الكويت في 30 أبريل 1998؛ وقد وصلت هذه الطائرات إلى ميناء بورتو دو فورنو في أرايال دو كابو بحراً في 5 سبتمبر 1998، ونُقلت إلى القاعدة. وكان لدى البحرية في البداية تسعة طيارين مؤهلين، تلقوا تدريبهم بمساعدة من القوات الجوية البرازيلية والبحرية الأرجنتينية والبحرية الأمريكية.

لم تكن طائرات سكاي هوك مزودة بمنصة إطلاق متطورة. انطلقت من ميناس جيرايس في الفترة 2000-2001، ثم من ساو باولو التي خضعت لفترات طويلة للصيانة؛ وتشير ويكيبيديا الإنجليزية إلى حوالي 600 عملية إطلاق منها. تعاقدت شركة إمبراير في 14 أبريل 2009 لتحديثها، وتشير ويكيبيديا البرتغالية إلى تسليم خمس طائرات من طراز AF-1B وطائرتين من طراز AF-1C بحلول أبريل 2022.

كان أسوأ يوم في تاريخ السرب هو 26 يوليو/تموز 2016، عندما سقطت طائرة من طراز AF-1B في البحر قبالة ساكواريما أثناء تدريب على الهجوم، ولم يُعثر على قائدها. ومع ذلك، استمرت الطائرات في التحليق: فقد أفادت وكالة "بودير نافال" أن طائرات السرب VF-1 كانت تتدرب على الهبوط بالقرب من حاملة الطائرات الأمريكية "يو إس إس جورج واشنطن" في مايو/أيار 2024، وتقوم بدوريات قبالة فيرناندو دي نورونها في مايو/أيار 2025. وتُظهر صورة للبحرية الأمريكية بتاريخ 12 سبتمبر/أيلول 2022، نشرتها "بودير نافال" في يونيو/حزيران 2026، طائرات أخرى مخزنة في العراء في القاعدة، ولم يتم اختيار بديل لها حتى الآن.

كانت القاعدة، طوال معظم تاريخها، محطةً للمروحيات. وقد حلّقت سرب مكافحة الغواصات HS-1 بطائرات سي كينغ منذ عام 1970؛ وفي عام 1996، أبحرت سفينة ميناس جيرايس إلى بينساكولا لاستلام ست طائرات SH-3D مُجددة، كانت تابعةً سابقًا للبحرية الأمريكية، وأُعيد تسميتها إلى SH-3B، بالإضافة إلى طائرتين احتياطيتين، ووصلت إلى ساو بيدرو دا ألديا في يونيو 1996، وفقًا لبودير نافال. وحلّت محلها طائرات سيكورسكي SH-16 سي هوك منذ عام 2012.

كما ساهمت القاعدة في دخول البحرية مجال الطيران بدون طيار. تم تفعيل السرب الأول للطائرات المُسيّرة عن بُعد، QE-1، هنا في 5 يوليو 2022 بست طائرات سكان إيجل، بعد أول عملية إطلاق في 27 يونيو. ابتداءً من عام 2025، بدأ السرب HI-1 باستلام طائرات التدريب H125 (IH-18) ليحل محل طائرات جيت رينجر، وتم إنشاء مجموعة صيانة جوية بحرية (GAerNavMan) في القاعدة في 6 ديسمبر 2019.