Cuando la Armada reconstruyó su fuerza aérea en la década de 1950, no tenía dónde ubicarla. La Dirección de Aeronáutica Naval fue recreada por ley el 4 de agosto de 1952, y el centro de entrenamiento aéreo que se convertiría en la CIAAN fue establecido por el Decreto 37.398 del 27 de mayo de 1955, con sede en el centro de Río de Janeiro. Sus primeros helicópteros, según la Wikipedia en portugués, despegaron de un helipuerto en el kilómetro 11 de la Avenida Brasil.

La llegada del portaaviones Minas Gerais, comisionado el 6 de diciembre de 1960 y presente en Brasil desde 1961, requería un aeródromo adecuado. La propia historia de la Armada sobre la CIAAN sitúa su traslado a São Pedro da Aldeia el 23 de noviembre de 1961; el artículo de la Wikipedia en portugués sobre la base indica 1962. El emplazamiento, situado en la laguna de Araruama, al este de Río de Janeiro y cerca de los puertos de Arraial do Cabo y Cabo Frio, fue elegido, según Wikipedia, como una ubicación estratégica para una base aérea.

La Wikipedia en portugués fecha la activación formal de la Base Aérea Naval en 1966 y el traslado del mando de la Fuerza Aeronaval a la base en 1971, año en que la CIAAN también pasó a depender de ella. Desde entonces, la base ha sido la única sede de los escuadrones navales de Brasil, ya que solo los cuatro escuadrones de helicópteros de distrito están estacionados en otros lugares: Belém, Rio Grande, Ladário y Manaus.

La nueva base fue el epicentro de una disputa que se prolongó desde finales de la década de 1950 hasta 1965: ¿debía la Armada o la Fuerza Aérea operar los aviones de Minas Gerais? Según la Wikipedia en inglés, a lo largo de 1963, la Armada recibió seis aviones de entrenamiento Pilatus P-3 para su 1.er Escuadrón Aéreo de Instrucción y seis North American T-28 Trojan para una segunda unidad de ala fija, sin la aprobación de la fuerza aérea.

El 12 de junio de 1963, el periódico Tribuna da Imprensa informó que un avión de la FAB estuvo a punto de ser ametrallado por la Armada mientras sobrevolaba la base aérea naval de São Pedro da Aldeia. El presidente João Goulart suspendió los vuelos navales. En septiembre, el ministro de Marina, Sílvio Mota, visitó la base y fue recibido con la “Revoada”, un despegue masivo de aviadores navales en señal de protesta; la prohibición de vuelos se levantó. El artículo de la Wikipedia en portugués sobre la base sitúa el incidente y la Revoada en 1962, un año antes; las fechas aquí citadas corresponden a la Wikipedia en inglés, que a su vez cita el reportaje periodístico.

La disputa alcanzó su punto álgido en diciembre de 1964 en Tramandaí, Rio Grande do Sul, donde soldados de la fuerza aérea dispararon contra un helicóptero HU-1 de la Armada para impedir su despegue; el ministro de Aeronáutica, Nelson Lavanère-Wanderley, dimitió. El Decreto 55.627 del 26 de enero de 1965 puso fin a la misma: la Armada conservó el portaaviones y sus helicópteros, los aviones de ala fija pasaron a la FAB y São Pedro da Aldeia se convirtió en una base de helicópteros durante los siguientes 33 años.

El Decreto 2.538 del 8 de abril de 1998 devolvió a la Armada sus aeronaves de ala fija. La página VF-1 de la Armada registra la compra a Kuwait, el 30 de abril de 1998, de 20 Skyhawks A-4KU monoplaza y tres Skyhawks TA-4KU biplaza; llegaron a Porto do Forno en Arraial do Cabo por vía marítima el 5 de septiembre de 1998 y fueron trasladados a la base. La Armada contaba inicialmente con nueve pilotos cualificados, entrenados con la ayuda de la Fuerza Aérea Brasileña, la Armada Argentina y la Armada de los Estados Unidos.

Los Skyhawk nunca tuvieron mucha vida útil. Volaron desde Minas Gerais entre 2000 y 2001, y luego desde São Paulo, que pasó largos periodos en reparación; la Wikipedia en inglés registra alrededor de 600 lanzamientos desde este portaaviones. Embraer fue contratada el 14 de abril de 2009 para modernizarlos, y la Wikipedia en portugués contabiliza cinco AF-1B y dos AF-1C entregados para abril de 2022.

El peor día del escuadrón fue el 26 de julio de 2016, cuando un AF-1B cayó al mar frente a Saquarema durante un entrenamiento de ataque; su piloto nunca fue encontrado. Los aviones siguieron volando: Poder Naval informó que aeronaves del VF-1 practicaban aproximaciones al USS George Washington en mayo de 2024 y patrullaban frente a Fernando de Noronha en mayo de 2025. Una imagen de la Armada de los EE. UU. del 12 de septiembre de 2022, publicada por Poder Naval en junio de 2026, muestra otros almacenados a la intemperie en la base, y aún no se ha elegido un sucesor.

Durante la mayor parte de su existencia, la base ha funcionado como helipuerto. El escuadrón antisubmarino HS-1 operó helicópteros Sea King desde 1970; en 1996, el Escuadrón de Minas Gerais navegó hasta Pensacola para recoger seis helicópteros SH-3D reacondicionados de la antigua Armada de los Estados Unidos, redesignados como SH-3B, además de dos de repuesto, y llegaron a São Pedro da Aldeia en junio de 1996, según Poder Naval. Los helicópteros Sikorsky SH-16 Seahawk los reemplazaron a partir de 2012.

La base también introdujo a la Armada en el vuelo no tripulado. El 1.er Escuadrón de Aeronaves Pilotadas Remotamente, QE-1, se activó aquí el 5 de julio de 2022 con seis ScanEagles, tras un primer lanzamiento el 27 de junio. A partir de 2025, HI-1 comenzó a recibir aviones de entrenamiento H125 (IH-18) para reemplazar sus Jet Rangers, y el 6 de diciembre de 2019 se creó en la base un grupo de mantenimiento aéreo naval (GAerNavMan).