До 1990 года военно-воздушные силы Бахрейна состояли из вертолетов, базировавшихся в Риффе, а с декабря 1985 года истребители F-5 Tiger II базировались в международном аэропорту Мухаррака. Заказ компании Peace Crown на двенадцать истребителей F-16 Block 40 в 1987 году изменил ситуацию. Новым истребителям потребовалась собственная база, вдали от пассажирских самолетов, и она была расположена на открытой местности к югу от главного острова, где нашлось место для длинной взлетно-посадочной полосы и рассредоточенных укрытий.

Даты предоставлены Силами обороны Бахрейна. 28 мая 1990 года тогдашний командующий Силами обороны Бахрейна, нынешний король Хамад бин Иса Аль Халифа, совершил инспекционный визит на авиабазу Иса “после завершения первого этапа ее создания” и в ознаменование ввода в эксплуатацию истребителей F-16. На сайте F-16.net указано, что первые четыре самолета прибыли в Бахрейн пятью днями ранее, 23 мая 1990 года, под управлением бахрейнских пилотов. Официальное открытие состоялось позже: 2 февраля 1993 года эмир, шейх Иса бин Салман Аль Халифа, чье имя носит база, открыл ее во время празднования 25-летия Сил обороны Бахрейна.

Не все источники согласны. GlobalSecurity утверждает, что база была открыта вскоре после прибытия первого F-16 в мае 1989 года, на год раньше, чем указано в данных BDF и F-16.net; эта страница следует официальной версии. Стоимость строительства не была найдена ни в одном из доступных источников.

Ирак вторгся в Кувейт в августе 1990 года, спустя несколько недель после того, как на новую базу поступили первые реактивные самолеты. 16 августа 1990 года, согласно Википедии, 24 истребителя F-4G Wild Weasel из 561-й тактической истребительной эскадрильи вылетели с авиабазы Джордж в Калифорнии в Шейх-Ису; эскадрилья совершила 1182 боевых вылета в ходе операции «Буря в пустыне». За ней последовали Корпус морской пехоты США. 11-я авиагруппа морской пехоты передислоцировалась из Эль-Торо в Бахрейн и взяла под контроль все самолеты F/A-18, A-6E, EA-6B и KC-130 морской пехоты на театре военных действий, а GlobalSecurity называет VMFA-333 с истребителями Hornet и VMA(AW)-533 с истребителями Intruder в числе подразделений, базирующихся в Шейх-Исе.

По данным GlobalSecurity, общее количество американских самолетов, от F-4G и Hornet до Harrier и KC-10, составляет около 200, а численность военнослужащих — около 12 000 человек. Сообщается также, что инженерные войска ВМС США (Seabees) расширили перроны. Википедия отмечает, что некоторые сотрудники коалиции знали эту базу как “пиццерию Shakey's”.

ВВС Бахрейна вели боевые действия с территории своей страны. На сайте F-16.net указано, что F-16 и F-5 ВВС Бахрейна выполняли оборонительные задачи с 25 января 1991 года, а наступательные — со следующего дня; в статье Википедии, посвященной кампании, в боевом порядке коалиции числится 12 бахрейнских F-16 и 12 F-5. Эти данные основаны на отчетах Бахрейна и коалиции, и в имеющихся источниках не зафиксировано никаких потерь Бахрейна в войне.

После войны Бахрейн официально оформил американское присутствие. GlobalSecurity сообщает о десятилетнем двустороннем соглашении, подписанном 22 октября 1991 года; исследование Библиотеки Конгресса описывает соглашение о сотрудничестве в области обороны 1992 года, позволяющее американским войскам использовать военные объекты Бахрейна. Оба источника могут описывать одно и то же соглашение на разных этапах; ни один из них не был проверен по тексту.

Иса стала регулярной остановкой для американских военно-воздушных экспедиционных сил, патрулирующих бесполетную зону над южным Ираком. По данным GlobalSecurity, 366-е авиационное экспедиционное крыло было развернуто там с 24 сентября по 2 октября 1997 года, имея в своем составе 6 истребителей F-15C, 6 F-15E, 10 F-16, 2 бомбардировщика B-1B и 2 самолета KC-135, совершив 444 вылета в рамках операции «Южный дозор»; Википедия сообщает, что крыло вернулось туда в 1998 году.

Согласно Википедии, во время войны в Ираке 2003 года 319-я авиационная экспедиционная группа в Шейх-Исе была переименована в 384-ю авиационную экспедиционную группу 4 июня 2003 года и стала авиакрылом 3 сентября, просуществовав до 2004 года с миссией, которая, как описывается, в значительной степени не разглашалась, за исключением дозаправки в воздухе. В марте 2009 года в Исе был сформирован отряд 379-го авиационного экспедиционного крыла для поддержки операций в Афганистане, и Википедия, ссылаясь на уведомление о контракте Министерства обороны США, утверждает, что компания KBR взяла на себя обеспечение оперативной поддержки базы в августе 2020 года.

На сайте F-16.net указано, что 1-е истребительное крыло Королевских ВВС Британской Колумбии базировалось в Айзе, а 1-я и 2-я тактические истребительные эскадрильи базировались на самолетах F-16C/D Block 40, причем вторая также использовалась в качестве подразделения для переподготовки. Википедия добавляет 6-ю эскадрилью с F-5E/F Tiger II и учебное крыло с 4-й эскадрильей (T67 Firefly) и 5-й эскадрильей (Hawk Mk 129). Номера самолетов по эскадрильям не публикуются Силами обороны Британской Колумбии и здесь не приводятся.

В марте 2024 года первые три истребителя F-16 Block 70 — два одноместных F-16C и один двухместный F-16D — покинули завод Lockheed Martin в Гринвилле, штат Южная Каролина, и прошли через Морон в Испании, сообщило издание The War Zone; это были первые самолеты этой модификации, поставленные в военно-воздушные силы, и позже The War Zone сообщило, что они прибыли в Ису. Бахрейн заказал 16 таких самолетов.

Война, начавшаяся с ударов США и Израиля по Ирану 28 февраля 2026 года, привела к тому, что иранские ракеты и беспилотники начали атаку на Бахрейн. 1 апреля 2026 года истребитель F-16D Block 70 Королевских ВВС Бахрейна сбил два иранских беспилотника ракетами AIM-120 и AIM-9X, что стало первым случаем поражения целей в воздушном бою для Block 70, сообщило издание The War Zone со ссылкой на Lockheed Martin. Силы обороны Бахрейна заявили, что к моменту прекращения огня перехватили 194 ракеты и 515 беспилотников, включая наземные средства ПВО. Ни один из источников, с которыми удалось связаться, не сообщает об иранском ударе по самой авиабазе Иса.