1990 yılına kadar Bahreyn'in hava kuvvetleri Riffa'da konuşlanmış bir helikopter gücüydü ve Aralık 1985'ten beri Muharraq'taki uluslararası havaalanından F-5 Tiger II'ler uçuyordu. 1987'deki Barış Tacı'nın on iki adet F-16 Block 40 siparişi, işlerin ölçeğini değiştirdi. Yeni jetlerin, yolcu uçaklarından uzakta, kendilerine ait bir üsse ihtiyacı vardı ve bu üs, uzun bir pist ve dağınık sığınaklar için yer bulunan ana adanın güneyindeki açık alana kuruldu.

Tarihler Bahreyn Savunma Kuvvetleri'nden geliyor. 28 Mayıs 1990'da, o zamanki Bahreyn Savunma Kuvvetleri komutanı, bugünkü Kral Hamad bin İsa El Halife, "kuruluşunun ilk aşamasının tamamlanmasının ardından" ve F-16'ların hizmete girmesini kutlamak için İsa Hava Üssü'ne bir inceleme ziyareti gerçekleştirdi. F-16.net'e göre, ilk dört uçak beş gün önce, 23 Mayıs 1990'da Bahreynli pilotlar tarafından uçurularak Bahreyn'e gelmişti. Resmi açılış daha sonra gerçekleşti: 2 Şubat 1993'te, adını taşıyan üssün sahibi Emir Şeyh İsa bin Salman El Halife, Bahreyn Savunma Kuvvetleri'nin 25. yıldönümü kutlamaları sırasında üssü açtı.

Her kaynak aynı fikirde değil. GlobalSecurity, üssün ilk F-16'nın Mayıs 1989'da gelmesinden kısa bir süre sonra, BDF ve F-16.net'in tarihlerinden bir yıl önce açıldığını söylüyor; bu sayfa resmi açıklamayı takip ediyor. Ulaşılan kaynaklarda inşaat maliyetine dair bir bilgi bulunamadı.

Irak, yeni üssün ilk jetlerini almasından haftalar sonra, Ağustos 1990'da Kuveyt'i işgal etti. Wikipedia'ya göre, 16 Ağustos 1990'da 561. Taktik Avcı Filosu'na ait 24 adet F-4G Wild Weasel uçağı, Kaliforniya'daki George Hava Kuvvetleri Üssü'nden Şeyh İsa'ya hareket etti; filo, Çöl Fırtınası Operasyonu'nda 1.182 muharebe sortisi gerçekleştirdi. ABD Deniz Piyadeleri de onları takip etti. 11. Deniz Piyade Uçak Grubu, El Toro'dan Bahreyn'e taşındı ve bölgedeki tüm Deniz Piyade F/A-18, A-6E, EA-6B ve KC-130 uçaklarının kontrolünü ele aldı. GlobalSecurity, Şeyh İsa'daki birimler arasında Hornet'lerle VMFA-333 ve Intruder'larla VMA(AW)-533'ü sayıyor.

GlobalSecurity, toplamda F-4G'lerden Hornet'lere, Harrier'lardan KC-10 tankerlerine kadar 200'e yakın ABD uçağı ve yaklaşık 12.000 askeri personel olduğunu belirtiyor ve ABD Donanması İnşaat Taburları'nın (Seabees) rampaları genişlettiğini söylüyor. Wikipedia ise bazı koalisyon personelinin üssü "Shakey's Pizza" olarak bildiğini kaydediyor.

Bahreyn'in kendi hava kuvvetleri savaşa kendi topraklarından katıldı. F-16.net sitesine göre, Bahreyn Hava Kuvvetleri'ne ait F-16 ve F-5 uçakları 25 Ocak 1991'den itibaren savunma görevleri, ertesi günden itibaren ise taarruz görevleri gerçekleştirdi; Wikipedia'nın savaşla ilgili makalesinde koalisyonun savaş düzeninde 12 Bahreyn F-16 ve 12 F-5 uçağı listeleniyor. Bu rakamlar Bahreyn ve koalisyon kaynaklarına ait olup, ulaşılan kaynaklarda Bahreyn'in savaşta herhangi bir kayıp verdiğine dair bir kayıt bulunmamaktadır.

Savaştan sonra Bahreyn, Amerikan varlığını resmileştirdi. GlobalSecurity, 22 Ekim 1991'de imzalanan on yıllık ikili bir anlaşmayı kaydederken; Kongre Kütüphanesi'nin ülke çalışması, ABD kuvvetlerinin Bahreyn askeri tesislerini kullanmasına izin veren 1992 tarihli bir savunma işbirliği anlaşmasını tanımlıyor. İki anlatım aynı anlaşmayı farklı aşamalarda tanımlıyor olabilir; metinle karşılaştırılmamıştır.

Isa, Güney Irak üzerindeki uçuşa yasak bölgeyi denetleyen ABD Hava Sefer Kuvvetleri için düzenli bir durak noktası haline geldi. GlobalSecurity'ye göre, 366. Hava Sefer Kanadı, 24 Eylül - 2 Ekim 1997 tarihleri arasında 6 F-15C, 6 F-15E, 10 F-16, 2 B-1B ve 2 KC-135 ile 444 Güney Gözlem Operasyonu sortisi gerçekleştirerek burada konuşlandı; Wikipedia'ya göre ise kanat 1998'de geri döndü.

Wikipedia'nın kayıtlarına göre, 2003 Irak Savaşı sırasında Şeyh İsa'daki 319. Hava Seferi Grubu, 4 Haziran 2003'te 384. Hava Seferi Grubu olarak yeniden adlandırıldı ve 3 Eylül'de bir kanat haline geldi; 2004 yılına kadar havadan yakıt ikmali dışında büyük ölçüde açıklanmayan bir görevle burada kaldı. Mart 2009'da Afganistan'daki operasyonları desteklemek için İsa'da 379. Hava Seferi Kanadı'na bağlı bir birlik kuruldu ve Wikipedia, ABD Savunma Bakanlığı'nın bir sözleşme duyurusuna atıfta bulunarak, KBR'nin Ağustos 2020'de üs operasyon desteğini devraldığını belirtiyor.

F-16.net, RBAF'ın 1. Avcı Kanadı'nı Isa'da, 1. ve 2. Taktik Avcı Filoları'nın F-16C/D Block 40 uçaklarıyla konuşlandırdığını, ikincisinin aynı zamanda dönüşüm birimi olarak da görev yaptığını belirtiyor. Wikipedia ise 6. Filo'yu F-5E/F Tiger II'lerle ve 4. Filo (T67 Firefly) ve 5. Filo (Hawk Mk 129) ile bir Eğitim Kanadı'nı ekliyor. Filolara göre uçak sayıları BDF tarafından yayınlanmadığı için burada da verilmemiştir.

Mart 2024'te ilk üç F-16 Block 70 uçağı (iki tek kişilik F-16C ve bir çift kişilik F-16D), Lockheed Martin'in Güney Carolina, Greenville'deki fabrikasından ayrıldı ve İspanya'nın Morón limanı üzerinden geçti. The War Zone'un haberine göre, bu uçaklar herhangi bir hava kuvvetine teslim edilen ilk versiyondu ve daha sonra Isa'ya ulaştılar. Bahreyn'in ise 16 adet siparişi bulunuyor.

28 Şubat 2026'da ABD ve İsrail'in İran'a düzenlediği saldırılarla başlayan savaş, İran füzelerini ve insansız hava araçlarını Bahreyn'e taşıdı. 1 Nisan 2026'da Bahreyn Kraliyet Hava Kuvvetleri'ne ait bir F-16D Block 70, AIM-120 ve AIM-9X füzeleriyle iki İran insansız hava aracını düşürdü; bu, Block 70'in havadan havaya ilk imha başarısı olarak kaydedildi. The War Zone, Lockheed Martin'e atıfta bulunarak bu bilgiyi aktardı. Bahreyn Savunma Kuvvetleri (BDF), ateşkes öncesinde 194 füze ve 515 insansız hava aracını etkisiz hale getirdiğini, bu toplamın kara konuşlu hava savunma sistemlerini de içerdiğini belirtti. Ulaşılan kaynakların hiçbirinde İran'ın İsa Hava Üssü'ne yönelik bir saldırısına dair bilgi yer almıyor.