阿皮亚伊空军基地起源于丛林。英文维基百科称，该部队最初于1933年在圣何塞德尔瓜维亚雷设立空军基地，这是秘鲁战争后建立的众多哨所之一。1947年12月，该基地迁至距离维拉维森西奥12公里的阿皮亚伊村。英文维基百科对该部队历史的概述解释了其迁址的原因：在“暴力时期”（La Violencia），空军需要将其作战半径扩展到东部平原，因此阿皮亚伊国家机场于1947年建成，并于1948年11月17日正式命名为阿皮亚伊空军基地（Base Aérea de Apiay）。.

该基地分阶段发展。1956年起，它开始训练飞行员使用AT-6“德克萨斯人”和T-34“导师”教练机；1959年，它成为拥有B-26“入侵者”轰炸机的主基地；1961年，基地更名为路易斯·弗朗西斯科·戈麦斯·尼诺上尉基地；1972年，它接收了首批喷气式飞机——T-33和T-37教练机，并成为第二作战航空司令部的总部。基地早期的一个令人痛心的日子是：据英文维基百科记载，1969年9月8日，一架萨特纳航空公司的C-47运输机（FAC-685）在基地附近坠毁，机上32人全部遇难。.

哥伦比亚斥资2.34亿美元购买了25架巴西航空工业公司的超级巨嘴鸟教练机。前三架于2006年12月14日抵达波哥大，最后一架于2008年6月抵达。2007年1月18日，哥伦比亚的超级巨嘴鸟教练机执行了该机型的首次作战任务，使用Mk 82炸弹攻击了哥伦比亚革命武装力量（FARC）的阵地。这些飞机在阿皮亚伊空军基地装备了第211战斗中队‘格里福斯’（Escuadrón de Combate 211 'Grifos'），与第212战斗中队的AT-27巨嘴鸟教练机以及第213战斗中队的武装直升机和武装飞机并肩作战。.

英文维基百科的“超级巨嘴鸟”条目描述了名为“末日行动”的空袭：九架来自阿皮亚伊的“超级巨嘴鸟”直升机根据警方情报部门招募的线人提供的坐标，袭击了哥伦比亚革命武装力量（FARC）位于梅塔省维斯塔埃尔莫萨的第27阵线营地，在三分钟内投下了40枚500磅重的制导炸弹，造成36名叛军死亡。该条目未提供具体日期，伤亡人数也未经哥伦比亚官方或独立来源核实。同一篇条目还提到，2010年9月22日，25架“超级巨嘴鸟”直升机在梅塔省的“索多玛行动”中投下了七吨炸药，导致哥伦比亚革命武装力量指挥官莫诺·乔乔伊被击毙；但该条目并未说明这些直升机是从哪个基地起飞的。.

阿皮亚拥有多种飞机。英语和西班牙语维基百科列出了四种单位：Escuadrón de Combate 211‘Grifos’与 A-29B Super Tucano、212‘Tucanos’与老式 AT-27 Tucano、Escuadrón de Combate Táctico 213 与 AC-47T Fantasma 武装直升机混合、AH-60L Arpía IV 直升机、 C-212 和 Cessna 208 运输机以及 Schweizer 和 Citation 监视飞机，以及配备 Elbit Hermes 450 和 Hermes 900 无人机的 Escuadrón 217 'Quimera'（仅限西班牙语维基百科）。.

这些武装直升机是该基地最老的机型。据Infodefensa统计，哥伦比亚自1986年以来共有六架AC-47T武装直升机服役，这些直升机自1991年起更换为巴斯勒BT-67涡轮螺旋桨发动机，并配备了前视红外传感器、GAU-19A重机枪和用于夜间近距离空中支援的照明弹。中队番号已公布，但阿皮亚伊基地的飞机数量未公布；本文未提供相关信息。.

根据宪法法院的名单，阿皮亚伊空军基地与帕兰克罗空军基地和马兰博空军基地并列为2009年10月30日美哥防务合作协议中向美军开放的三个空军基地之一。2010年8月17日，宪法法院裁定该协议实质上是一项条约，在获得国会批准之前不具有效力。然而，英文维基百科称，该基地驻扎着参与“哥伦比亚计划”框架下打击毒品走私和武装团体训练项目的美军人员。经查阅的资料并未公布相关规模和具体日期，此处也未提供任何数据。.